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CRB-REFGENSEP
Responsable : Pr Bertrand FONTAINE
Adresse : Hôpital de la Pitié-Salpêtrière, Bâtiment ICM
CRICM UMR S 975, Eq B. FONTAINE, 4ème étage
47 bd de l'Hôpital
75013 PARIS

complements

Certification ISO

Pas de certification ISO

Site web

Pas de site web.

Presentation du CRB

Le Réseau Français d’étude génétique sur la sclérose en plaques (REFGENSEP) collecte depuis 1992, des ressources biologiques humaines conservées et distribuées par le CRB-REFGENSEP, pour les études génétiques de la SEP. Le coordonateur du réseau et responsable scientifique du CRB est le Pr Bertrand FONTAINE (Pu-Ph Fédération des maladies du système nerveux, hôpital de la Pitié-Salpêtrière, chef d’équipe de l’INSERM UMR S 975, Paris). Le développement, la pérennité et la gestion du CRB sont sous la responsabilité d’Isabelle REBEIX (PhD, Ingénieur de recherche INSERM, contrat d’interface AP-HP, Paris). La gestion quotidienne et la démarche qualité sont sous la responsabilité de Léna GUILLOT-NOEL (ingénieur d’étude UPMC).
La collection (CRB-REFGENSEP) a été labellisée « Centre de Ressources Biologiques » en 2002 par l’INSERM et le Ministère de la Recherche. Le promoteur du projet «CRB-REFGENSEP» est l’INSERM (N° projet RBM 00-047 du 28/12/2001), un accord CPP (N° 52-01 amdts 1, 2 et 3) a été obtenu le 03/10/2001 ainsi qu’un accord CNIL (N° 00239, amdt1 N° 901042) le 05/02/2001. Le CRB-REFGENSEP a été reconnu comme plate forme IBiSA en 2009. Le ministère de la Recherche a autorisé me CRB-REFGENSEP, par décision en date du 06/08/2008, à mener les activités de préparation et de conservation d'éléments du corps humain en vue de cession pour usage scientifique. Les activités de stockage du matériel biologique et des données associées et de distribution sont localisées au sein du CRICM UMR S 975.
La direction du CRB-REFGENSEP s'est engagée dans une démarche qualité et a été certifié selon la Norme NF S 96-900.
Dans le cadre de la création du « Centre de Recherche de l’Institut du Cerveau et de la Moelle épinière, Pitié-Salpêtrière (UMR 975), Paris » Le CRB-REFGENSEP a été évalué par l’AERES en tant que plateforme du CRICM avec les commentaires suivants : « The Multiple Sclerosis bank is very well set up and organized and fulfils the modern standards of such a facility. They are well internationally connected. We strongly recommend support. The collection of additional biological samples would add value to this collection and should be considered. »
Le CRB-REFGENSEP a pour but la collecte, la conservation, la pérennisation et la distribution d’ADN de patients atteints de Sclérose en plaques et de leur famille. L’ADN des individus est extrait des cellules sanguines. L’extraction de l’ADN à partir des prélèvements sanguins, la réalisation et le stockage de lignées lymphoblastoïdes sont réalisés par le département « banque cellulaire » du Généthon (prestation de service), dirigé par Mme Safa SAKER.
L’organisation de la collecte dans les centres de prélèvement, la conservation de l’ADN, les annotations cliniques associées et la distribution des ressources à la communauté scientifique sont les principales activités du CRB-REFGENSEP.

1) La collecte
Lors d’une consultation le neurologue traitant informe le patient de la possibilité de participer à l’étude génétique sclérose en plaques. Les patients présentant les conditions requises pour l’inclusion, un diagnostic clairement établit (selon les critères de Goodkin, 1991), un frère ou une sœur atteint ou 2 parents prélevables, sont informés plus précisément sur les buts d’une telle recherche (Note d’information). Les patients désireux de participer à l’étude, après avoir recueilli l’accord verbal de leur famille, doivent prendre contact avec le neurologue, membre du réseau, le plus proche. A ce jour, 32 centres de prélèvements répartis sur toute la France sont membres du réseau REFGENSEP.
Le recrutement des patients et de leur famille se poursuit au sein de centres de prélèvements du réseau. A chaque centre est affilié un neurologue référent qui est responsable de la signature de la note d’information et du consentement de participation à l’étude puis du recueil des données personnelles et cliniques des individus recrutés ainsi que des prélèvements sanguins. L’ensemble des neurologues référents se réunissent au moins 1 fois par an afin de discuter des critères cliniques d’inclusion et des mesures de handicap. Les prélèvements sanguins sont codés suivant une procédure standardisée avec un numéro propre à chaque centre. Les tubes de sang codés sont envoyés au Généthon par l’intermédiaire d’un transporteur (actuellement, Jet Service).

2) Le stokage
Après extraction et contrôle qualité au Généthon, les échantillons d’ADN arrivent au CRB-REFGENSEP via la poste. Chaque tube n’est identifiable que par un numéro Généthon. Un listing, envoyé indépendamment des échantillons, permet d'établir la correspondance numéro Généthon/code extérieur CRB-REFGENSEP de l'individu. A réception, chaque échantillon est référencé dans un fichier comportant le numéro Généthon, le code extérieur et leur emplacement (Boîte et numéro de groupe). Les boîtes sont ensuite placées à +4°C en attente d'enregistrement de l’individu dans la base de données. Lorsqu’une famille est complète en ADN, chaque membre est rentré dans la base de données (logiciel databiotec®, société ORIAM) et chaque échantillon est partagé en deux aliquots : un aliquot de travail conservé à +4°C (Modèle Medicool MPR-311D(H), SANYO) et un aliquot de stockage à -30°C (Modèle Biomedical Freezer MDF-U333, SANYO). Chaque aliquot est repéré par un code-barre unique (Tube pré-codebarrés à façon ; ex de numéro BF03152 ; Greiner). Le stockage à +4°C et à -20°C se fait dans des boîtes de 81 tubes, elles mêmes numérotées par ordre de remplissage. L’emplacement de chaque aliquot et de chaque boite est spécifié dans la base de données.

3) Les annotations cliniques
A chaque individu de la collection sont associées des données personnelles et des données cliniques pour les patients. Ces données personnelles et cliniques sont entrées dans la base de données du CRB et peuvent être consultées soit à partir du nom de l’individu soit par le code barre de chaque échantillon.

3) La distribution
La distribution d’échantillons d’ADN s’effectue en pratique à l’aide d’un automate de pipetage, l’EpMotion 5070 v5 (norme ISO8655, maintenance pour étalonnage une fois par an) à partir des tubes-mères. Il assure la reproductibilité, évite les contaminations et permet de répondre à la demande dans un temps court.


4) La démarche qualité
La direction du CRB-REFGENSEP s’est engagée dans une démarche qualité. Toutes les étapes de prélèvement, transport, traitement, stockage, distribution et gestion des échantillons et données associées sont soumises à des procédures strictes.
PROCESSUS DE MANAGEMENT :
Revue de direction et réunion annuelle des comités de pilotage et scientifique du réseau REFGENSEP
Communication interne/externe : Réunion mensuelle du personnel CRB et comptes rendus revue de direction. Contact permanent entre les membres du réseau par e-mail.
Amélioration continue : Questionnaire de satisfaction pour chaque cession d’échantillon. Réunion annuelle du comité de pilotage du CRB-REFGENSEP. Formation régulière à la norme NF S 96-900. Gestion des non-conformités.

PROCESSUS SUPPORTS:
Gestion documentaire : Manuel qualité. Classeurs procédures. Classeurs documents officiels (Promotion, accords CPP, accords CNIL).
Gestion des enregistrements et gestion informatique : Les dossiers « papier » de prélèvement (Note d’information, consentements, fiche de liaison) parviennent directement du centre préleveur au CRB. Classement par numéro et type de famille et par centre préleveur. Stockage dans des placards fermés à clés avec accès restreint à l’ingénieur d’étude et au responsable du CRB.
La base de données nominative a fait l’objet d’une déclaration à la CNIL (Dossier N°00.239). La gestion informatique du CRB de REFGENSEP est réalisée grâce au logiciel DataBiotec (Version 4.413), commercialisé par la société ORIAM. Ce logiciel intègre un certain nombre de paramètres, concernant notamment les aspects de sécurité (droits d’accès des utilisateurs aux options du progiciel et aux données de la base protégés par un login et un mot de passe) et de traçabilité (audit complet des actions et des données en référence aux recommandations FDA 21 CFR Part 11). L’enregistrement de la base s’effectue automatiquement tous les jours de travail à 13h sur un disque dur externe et mensuellement sur un CD-R qui est stocké au CRB. De plus, une image du disque dur sur le disque externe est réalisée tous les six mois.
Gestion des achats et des équipements : Achat des équipements et des consommables géré par le responsable du CRB. Contrats d’entretien et de maintenance annuels. Demande de crédits sur appel d’offre par le responsable du CRB.
Traitement des prélèvements : L’extraction d’ADN, l’établissement de lignées lymphoblastoïdes et leur entretien sont effectués au Généthon, selon les procédures standards (SOP) de cet établissement. Ces procédures sont disponibles sur simple demande auprès du service assurance qualité du Généthon et concernent les procédures : de codage des échantillons sanguins et de gestion des produits dérivés (SOP 114 et 188), d’extraction et de contrôle qualité des ADN (SOP163), d’établissement et de contrôle qualité des lignées lymphoblastoïdes (SOP148).

PROCESSUS DE REALISATION :
Gestion des patients : Voir paragraphe 1) pour la sélection des patients, les prélèvements et le recueil des renseignements personnels et cliniques.
Gestion des échantillons et des données : Voir paragraphe 2) et 3)
Gestion des demandes : Chaque collaboration est précédée d’une demande écrite de collaboration et ne débute qu’après avis du comité scientifique et signature bipartite d’un accord de collaboration.
Gestion des demandes : Afin de garantir la quantité de matériel cédé, nous utilisons un automate de pipetage, l’EpMotion 5070 v5. Le logiciel de gestion de la banque permet l’enregistrement de chaque mouvement des échantillons.

Les collections

Le CRB-REFGENSEP regroupe à ce jour une collection qui se compose de sang et de lignées lymphoblastoïdes de patients atteints de Sclérose en Plaques et de leurs apparentés issus de :
- 711 Familles Trios (un enfant atteint et ses parents)
- 153 familles multiplex (au moins deux enfants atteints dans la fratrie avec leurs parents atteints ou non et leurs frères et sœurs non atteints)
- 1625 cas sporadiques
- 800 contrôles
Soit à ce jour 2773 patients, 937 individus non-atteints apparentés de patients, soit au total 4510 échantillons.

Systeme informatique - Banque de donnees

Les dossiers « papier » de prélèvement (Note d’information, consentements, fiche de liaison) parviennent directement du centre préleveur au CRB. Classement par numéro et type de famille et par centre préleveur. Stockage dans des placards fermés à clés avec accès restreint à l’ingénieur d’étude et au responsable du CRB.
La base de données nominative a fait l’objet d’une déclaration à la CNIL (Dossier N°00.239). La gestion informatique du CRB de REFGENSEP est réalisée grâce au logiciel DataBiotec (Version 4.413), commercialisé par la société ORIAM. Ce programme s’appuie sur une base de données Oracle en interface avec Access, compatible avec la majorité des bases de données existantes. Il a pour objectif la gestion des prélèvements biologiques dans ses aspects de référencements (type de prélèvements, d’échantillons, pathologies, études, examens, événements, dangerosité, étiquetage), de stockage (emplacement de conservation, réservations d’emplacement), de traçabilité des entrées, sorties ou incidents, d'édition d’étiquettes et de rapports. Il permet également le suivi des quantités restantes de chaque échantillon (niveau d’alerte paramétrable selon l’étude, le type d’échantillon ou les sujets….). Il intègre un certain nombre de paramètres, concernant notamment les aspects de sécurité (droits d’accès des utilisateurs aux options du progiciel et aux données de la base protégés par un login et un mot de passe) et de traçabilité (audit complet des actions et des données en référence aux recommandations FDA 21 CFR Part 11). L’enregistrement de la base s’effectue automatiquement tous les jours de travail à 13h sur un disque dur externe et mensuellement sur un CD-R qui est stocké au CRB. De plus, une image du disque dur sur le disque externe est réalisée tous les six mois.
L’information aux utilisateurs et aux collaborateurs du CRB-REFGENSEP se fait le plus souvent par e-mail lorsqu’il s’agit de données non nominatives.
Une réunion annuelle des comités de pilotage et scientifique de REFGENSEP est organisée. L’ensemble des membres du réseau REFGENSEP se réunit 1 fois par an et un compte rendu est réalisé et communiqué à l’ensemble des membres.

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