Le Genoscope - Centre national de séquençage a une mission de service auprès de la communauté scientifique dans le domaine du séquençage. Cette mission comporte en premier lieu l'établissement de séquences de référence de génomes présentant un intérêt particulier pour la recherche fondamentale ou appliquée. Elle s'étend à présent aux méthodes de séquençage à haut débit requises pour l'identification d'acides nucléiques dans des approches métagénomiques, comparatives, fonctionnelles de préférence à très grande échelle. Le Genoscope développe des outils et des méthodes d'analyse bioinformatique destinées à l'exploitation de ces données de séquence.

Dans le cadre de cette mission, le Genoscope consacre une partie importante de sa capacité de séquençage, et des expertises associées, à la réalisation de projets extérieurs. Ces projets extérieurs sont soumis par des laboratoires de la Recherche Publique (CNRS, INSERM, INRA, CEA, CIRAD, IRD, Laboratoires Universitaires, Fondations…). Les projets peuvent également impliquer des laboratoires partenaires étrangers, notamment européen.

Ces projets seront développés en collaboration avec le Genoscope dans le cadre d'une convention écrite. Le Genoscope propose plusieurs technologies (Sanger, 454, Solexa, SOLiD) et recommandera la stratégie qui lui paraît la plus appropriée à la réalisation des projets. Les partenaires définiront ensemble les conditions pratiques de déroulement du travail expérimental. Les données résultant de cette collaboration seront détenues conjointement par les partenaires qui conviendront des modalités de diffusion et d'éventuelle prise de protection intellectuelle, en accord avec les instances de tutelle et les usages en vigueur dans la communauté scientifique. Les données, en particulier, seront mises dans le domaine public. Les séquences assemblées seront soumises dans les banques de données publiques 180 jours après avoir été fournies par le Genoscope au laboratoire demandeur.

Les projets doivent porter sur le séquençage de novo de génomes complets, de très grandes régions d'ADN génomique, de très grandes collections d'ADNc ou de clones d'ADN génomique d'organismes présentant un intérêt majeur sur le plan scientifique, médical ou économique. Des projets impliquant des populations d'organismes (métagénome, diversité biologique) sont encouragés

Ne seront pas pris en considération :
- Les projets de génotypage,
- Les projets de taille modeste, pouvant être financés et réalisés par d'autres moyens,
- Les projets de séquençage de génomes directement en concurrence avec des projets identiques réalisés dans d'autres centres.

Les projets sont à soumettre en anglais, à l'aide du formulaire ci-dessous

Cette évaluation est faite par le Conseil Scientifique « Séquençage » du GIS IBiSA.
Les décisions seront annoncées fin septembre 2010.

Les projets seront évalués en fonction de :
• leur intérêt scientifique ;
• leur degré de faisabilité ;
• leur impact sur la communauté scientifique nationale et internationale ;
• le contexte international ;
• la capacité des proposants à obtenir rapidement le matériel biologique nécessaire ;
• l'aptitude des proposants à s'investir dans l'analyse bioinformatique ;
• la capacité des proposants à utiliser efficacement et publier les résultats du séquençage ;
• l'existence de co-financement éventuel ;
• l’implication éventuelle des proposants dans des projets antérieurs avec le Genoscope (projets en cours ou aboutis)

Notez-Bien : DATE LIMITE D'ENVOI DES PROPOSITIONS : 28 AVRIL 2010 - MINUIT

Avant de commencer votre dépôt de votre demande de séquençage, merci de prendre note de ces quelques rappels.

Date limite de soumission : 28 AVRIL 2010 - MINUIT

Formulaire:
1. Formulaire Doc WORD
2. General Guidelines Doc WORD

Vous avez pris connaissance des informations et documents, vous pouvez accéder au dépôt de votre demande de séquençage

Si vous avez des difficultés : vous pouvez utiliser le formulaire de contact du site, sujet : "AP séquençage CNS 2010" et explicitez la nature du problème.
ou bien directement à secretariatibisa|at|paris.inra.fr.

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