Annuaire des Plate-formes IBiSA
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| Présentation et prestations de la plate-forme | La plate-forme intègre un ensemble très complet de technologies et d'expertises pour l'analyse des macromolécules biologiques et en particulier des protéines. Du fait de sa localisation à l'Institut Pasteur, les agents pathogènes et la réponse de l'hôte à l'infection constituent des systèmes biologiques importants pour la plate-forme. Néanmoins, la plate-forme est ouverte à toute autre thématique et collabore largement avec la communauté scientifique française et étrangère.
La plate-forme propose des services à haute valeur ajoutée dans 4 axes méthodologiques:
A. Production de protéines recombinantes dans des micro-organismes (procaryotes et eucaryotes)et dans des cellules d'insectes:
1. Optimisation des conditions de production: constructions génétiques, système d'expression (Escherichia coli, Bacillus subtilis, Mycobacterium smegmatis, Pichia pastoris, Leishmania tarentolae, Spodoptera frugiperda, lignées cellulaires S2 de Drosophile, ...), protocoles de culture, ...
2. Culture à plus grande échelle en batterie de multi-microfermenteurs (80ml), en fermenteurs (jusqu'à 20 litres) et en bioréacteurs à usage unique (jusqu'à 25 litres).
3. Optimisation et purification de protéines à échelle préparative
B. Production d'anticorps monoclonaux et recombinants
1. Production, purification et caractérisation d'anticorps monoclonaux murins (isotypage, mesure d'affinité, cartographie épitopique)
2. Développement de tests d'immunodiagnostic sur bandelettes
3. sélection et production de nano-anticorps homodimériques simple-chaîne de camélidés.
C. Identification et caractérisation de protéines par spectrométrie de masse et par chimie analytique
1. Caractérisation de la structure primaire de protéines purifiées et de peptides par spectrométrie ESI ou MALDI
2. Microséquençage N-terminal de protéines
3. Identification et quantification de protéines dans des mélanges complexes: séparation et fractionnement par électrophorèse 1D/2D et par chromatographie liquide mono/multidimensionnelle; analyse par spectrométrie de masse ESI ou MALDI; identification de protéines dans des bases de données; quantification de protéines par électrophorèse, par marquage isotopique (SILAC, iTRAQ) or par des méthodes sans marquage; identification de modifications post-traductionnelles (phosphorylation, ...), de complexes protéiques et de réseaux d'interactions.
D. Caractérisation biophysique à l'échelle moléculaire de macromolécules et de leurs interactions
1. Caractérisation hydrodynamique de la taille, la forme et l'architecture des macromolécules biologiques et de leurs assemblages, par ultracentrifugation analytique, diffusion dynamique de la lumière, et diffusion statique de la lumière/viscosimétrie.
2. Caractérisation spectroscopique du repliement, de la dynamique et de la stabilité des macromolécules, par dichroïsme circulaire, spectroscopie de fluorescence à l’état stationnaire ou résolue en temps, et spectroscopie infra-rouge
3. Caractérisation thermodynamique et cinétique des interactions moléculaires et des modifications conformationnelles associées, par microcalorimétrie DSC et ITC, résonance plasmonique de surface et interférométrie à double polarisation.
E. Cristallogénèse et détermination de la structure atomique par diffraction des rayons X
1. Cristallogenèse à haut débit: criblage robotisé des conditions de cristallisation; optimisation de la qualité des cristaux; stockage et visualisation des plaques de cristallisation.
2. Diffraction des rayons X et détermination de la structure tridimensionnelle: criblage de cristaux et acquisition de données de diffraction; stockage et analyse de données cristallographiques | | Autres éléments | | Certification ISO 9001 | non | | Site web de la plate-forme | http://www.pasteur.fr/proteopole | | Structure(s) de rattachement | Institut Pasteur | | Réseaux auxquels participe la plate-forme | Appartenance au Réseau national des Plates-formes protéomiques (RENa2P)
Appartenance au Réseau européen Protein Production and Purification Partnership in Europe (P4EU) |
| Moyens et équipements de la plate-forme | Grands équipements:
* spectromètres de masse :
- QqTOF QSTAR XL (Applied Biosystems/MDS SCIEX) couplé à un nanoHPLC (2003)
- MALDI-TOF/TOF 4800 analyzer (Applied Biosystems/MDS SCIEX)couplé à un nanoHPLC (2005)
- SELDI-TOF PCS4000 Protein Chip reader (2006)
- LTQ-Orbitrap Velos ETD (Thermo Fisher Scientific) couplé à un nanoHPLC Ultimate 3000 (Dionex) (2009)
* équipements biophysiques:
- Spectropolarimètre de dichroïsme circulaire Aviv 215 (2004)
- Appareil de diffusion dynamique de la lumière en format microplaque DynaPro DLS Plate Reader (Wyatt) (2009)
- Détecteur de diffusion statique de la lumière/viscosimétrie couplé à un système de chromatographie d'exclusion stérique TDA302/GPCmax (Viscotek-Malvern) (2006)
- Appareil d'interférométrie à double polarisation Analight 4D (Farfield-Biolin) (2011)
- Microcalorimètres de titration isotherme VP-ITC et ITC200(MicroCal-GE Healthcare) (2005 et 2010)
- Biosenseurs microfluidiques à résonance plasmonique de surface: Biacore 2000 (Biacore-GE Healthcare) (1996), Biacore X100 (Biacore-GE Healthcare) (2008)et ProteOn XPR36 (BioRad)(2008)
- Spectrofluorimètre QuantaMaster QM4CW doté d’un système Laser Strobe de détection de durée de vie de fluorescence (Photon Technology International) (2009)
- Système de mélange rapide à détection de fluorescence (« stopped-flow ») KinetAsyst SF61-DX2 (TgK Scientific) (1996)
- Ultracentrifugeuses analytiques Optima XL-A (Beckman-Coulter) (1993)et ProteomeLab XL-I (Beckman-Coulter)(2005)
➢ Biologie structurale
* Cristallogenèse:
- Station robotique TECAN Genesis Workstation 150 (2002)
- Robots de cristallogenèse en nano-volumes Cartesian nanodispenser (Genomic Solutions)(2003) et Mosquito (TTP Labtech) (2009)
- Robot pour la fabrication à façon des solutions de cristallisation MatrixMaker (Emerald BioSystem) (2006)
- Robot de stockage et visualisation automatique des plaques de cristallisation RockImager (Formulatrix)(2009)
* Diffraction des rayons X : générateur à anode tournant Micromax-07 (Rigaku), équipé de miroirs (Osmic Blue-2), de détecteurs Image Plate (MARresearch dtb) et de systèmes cryogéniques (Oxford Cryosystems) (2004) |
| Galerie d'images de la plate-forme | |
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