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Plate-forme : Pasteur Proteopole
Ville : Paris
Thématique : Biologie structurale, biophysique

 
Présentation et prestations de la plate-forme
La plate-forme intègre un ensemble très complet de technologies et d'expertises pour l'analyse des macromolécules biologiques et en particulier des protéines. Du fait de sa localisation à l'Institut Pasteur, les agents pathogènes et la réponse de l'hôte à l'infection constituent des systèmes biologiques importants pour la plate-forme. Néanmoins, la plate-forme est ouverte à toute autre thématique et collabore largement avec la communauté scientifique française et étrangère.

La plate-forme propose des services à haute valeur ajoutée dans 4 axes méthodologiques:

A. Production de protéines recombinantes dans des micro-organismes (procaryotes et eucaryotes)et dans des cellules d'insectes:
1. Optimisation des conditions de production: constructions génétiques, système d'expression (Escherichia coli, Bacillus subtilis, Mycobacterium smegmatis, Pichia pastoris, Leishmania tarentolae, Spodoptera frugiperda, lignées cellulaires S2 de Drosophile, ...), protocoles de culture, ...
2. Culture à plus grande échelle en batterie de multi-microfermenteurs (80ml), en fermenteurs (jusqu'à 20 litres) et en bioréacteurs à usage unique (jusqu'à 25 litres).
3. Optimisation et purification de protéines à échelle préparative

B. Production d'anticorps monoclonaux et recombinants
1. Production, purification et caractérisation d'anticorps monoclonaux murins (isotypage, mesure d'affinité, cartographie épitopique)
2. Développement de tests d'immunodiagnostic sur bandelettes
3. sélection et production de nano-anticorps homodimériques simple-chaîne de camélidés.

C. Caractérisation biophysique à l'échelle moléculaire de macromolécules et de leurs interactions
1. Caractérisation hydrodynamique de la taille, la forme et l'architecture des macromolécules biologiques et de leurs assemblages, par ultracentrifugation analytique, diffusion dynamique de la lumière, et diffusion statique de la lumière/viscosimétrie.
2. Caractérisation spectroscopique du repliement, de la dynamique et de la stabilité des macromolécules, par dichroïsme circulaire, spectroscopie de fluorescence à l’état stationnaire ou résolue en temps, et spectroscopie infra-rouge
3. Caractérisation thermodynamique et cinétique des interactions moléculaires et des modifications conformationnelles associées, par microcalorimétrie DSC et ITC, résonance plasmonique de surface et interférométrie à double polarisation.

D. Cristallogénèse et détermination de la structure atomique par diffraction des rayons X
1. Cristallogenèse à haut débit: criblage robotisé des conditions de cristallisation; optimisation de la qualité des cristaux; stockage et visualisation des plaques de cristallisation.
2. Diffraction des rayons X et détermination de la structure tridimensionnelle: criblage de cristaux et acquisition de données de diffraction; stockage et analyse de données cristallographiques
Autres éléments
Certification ISO 9001non
Site web de la plate-formehttp://www.pasteur.fr/proteopole
Structure(s) de rattachementInstitut Pasteur
Réseaux auxquels participe la plate-formeAppartenance au Réseau européen Protein Production and Purification Partnership in Europe (P4EU)

Appartenance au nouveau réseau européen de plates-formes de caractérisation biophysique
Moyens et équipements de la plate-forme
Grands équipements:

➢ Biophysique:
- Spectropolarimètre de dichroïsme circulaire Aviv 215 (2004)
- Appareil de diffusion dynamique de la lumière en format microplaque DynaPro DLS Plate Reader (Wyatt) (2009)
- Détecteur de diffusion statique de la lumière/viscosimétrie couplé à un système de chromatographie d'exclusion stérique TDA302/GPCmax (Viscotek-Malvern) (2006)
- Appareil d'interférométrie à double polarisation Analight 4D (Farfield-Biolin) (2011)
- Microcalorimètres de titration isotherme VP-ITC et ITC200(MicroCal-GE Healthcare) (2005 et 2010)
- Biosenseurs microfluidiques à résonance plasmonique de surface: Biacore 2000 (Biacore-GE Healthcare) (1996), Biacore X100 (Biacore-GE Healthcare) (2008)et ProteOn XPR36 (BioRad)(2008)
- Spectrofluorimètre QuantaMaster QM4CW doté d’un système Laser Strobe de détection de durée de vie de fluorescence (Photon Technology International) (2009)
- Système de mélange rapide à détection de fluorescence (« stopped-flow ») KinetAsyst SF61-DX2 (TgK Scientific) (1996)
- Ultracentrifugeuses analytiques Optima XL-A (Beckman-Coulter) (1993) et ProteomeLab XL-I (Beckman-Coulter)(2005)
- Calorimétrie à balayage de température: appareil VPcapDSC (Microcal-GE Healthcare) (2013)

➢ Biologie structurale

* Cristallogenèse:
- Station robotique TECAN Genesis Workstation 150 (2002)
- Robots de cristallogenèse en nano-volumes Cartesian nanodispenser (Genomic Solutions)(2003) et Mosquito (TTP Labtech) (2009)
- Robot pour la fabrication à façon des solutions de cristallisation MatrixMaker (Emerald BioSystem) (2006)
- Robot de stockage et visualisation automatique des plaques de cristallisation RockImager (Formulatrix)(2009)

* Diffraction des rayons X : générateur à anode tournant Micromax-07 (Rigaku), équipé de miroirs (Osmic Blue-2), de détecteurs Image Plate (MARresearch dtb) et de systèmes cryogéniques (Oxford Cryosystems) (2004)
Coordonnées et contact sur la plate-forme
Nom Plate-FormePasteur Proteopole
Responsable ScientifiquePedro ALZARI et Félix REY
Responsable TechniquePatrick ENGLAND
Adresse PostaleInstitut Pasteur
25-28 rue du Dr Roux
75724 Paris
Site web de la plate-formehttp://www.pasteur.fr/proteopole
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