Annuaire des Plate-formes IBiSA
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| Présentation et prestations de la plate-forme | IMGT® est la référence internationale en immunogénétique et immunoinformatique. IMGT® est une marque déposée du CNRS (Union Européenne, Canada et Etats-Unis). IMGT® est membre institutionnel académique de l'International Medical Informatics Association (IMIA) depuis 2006. IMGT® est spécialisé dans les séquences, structures et données génétiques des immunoglobulines (IG), des récepteurs T (TR), du complexe majeur d'histocompatibilité (MHC, pour major histocompatibility complex) des vertébrés, des superfamilles IgSF et MhcSF et des protéines apparentées du système immunitaire (RPI, pour Related Proteins of the Immune system) des vertébrés et invertébrés. IMGT® est composé de sept bases de données (séquences, gènes et structures tridimensionnelles (3D)), d'une quinzaine d’outils interactifs et de ressources Web (plus de 10.000 pages).
IMGT® est reconnu internationalement pour la richesse et la qualité de ses données scientifiques et son interface conviviale. Le nombre d’équipes utilisatrices d’IMGT® est supérieur à 80.000. Ces équipes académiques et industrielles appartiennent à des domaines d’activité de recherche professionnelle variés et sont réparties dans le monde entier, à parts égales entre les Etats-Unis et Canada, l'Europe et le reste du monde. Ceci représente plus de 150.000 requêtes par mois et un nombre de sessions de travail sans cesse croissant (280.000 en 2009).
IMGT® est utilisé par des chercheurs d’équipes académiques et industrielles dans de multiples domaines de recherche: (1) recherche fondamentale, (2) recherche médicale (analyse des répertoires des anticorps et des sites de reconnaissance des récepteurs T dans les réponses immunitaires normales (infections, cancers), les réponses anormales (maladies autoimmunes, immunodéficiences) et dans les syndromes prolifératifs (leucémies, lymphomes, myélomes)), (3) recherche vétérinaire (étude des répertoires des IG et TR dans les espèces domestiques et sauvages), (4) recherche génomique (étude de la diversité et de l'évolution des gènes de la réponse immunitaire adaptative), (5) recherche en biologie structurale (évolution des domaines des protéines des superfamilles IgSF et MhcSF des vertébrés et invertébrés), (6) biotechnologies relatives aux projets de l’Human Proteome Organisation (HUPO) et à l’ingénierie des anticorps (single chain Fragment variable scFv, Fab, banques combinatoires, phage display, anticorps chimériques, humanisés et humains), (7) recherche pour le diagnostic, le pronostic et le suivi thérapeutique des leucémies, lymphomes et myélomes (identification du ou des clone(s) malin(s) et évaluation de la maladie résiduelle), (8) approches thérapeutiques (greffes, immunothérapie, vaccinologie).
1. Les bases de données IMGT®
IMGT® comprend sept bases de données:
1.1. IMGT/LIGM-DB est la base de données internationale pour les séquences nucléotidiques d’IG et TR de l’homme et des autres espèces de vertébrés avec traduction des séquences entièrement annotées.
1.2. IMGT/PRIMER-DB.
1.3. IMGT/GENE-DB. Des liens réciproques existent entre IMGT/GENE-DB et Entrez Gene au NCBI (ceci est le seul exemple de liens directs effectués par Entrez Gene au NCBI sur une base de données externe).
1.4. IMGT/3Dstructure-DB.
1.5. IMGT/2Dstructure-DB.
1.6. IMGT/CLL-DB, la base de données IMGT® des séquences IG de patients atteints de leucémie lymphoïde chronique, créée en 2007.
1.7. IMGT/mAb-DB, la base de données IMGT® des anticorps monoclonaux à visée thérapeutique, créée en 2009.
2. Les outils en ligne IMGT®
IMGT® comprend quinze outils interactifs en ligne pour l'analyse:
- des séquences:
IMGT/V-QUEST, l'outil le plus utilisé d'IMGT®, intègre
IMGT/JunctionAnalysis .
IMGT/Allele-Align permet la comparaison de deux allèles.
IMGT/PhyloGene calcule et représente les arbres phylogénétiques des séquences nucléotidiques d'IG et de TR.
- des gènes:
IMGT/GeneView, IMGT/GeneSearch, IMGT/LocusView et IMGT/CloneSearch, IMGT/GeneInfo, IMGT/GeneFrequency.
- des domaines protéiques:
IMGT/DomainDisplay affiche les domaines protéiques selon la numérotation unique IMGT.
IMGT/Domain GapAlign permet de créer les « gaps » selon la numérotation unique IMGT.
IMGT/Collier-de-Perles fournit la représentation standardisée « IMGT Colliers de Perles » des domaines.
- des données structurales:
IMGT/StructuralQuery permet de faire des requêtes basées sur une description structurale. IMGT/DomainSuperimpose superpose deux structures 3D de domaines.
3. Les ressources Web IMGT®
Les ressources Web IMGT® comprennent plus de 10.000 pages HTML, organisées en plusieurs sections:
2.1. IMGT Scientific chart fournit le vocabulaire contrôlé et les règles d'annotation basés sur IMGT-ONTOLOGY.
2.2. IMGT Repertoire fournit une interface conviviale aux données soigneusement expertisées qui concernent le génome, le protéome, le polymorphisme et la structure des IG et TR de l'homme et des autres vertébrés.
2.3. IMGT Index, IMGT Education, IMGT Aide-mémoire, IMGT Bloc-notes.
2.4. IMGT Immunoinformatics page.
2.5. IMGT Medical page fournit aux cliniciens les informations d’IMGT® sur les bases, outils et données d'intérêt médical.
2.6. IMGT Veterinary page fournit aux vétérinaires les informations d’IMGT® sur les génomes, séquences et structures 3D des IG et TR des espèces animales.
2.7. IMGT Biotechnology page fournit un ensemble d’informations sur l’ingénierie des anticorps (phage display), les anticorps de camélidés, l’humanisation des anticorps monoclonaux thérapeutiques.
4. Accès.
L’accès à IMGT® est libre, gratuit pour les académiques, sous licences et contrats avec le CNRS pour les industriels.
4.1. Site Web (direct ou via EBI).
4.2. Distribution des données d'IMGT/LIGM-DB par FTP sur les serveurs du CINES (ftp://ftp.cines.fr/IMGT/) et de l'EBI (ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/imgt).
4.3. Accès aux données d’IMGT/LIGM-DB
- par SRS sur les serveurs de l'EBI, de Columbia University (CU) New York, de l'Indiana University (IUBio) Etats-Unis, du Deutsche Krebsforschungszentrum (DKFZ) Heidelberg, Allemagne,
- par ARSA au DNA Data Bank of Japan (DDBJ).
4.4. Accès aux données par DAS à l’EBI et LinkOut au NCBI.
4.5. Comparaison de séquences par BLAST et FASTA, par rapport à celles de IMGT/LIGM-DB, sur les serveurs de l’EBI et de l'Institut Pasteur.
4.6. Références croisées avec HGNC, Entrez Gene, Vega, UniProt, Sequence Ontology.
4.7. Aides spécifiques et conseils aux utilisateurs et API. | | Autres éléments | | Certification ISO 9001 | non | | Site web de la plate-forme | http://www.imgt.org | | Structure(s) de rattachement | CNRS, Délégation Régionale Languedoc-Roussillon, DR13 | | Réseaux auxquels participe la plate-forme | ReNaBi, ELIXIR, GDR CNRS n°3260 Anticorps et ciblage thérapeutique ACCITH (2009-2012), GDR CNRS n°3003 Bioinformatique Moléculaire, European Research Initiative on CLL (ERIC), ImmunoGrid EU 6th PCRDT |
| Moyens et équipements de la plate-forme | 1. Serveur DELL/PE6850 (gamma) 4 processeurs (localisation IGH) 2007
2. Serveur DELL/PE6850 (lambda) 2 processeurs (localisation IGH) 2006
3. Serveur DELL/PE7250 (kappa) 2 processeurs connexions, stabilisateurs (localisation IGH) 2004
4. Serveur production 4 processeurs (Electre) et serveur Base données 2 processeurs (Pythie) (localisation CINES) 2006
5. Serveurs de calcul IBM ANAKIN (16 processeurs) et HERA (32 processeurs) (localisation CINES, 2009), accessible par le frontal d’accès Zeus à disposition depuis 2009 (DARI 2009: 120.000 heures de calcul atribuées en 2009 par GENCI) |
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