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POPS-Plateforme de Transcripomique de l'IPS2
Responsable : Ludivine Soubigou-Taconnat • Responsable Tech. : Ludivine Soubigou-Taconnat
Adresse : Plateforme Transcriptomique - POPS
Institut de Sciences des Plantes - Paris-Saclay - IPS2
Bâtiment 630, rue de Noetzlin
Plateau du Moulon
91190 - Gif-sur-Yvette
91190 Gif sur Yvette

complements

Certifications


Plate-forme certifiée ISO 9001

Site web

http://ips2.u-psud.fr/fr/plateformes/spo...

Presentation de la plate-forme

Nos prestations prennent la forme d’une collaboration scientifique avec les laboratoires demandeurs: élaboration du plan d’expérience, contrôle qualitatif et quantitatif des ARN, construction de librairies, contrôle qualitatif et quantitatif des librairies, séquençage (NextSeq500 et accès aux HiSeq4000 du CNS), analyses bioinformatiques et statistiques, mise en forme des résultats et soumission dans les bases de données : CATdb et GEO (NCBI). Des méthodes d’analyses statistiques ont été spécifiquement développées pour nos microarrays et pour le RNA-seq en collaboration avec l'équipe «Réseaux génomiques» de l'IPS2. L’ensemble de la procédure est réalisée par le personnel de la plateforme, toutefois quand les projets dépassent les capacités en personnel de la plateforme, nous demandons un complément, soit sous forme de mise à disposition de personnels des laboratoires partenaires, soit sous forme de CDD au travers des contrats de recherche (ANR, EU etc…).
Nous fournissons l’ensemble des résultats bruts, analysés et également des présentations «directement accessibles» pour les partenaires biologistes sous forme de fichiers tableurs. Plus d'informations sur le site web de la plateforme : http://ips2.u-psud.fr/fr/plateformes/spomics-interatome-metabolome-transcriptome/pops-plateforme-transcriptomique.html.

Moyens et equipements

-Séquenceur : NextSeq500, Illumina
-Accès aux séquenceurs Hiseq2000, Illumina, de l'IG-CNS (depuis 2010)
-Robot de pipetage : Biomek FX Beckman
-Appareil Q-PCR : CFX384 BioRad
-Electrophorèse capillaire : Bioanalyzer, Agilent
-Nano-spectrophotomètre : Nanodrop, BMG Labtech
-Fluorimètre : FluorstarGalaxy, BMG Labtech
-Ultrasonicateur : M220, Covaris
-PippinHT, Sage Science
-Chromium, 10x Genomics (2019)
-MinION, Oxford Nanopore (2019)

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