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FBI-PICT Institut Curie
Responsable : Jean Salamero, PhD (DR CNRS) • Responsable Tech. : Renaud,Fraisier,Del Nery,Hurbain,Soler
Adresse : Institut Curie -Cell and Tissue Imaging Core Facility-IBiSA
26 rue d'Ulm
75248 Paris

complements

Certifications

Pas de certification ISO

Site web

https://science.institut-curie.org/platf...

Presentation de la plate-forme

La plateforme PICT est distribuée en fonction des départements (domaines) scientifiques de l'Institut Curie. Cette implantation, contrainte par la nature parfois historique des bâtiments eux mêmes, permet le maximum de proximité des équipements et expertises adaptés aux champs d'application divers des 14 unités de recherche de l'Institut (Presque la moitié des 1000 personnels du Centre de Recherche). De plus, elle s'étend sur deux sites géographiques, Paris et Orsay. Chaque plateau a donc sa spécificité, sa personnalité. Tous sont ouverts aux utilisateurs externes, jusqu'à l'international depuis l'intégration de la PICT à l'infrastructure Nationale France BioIMaging (https://france-bioimaging.org/service-offering/).
La PICT couvre aujourd'hui tous les domaines de l'imagerie biologique, basés sur les microscopies photonique, électronique et ionique, de l'imagerie sur échantillons biomimétiques, au petit animal vivant (rongeur) en passant par les systèmes uni-cellulaires, et parmi ceux ci les plus simples (bactéries, levures), des organismes modèles (drosophile, C.Elegans, poisson zèbre), sans oublier les cultures organotypiques, tissus biologiques et divers modèles multi-cellulaires reconstitués (spheroides, par exemple).
La PICT a bien sûr un focus particulier sur tout les champs de recherche qui contribuent aux études en cancérologie (Immunologie , Biologie cellulaire des tumeurs, Biologie du Développement et Cancer, signalisation et processus métastatique, biologie et chimie des radiations, Genetique et épigénétique....).
Depuis un peu moins de 3 ans, Le plateau de criblage à haut contenu (HCS) Biophenics a rejoint la PICT (PICT-Biophenics), élargissant les activités de la PICT au translationnel en lien avec les études cliniques menées, notamment à l'Hôpital Curie.

En ce qui concerne les dispositifs d'imagerie, la PICT met aujourd'hui à disposition:

- Plus de 40 dispositifs d'imagerie photonique avancée
(de la videomicroscopie multi-canaux,multi-positions automatisée à la microscopie de haute résolution par feuille de lumière, non comptés les postes digitalisés d'épifluorescence simples, dont elle a en charge la maintenance).
Parmi les plus récents:
-La plateforme d'imagerie In vivo (MP, SHG, THG), pour des études longitudinales sur petit animal (collaboration avec la plateforme d'expérimentation animale de l'Institut Curie)
-La mise à disposition du premier confocal multi-points de large champ combiné à un TIRF azymuthal et multi-angles (MA-TIRFM) pour des imageries de haute résolution axiale (30nm) et temporelle, cellulaire in toto.
-La mise à disposition du premier système de super résolution Fast Live-SR ( Illumination Structurée en microscopie multipoints spinning disk) et un système de SMLM (Single Molecule Localization Microscopy) couplant dSTORM et MFM (Multi Focus Microscopy)
- Le premier système Lattice Light Sheet ouvert en France (ouverture en avril-mai 2017)
-Un nouveau système HCS d'imagerie confocal multi-points sur PICT-Biophenics (co financé par IBiSA AO 2015) pour le criblage fonctionnel par inactivation de gènes (banques siRNAs) et le criblage de banques de composés chimiques sur cellules vivantes ou systèmes multicellulaires reconstitués (spheroides).

L'ensemble des dispositifs photoniques sont localisés sur Paris pour les plateaux PICT-LM@Burg (auquel est rattaché le Nikon Imaging Center), PICT-LM@BDD, PICT-LM@Pasteur et Orsay pour le PICT-LM@Orsay.
PICT-Biophenics est intégré au laboratoire translationnel (Hopital, rue d'ULM)

-4 dispositifs de microscopie électronique et de nombreux instruments pour la préparation des échantillons sont localisés sur la PICT-EM@Burg et PICT-EM@Curie. ils permettent:
1) Une microscopie cellulaire 2D et 3D (tomographie) d' échantillons en résine
2) Les approches d'immunomarquage, Tokayasu
3) La Microscopie cryo-électronique 2D et 3D
4) Microscopie électronique 2D et 3D d'échantillons en coloration négative

- Sur PICT-ChemMap@Orsay, l'analyse Ultra-structurale d'échantillons biologiques par cartographie chimique est rendue possible par une combinatoire des technologies EFTEM (Electron Energy Filtered TEM) et nanoSIMS (Secondary Ionic Mass Spectrometry imaging)

En outre:

en 2017 (fin du premier semestre), la PICT en collaboration avec Le département IT de l'Institut Curie et la coordination Nationale de France BioImaging ouvrira le Public Image Data Repository-OpenImadis. Cette base de données publiques est basée sur la CiD-iManage précédemment ouverte pour les seules utilisateurs de la PICT et dont nous possédons les droits et le code source. Face à une demande croissante d'accès à des bases de données intelligentes permettant de sécuriser et de traiter (via des APIs) les données massives générées par les dispositifs sophistiqués mis à disposition sur les plateformes d'imagerie constituant l'infrastructure nationale FBI, l'Institut Curie a décidé d'ouvrir ce nouveau service à tous les auteurs d'articles ( à partir de 2016) faisant mention de la participation de France BioImaging, qui désireraient y déposer leurs données sources. OpenImadis fonctionne via un web-service et s'appuie sur un Data Center, mettant à disposition 100To d'espace de stockage à ce jour.

Depuis début 2017, La PICT, est à l'origine d'une initiative commune avec les plateformes Imagoseine (IJM-Diderot) et IMAG'IC (Institut Cochin), pour la mise en place et en commun d'un réseau de Laser Printer 3D de haute résolution permettant de fabriquer à façon de petites pièces (chambres et supports d'échantillons, petits supports optiques, dispositifs microfluidiques, cadre pour fenêtres d'observation....). 3 laser printers du même type et un site d'échange des formes 3D sont mis en commun.

Depuis 2017 la PICT-Biophenics met en service un nouveau setup HCS basé sur la microscopie confocale multipoints (spinning disk) et permettant de réaliser des screening sur échantillons vivants en 3D (cellules, petits organismes modèles, systèmes reconstitués multi-celluaires). Co financé par ANR/PACRI et IBiSA 2015.

Depuis 2016, la PICT est à l'initiative du développement d'un logiciel opensource collaboratif de e-management de plateformes (OpenIris solution; en collaboration avec le FMI à Bale, l'université de Zurich...). Ce logiciel est aujourd'hui déployé sur 6 autres plateformes du Curie CoreTech, sur la plateforme Imachem (ENS-Collège de France), en cours de déploiement sur le BIC-Bordeaux , à l'étude sur Imagoseine (IJM-Univ D.Diderot)...

- Depuis 2015, la PICT-EM@Burg et la PICT-LM@Burg ont engagé une stratégie de développement en CLEM (Correlative Light Electronic Microscopy) avec l'objectif de développer et de mettre à disposition le premier système Live-CLEM, permettant de relier en un seul pipeline les échelles d'observation du vivant en optique de haute résolution spatio-temporelle à celles du contexte ultrastructural en microscopie électronique Tomo EM. Parmi les avancées marquantes, notons la création de la startup CryoCapcell, le design et la mise à disposition en B-test d'un système Fast High Pressure Freezing, intégré à un dispositif optique (colaboration avec CryoCapCell et Nikon FR), et le développement du logiciel eC-CLEM (Nature Methods, 2017), permettant de naviguer automatiquement entre les différentes échelles pertinentes pourtant incohérentes.

La PICT offre d'ailleurs une expertise en optimisation et analyse d'images aux utilisateurs de l'ensemble des technologies sophistiquées qu'elle propose, a développé de nombreux software aujourd'hui disponibles sur site ou sur les plateformes logiciels de France BioImaging (mobyle@serpico, ou Icy), voire commercialisés (nD-Safir dans Metamorph, Photometrics...)

Enfin et en résumé, la PICT,
Fournit aux utilisateurs la formation, l'aide et les conseils nécessaires,
Participe aux planifications expérimentales avec les équipes,
Conserve et développe une installation technologique de pointe,
Réalise des développements techniques et logiciels innovants,
Collabore à des projets scientifiques,
Collabore avec des entreprises privées innovantes du domaine
Diffuse et communique sur son activité
Forme et enseigne aux niveaux national et international
Enfin, dans une certaine mesure (voir présente demande IBiSA 2017 si préselectionnée) essaye de proposer aux utilisateurs des solutions adaptées en termes de gestion des données image, pour des volumes inquiétants, des flux de données pour lesquels les structures IT classiques deviennent limitantes, et leur analyse, nécessairement automatisée.

Moyens et equipements

Nous ne pouvons pas indiquer ici dans le détail l'ensemble des équipements de la plateforme PICT. Cependant, nous tenons à la disposition d'IBiSA notre tableau list of PICT equipment 2016 qui liste l'ensemble des dispositifs mis à disposition, leur date d'acquisition, leur valeur amortissement pris en compte, leur localisation précise, les investissements réalisés au fil du temps (upgrading), et les sources qui ont permis leur financement.
Pour la nature de l'ensemble des systèmes ouverts et mis à disposition sur la PICT-IBiSA voir: http://iris.curie.fr/
Et pour les plus sophistiqués, voir https://france-bioimaging.org/service-offering/systems/

40 systèmes de microscopie photonique avancées dont:
-Des microscopes 4D à déconvolution à la plateforme NLO intravitale pour imagerie sur animal vivant ( souris);
-Multiples microscopes pour haute résolution (N-SIM, 3D-TIRFM et nanoscopie (PALM/d-STORM);
- CLSM (9 dont 5 MP) et Confocaux Multi-Point (13 systèmes pour applications diverses)
- 1 EasySPIM, 1 LLSM
- 4 systèmes de modalités différentes pour mesures biophysiques (FLIM-FRET TCSPC, FAIM, RatioMetric FRET et Phase modulation FLIM)
-2 inCELL pour HCS, 1 confocal HCS platform pour 3D screening HTP.
-4 microscopes électroniques 120 et 200 KeV, 1 NanoSIMS, une batterie d'instruments pour la préparation d'échantillons pour l'EM ( HPFs, Cryomicrotome, substitution....)

Tous les systèmes de microscopie avancée en service, ont eu un coût d'achat initial supérieur à 150 k€

Ensemble et compte tenu de l'amortissement (7 ou 10 ans selon les systèmes) ils représentent un capital en 2016, de plus de 6 400 k€

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