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GenomEast
Responsable : Irwin DAVIDSON • Responsable Tech. : Christelle Thibault-Carpentier
Adresse : IGBMC
1 rue Laurent Fries
67400 Illkirch-Graffenstaden

complements

Certifications

  

Site web

http://genomeast.igbmc.fr/

Presentation de la plate-forme

La plateforme GenomEast, hébergée à l'IGBMC, est partenaire de l'Infrastructure Nationale de Recherche «France Genomique». Forts d'une expérience de plus de 15 ans, nous proposons une large gamme de services pour l'étude des génomes, leur expression et leur régulation, depuis le contrôle qualité du matériel de départ jusqu'à l'analyse des données. Ces services sont destinés à l'ensemble de la communauté scientifique, nationale et internationale, publique et privée.

Actuellement équipés d'un séquenceur Illumina HiSeq 4000, nous effectuons en routine des prestations de ChIP-seq, DNA-seq et RNA-seq en utilisant une grande variété de protocoles. Nous avons développé des pipelines bioinformatiques dédiés pour analyser les résultats produits et nous proposons aux porteurs de projet une aide à l'analyse de leurs données de séquençage sous la forme de collaborations scientifiques. Nous proposons également des prestations d'analyse de l'expression génique par Q-PCR à haut débit avec la technologie Fluidigm Biomark ™ à partir d'ARN totaux ou bien de cellules uniques. Enfin, nous avons une expérience en mRNAseq sur cellules uniques avec les technologies Fluidigm et BD™ Genomics.

Une part importante de notre activité est dédiée à l’innovation via la mise en place et l'évaluation de nouveaux protocoles ou via la réalisation de services à la carte pour des équipes de recherche. Ces développements nous permettent d'améliorer nos prestations existantes ou d’enrichir notre portefeuille de prestations en nous maintenant à la pointe de la technologie.

En plus des prestations de service, nous mettons à disposition de la communauté scientifique un équipement Covaris pour la fragmentation de l'ADN et de la chromatine ainsi que des outils bioinformatiques pour l'analyse de leurs données de séquençage sur une instance locale de la plateforme d’analyse bioinformatique Galaxy sous le nom de GalaxEast (http://www.galaxeast.fr/).

Une autre fonction de notre plateforme est la diffusion de l’information scientifique et de notre expertise. Pour cela nous organisons, au niveau régional et national, de nombreux cours, des ateliers de formation et des réunions d’utilisateurs. Nous participons également à des groupes de travail avec des experts spécialisés couvrant différents champs de compétence de la plateforme (technologie de séquençage, analyse statistique, analyse bioinformatique, norme ISO).

a) Technologie Illumina

-ChIP-seq pour l’étude de l’épigénétique et le profilage de facteurs de transcription sur le génome
-RNA-seq (mRNA-Seq et total RNA-seq) pour l’analyse de l’expression génique
-SmallRNA-seq pour le profilage des miRNA et autres petits ARN
-DNA-seq principalement exome-seq ou séquençage après capture de régions ciblées pour l'identification de mutations ou réarrangements
-Methyl-seq pour l’étude de l’état de méthylation de l’ADN

b) Technologie Fluidigm

-Analyse de Q-PCR haut débit sur tout type d’échantillons
-Capture et analyse de l’expression génique sur cellules uniques par Q-PCR ou RNAseq

c) Accès à l’équipement Covaris

-Fragmentation de l’ADN et de la chromatine

d) Accès à la plateforme GalaxEast

->270 outils bioinformatiques pour l’analyse de différents types de données «-omiques»

Moyens et equipements

- Plate-forme Illumina : 1 Illumina HiSeq™ 4000 et 1 cBOT

- Plate-forme Fluidigm : 1 C1™ Single Cell autoprep System, 1 Biomark™ HD, 1 IFC Controller MX, 1 IFC Controller HX

- Equipements informatiques : Stockage Isilon 325 To utiles, Lames de Calcul Dell 304 coeurs

- Equipements supplémentaires : 1 Covaris™ E220, 1 Fragment Analyzer™ Automated CE System et 1 Biomek® FXp de Beckman Coulter

Galerie

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