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GeT Plateforme Génomique et Transcriptomique
Responsable : Denis Milan • Responsable Tech. : Cécile Donnadieu
Adresse : @GeT_Genotoul

Centre INRA
Chemin de Borderouge
BP52627
Auzeville
31326 Castanet-Tolosan

complements

Certifications

  

Site web

http://get.genotoul.fr/

Presentation de la plate-forme

La plateforme GeT-PlaGe du GIS Genotoul a pour mission de mettre à la disposition des équipes de recherche publiques et privées une expertise, des méthodologies et des outils pour le génotypage de marqueurs génétiques, le séquençage, les études de l'expression des gènes.

Sur la période récente, la plateforme s’est positionnée sur du matériel de pointe peu répandu, ce qui a élargi le périmètre des équipes venant travailler sur la plateforme. Différents soutiens financiers acquis nous donnent la possibilité de continuer à nous développer en nous positionnant efficacement sur les nouvelles technologies de séquençage (fragments longs et courts) et génotypage moyen et haut débit.
Pour les années à venir, nous avons pour objectif de développer les deux axes scientifiques et technologiques suivants :

• Appui à la caractérisation du génome : structure fine et organisation fonctionnelle, connaissance de plus en plus poussée du génome, des gènes, de leurs régulations et de leurs interactions
• Appui à l’étude du polymorphisme

La plateforme accueille plus de 200 projets par an couvrant un très large panel de domaines : animal, végétal, santé et environnement, avec une expertise plus particulière sur les problématiques agronomiques et environnementales.

Nous développons des partenariats dans le cadre de programmes nationaux ou internationaux innovants (CARTOSEQ, FUNHYMAT, HELIOR, SUNRISE, PigletBiota, IMPACT, EFFECTOORES, AgENCODE, Treasure…), proposons des formations suivies d’un accès en autonomie ou encore de la prestation de service. L'ensemble de l'activité est tracée et les fichiers (résultats, log machine, paramètres …) mis à la disposition des laboratoires sur l'intranet dans leur espace personnel.

Nous avons, depuis toujours, un partenariat étroits avec la plateforme Bioinformatique de Genotoul qui nous accompagne dans le développement de pipeline et d’interface d’analyse (NG6) et dans le stockage de l’ensemble de nos données. Nous avons aussi établi des collaborations avec les fournisseurs d’équipements afin par exemple d’automatiser l’ensemble des étapes de préparation d’échantillons pour le séquençage nouvelle génération en fragments courts.

Dans le cadre de l’INRA et du Réseau PIA France Génomique, nous intégrons toujours mieux notre activité et nos développements en complémentarité avec l’institut de génomique d’Evry et autant que possible avec les autres sites régionaux de France Génomique et les autres plateformes de génomique de l’INRA.

Depuis 2009 nous avons créé une fédération de plateformes et plateaux toulousains (GeT-PlaGe, GeT-Biopuces, GeT-TQ, GeT-Purpan et GeT-TRIX) qui se sont associés pour gagner en lisibilité et apporter de façon coordonnée l’une des offres les plus complètes de France dans le domaine de la génomique et de la transcriptomique. Ce regroupement a donné naissance à GeT (Génome et Transcriptome) et a un site web commun où se trouve la liste de tous les équipements disponibles sur les 5 sites http://get.genotoul.fr. Un système d'information commun est en cours de déploiement sur les sites intéressés, permettant d'homogénéiser les procédures et d'offrir aux utilisateurs des interfaces uniques et connues.

Dans le prolongement de la certification ISO 9001 acquise en octobre 2008 et renouvelé en septembre 2013, la direction et l'ensemble du personnel de la plateforme souhaitent poursuivre sur la voie de l’amélioration du service rendu aux utilisateurs et s’engagent à tout mettre en œuvre pour satisfaire et si possible anticiper leurs exigences dans le respect des lois et de la réglementation. La plateforme est également certifiée NFX50-900 depuis 2015

Moyens et equipements

Expertise et Moyens Humains :

La plateforme GeT-PlaGe compte une 20aine de personnes (dont 7 permanents INRA), avec des compétences en biologie, bioinformatique, informatique et statistique. La gestion administrative et financière est assurée en interne.
En plus de ces personnels dédiés, elle accueille sur des périodes plus ou moins longues des personnels mis à disposition d’équipes de recherche ou de laboratoire pour la réalisation de leurs programmes.

Matériels :

• Séquenceur PacBio RS II (2015)
• Séquenceurs Illumina Hiseq 3000 (2 machines acquises en 2015 & 2016)
• Séquenceurs Illumina MISEQ (3 machines en 2011, 2014 & 2016)
• Chromium de 10X Genomics (2016)
• Minion d'Oxford Nanopore (3 appareils, 2016)
• Appareil de QPCR QuantStudio 6 (2014)
• Amplicons en nanovolume Acces Array (2014)
• Quantification ADN-ARN Fragment Analyser (2014)
• Robots pipetteur Tecan Genesis 150 (2014)
• Single cell Fluidigm Module C1 - qPCR sur cellules uniques (2013)
• Robots pipetteur Tecan Genesis 200 et Genesis 150 (2013)
• PyroMarq Q24 (2013)
• PCR et QPCR nano volume - Biomark de Fluidigm (2009)
• Robot pipeteur Tecan EVO 200X8 (2009)
• PCR Quantitative Roche LC480 (2006)
• Séquenceur ABI3730 (2005)
• PCR quantitative ABI7900 HT (2004)
• Séquenceur 16 capillaires ABI 3130 (2003)
• Thermocycleurs 4x2x384 ABI9700 (2001)
• Robots pipeteurs Tecan Genesis 150/200X8 (2001)

Anciens matériels
• Séquenceur Hiseq 2500 1T (2014)
• Séquenceur Hiseq 2500 (2013)
• Séquenceur HiSeq2000 (2010)
• Séquenceur 454 Roche GS FLX (2008)

Soutiens Financiers :

La plateforme est soutenue dans différents programmes :
• CNOC - Plateforme Stratégique INRA
• PIA - Infrastructure d’avenir dans le cadre du programme PIA
• CPER 2014-2020
• Région Midi Pyrénées
• ANR et Europe - programmes de recherche partenaires

Compte twitter : @get_genotoul

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