Accueil Site » Retour liste annuaire » plateforme : Biopolymères Biologie Structurale (BIBS)

Biopolymères Biologie Structurale (BIBS)
Responsable : Hélène Rogniaux, IR1 (PhD-HDR) • Responsable Tech. : D Ropartz (IE-PhD), B Novales (CR1-PhD), L Foucat (IRHC-HDR), S Le Gall (IR2-PhD), D Tessier (IR1)
Adresse : INRA Unité BIA
Rue de la Géraudière
BP 71627
44316 NANTES

complements

Certifications


Plate-forme certifiée ISO 9001

Site web

http://www.bibs.inra.fr

Presentation de la plate-forme

La plate-forme BIBS développe et propose un ensemble complémentaire de méthodes pour la caractérisation physico-chimique des bioressources, naturelles ou transformées, aux échelles moléculaires, cellulaires et tissulaires.
L’enjeu est d’apporter à nos collaborateurs des informations leur permettant de mieux comprendre le lien entre structure et fonction des systèmes étudiés, de façon à en maîtriser la construction, la déconstruction, l'usage et les propriétés.

La plate-forme dispose ainsi de différentes techniques analytiques en spectrométrie de masse, microscopies, RMN et chemotypage, qui peuvent être mobilisées sur un même système pour réunir des informations différentes et complémentaires. Elle bénéficie en outre de l’appui méthodologique d’une équipe interne de bioinformatique.
Précisément, les méthodologies déployées permettent :
- D’étudier la composition et la structure de biopolymères complexes (polysaccharides, protéines, polymères lipidiques) ainsi que les variations de structure et de composition de ces biopolymères dans des collections d’échantillons
- D’observer les structures et étudier leur distribution aux échelles sub-cellulaires, cellulaires ou tissulaires par différentes modalités (microscopies électroniques, optiques, à force atomique mais aussi imagerie par spectrométrie de masse et par RMN)
- D’étudier certains phénomènes dynamiques comme la diffusion de l’eau ou de petits solutés dans les systèmes, et de déduire ainsi des paramètres de porosité.

La plate-forme BIBS sert une large communauté d’acteurs de la recherche académique et privée. Les champs d’application privilégiés sont les sciences végétales et marines, la chimie verte, l'agroalimentaire et la nutrition, les sciences de la matière molle, la chimie.

BIBS bénéficie d’un personnel dédié comptant, en 2018, 11 titulaires de l’INRA (deux en cours de recrutement) et 7 personnels non titulaires dont 3 doctorants, 3 CDD en soutien d’activité de la plate-forme (1 TR, 1 IE, 1 IR) et un CDD (IE) sur projet.

Différents types de prestations sont proposées :
- Réalisation d'analyses : dans un cadre collaboratif ou de prestation de service
- Réalisation de développements méthodologiques
- Mise à disposition des équipements (après formation par la plate-forme).

Moyens et equipements

• Spectrométrie de masse :
Trois spectromètres de masse permettant d’accéder à deux modes d’ionisation complémentaires (ESI et MALDI) et à des mesures en MS et en MS/MS (fragmentation). Un spectromètre est équipé d’une cellule de mobilité ionique (séparation d’isomères en phase gazeuse). Un autre est modifié pour activer les ions par CTD* avant leur dissociation MS/MS (*charge transfer dissociation) (résolution structurale complète des structures oligosaccharidiques). Le spectromètre MALDI est dédié à l’imagerie par spectrométrie de masse.
Détail des équipements et années d’acquisition :
Spectromètre ESI-Q-TOF, équipé d’une cellule de mobilité ionique. SYNAPT G2Si HDMS, Waters. 2013.
Spectromètre ESI-IT, équipé d’un dispositif d’activation He-CTD. Amazon SL, Bruker. 2018
Spectromètre MALDI-TOF. Rapiflex Tissue typer, Bruker. 2018.
Chromatographie liquide en phase inverse UPLC. Marque: Acquity H class, Waters. 2012.

• Microscopie
Cinq microscopes : 2 photoniques, 2 électroniques (transmission et balayage) et 1 microscope à force atomique, permettant une observation depuis l’échelle du nanomètre jusqu’au millimètre et par différentes modalités. L’AFM-Raman permet de coupler une information structurale à une information chimique localisée. Le microscope électronique à balayage laser fonctionne en mode environnemental (échantillons hydratés).
Différents équipements dédiés à la préparation des échantillons biologiques spécifiques à chaque technique sont également disponibles.

Détail des équipements et années d'acquisition :
Microscopes :
Cryo-Microscope Electronique à Transmission JEM-1230, JEOL. 2005
Microscope électronique à balayage, mode environnemental. Quattro S, Thermo-Fisher. 2018
AFM couplé RAMAN et fluorescence (Bruker et Renishaw). 2013
Microscope Confocal à Balayage Laser A1, Nikon. 2009, upgrade 2018.
Microscope inversé à épifluorescence fluorescence Zeiss. 2009

• RMN
Deux appareils de RMN 400 MHZ (Bruker), l’un situé sur la plate-forme BIBS (RMN WB du solide) et l’autre (RMN NB du liquide) à l’Université des Sciences de Nantes (Unité de recherche CEISAM). Deux spectromètres bas champ Minispec 20 MHz (Bruker) équipé de sondes 1H pour des mesures de relaxométrie et de diffusion renseignant sur la mobilité de solutés dans des matrices complexes à base de biopolymères. Un robot passeur d’échantillons complète ces équipements afin d’analyser des collections d’échantillons.
L’appareil de RMN du solide (400 MHz Avance III Bruker) peut être équipé avec des sondes typiquement « solides » mais également avec deux sondes « liquide ». Une jouvence de cet équipement a été réalisée en 2018 (changement de l’aimant) et a également permis d’acquérir une sonde de micro-imagerie adaptée à ce spectromètre.

Détail des équipements (site de la plate-forme) et années d’acquisition :
RMN solide: 400 MHz WB AVIII, Bruker : aimant remplacé en 2018, console AVIII 2008.
Minispec mq20 Bruker : l’un installé en 2009, l’autre (18mm) en 2018

• Chemotypage
Analyses en chromatographie liquide d’échange d’ions ou par UPLC-ELSD/Fluo, par GC ou GC-MS, et dosage élémentaire. Extracteurs automatiques et automate de pesée et de préparation. Cet ensemble permet de caractériser la variabilité de composition et de structure des biopolymères dans des collections larges d’échantillons par une approche biochimique basée sur des empreintes moléculaires.

Détail des équipements et années d’acquisition :
Deux extracteurs accélérés par solvant ASE350 (Dionex) : 2010 et 2012
Robot de pesée et de préparation des échantillons, SwingXL, Chemspeed : 2012
Chromatographie liquide d’échange d’ions, ICS300 (Thermo-Fisher). 2009
Chromatographie UPLC avec détecteurs ELSD/Fluo/WFMA, Acquity H-class, Waters. 2016
Chromatographe TRACE GC ULTRA et chromatographe TRACE GC couplé à un spectromètre de masse ISQ (Thermo-Fisher). 2012
Analyseur élémentaire Vario Cube, Elementar. 2016.

Galerie

Aucun visuels disponibles.