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MicroPICell
Responsable : Perrine Paul-Gilloteaux • Responsable Tech. : Steven Nedellec
Adresse : 8 quai moncousu
44007 nantes

complements

Certifications

Pas de certification ISO

Site web

http://www.micropicell.univ-nantes.fr/

Presentation de la plate-forme

La plate-forme MicroPICell propose une offre intégrée complète en imagerie cellulaire à l’ensemble de la communauté scientifique ligérienne mais aussi extérieure, qu’elle soit académique ou industrielle. Un point d'entrée centralisé par un système de réservation et facturation unique pour l'ensemble des prestations proposées permet aux utilisateurs et collaborateurs d'avoir accès aux services de préparation des échantillons, d'observation en microscopie photonique et de gestion et analyse des données images générées. Les demandes de financements région de la plateforme se font en concertation avec la plateforme APEX, du site ONIRIS de Nantes, au sein du CENN (Centre d’Excellence Nikon Nantes) et du GIS BioGenouest.
La plateforme APEX est une plateforme en anatomie pathologique, qui propose entre autre une activité d'imagerie tissulaire complémentaire de nos activités. La plateforme APEX, labellisée IBISA dans la catégorie Autres ne fait pas de demande de financement cette année et coordonnerait ses demandes avec MicroPICell. La plateforme MicroPICell serait donc la seule plateforme IBISA de la catégorie imagerie cellulaire sur Nantes.
La plateforme MicroPICell propose des services de préparation d’échantillons adaptés aux besoins des équipes de recherche, allant de l’inclusion, congélation et coupe des échantillons jusqu’à la mise en œuvre de techniques de coloration et immuno-marquages. L’ensemble des lames ainsi réalisées peut être intégralement numérisé grâce à un scanner de lames. Les lames virtuelles ainsi générées sont stockées sur un serveur dédié et peuvent être partagées à distance.

Les préparations fluorescentes, fixées ou vivantes, peuvent être visualisées sur différents systèmes de microscopie, vidéo « time lapse », microscopie plein champ avec apotome, High Content Screening HCS, microscopie confocale , macroscope stéréoscope fluo, et microscopie de super résolution par illumination structurée SR SIM. Des prestations plus spécifiques telles que l’utilisation de la microfluidique, la déconvolution spectrale confocale, l’imagerie confocale à très haute résolution temporelle et les mesures de temps de vie de fluorescence sont aussi disponibles. Nous élargissons actuellement cette offre en proposant sur site la réalisation de micropatterning sur des supports de culture cellulaire, un système a été acquis debut 2018 et un ingénieur en contrat CDD pour 1 an est affecté à cette mission depuis le 1er mars 2018.

Un serveur de stockage, de partage et de calcul est mis à disposition de la communauté des utilisateurs, https://openimadis-micropicell.sante.univ-nantes.fr/ et https://micropicell-scan.univ-nantes.fr/NDPServe.dll ainsi que des postes d’analyses dotés d’un large panel de logiciels d’analyse des données images. Une assistance à la conception et à la mise en place des plans de gestions de données est également proposée.

Les utilisateurs sont ainsi suivis du début à la fin de leur projet grâce aux différentes expertises présentes. Certaines prestations aboutissent à des collaborations lorsqu'un besoin de développement est identifié. Dans ce cadre, les membres de MicroPicell sont par exemple co-auteurs ou auteurs principaux de 29 publications en 2016-2018.

L’ensemble de ces prestations (service, formation, mise au point technique et méthodologique) est assuré par 3 ingénieurs et 1 technicienne dont les activités cumulées sont à 90% dédiées au fonctionnement de la plateforme. En 2018, deux ingénieurs supplémentaires sont affectés à la plateforme à 100% (dont 1 sur fonds propres).

Moyens et equipements

Scanner de lames Nanozoomer Hamamatsu (2012), Automate d’ immunomarquage (2017), Station d'enrobage Leica, Cryostat Leica, Microtomes Leica, Automate de déshydratation leica, automate de coloration Thermo, Microscope Multitêtes Leica, Tissue Micro-array.

Microscope multimodal Nikon : Confocal A1 + Super Résolution SIM (2017), Microscope Confocal Nikon A1 Resonant Spectral (2011), Microscope Confocal Nikon C1(2008), Axiovert Zeiss + Apotome (2005), LEICA DMI8 Time Lapse (2006-2017), HCS ArrayscanCellomics (2012), Zeiss Axiozoom (2018),

Système de microfluidiqueBioflux 2000, Système de mesure de temps de vie de fluorescence Picoquant (laser pulsé, capteur SPAD, logiciel Symphotime), Micropatterning Primo Alvéole, Imprimante 3D Volumics.

Logiciels Volocity, Huygens SVI déconvolution, Amira 3D, Metamorph offline, BitplaneImaris, NIS Elements, Matlab. Ces logiciels sont installés sur des postes informatiques dédiés à l’analyse.

Galerie

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