IMGT

Un système d’information spécialisé en immunogénétique et immunoinformatique, référence internationale dans le domaine.

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Un système d’information spécialisé en immunogénétique et immunoinformatique, référence internationale dans le domaine.

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IMGT

Le système international d’information en immunogénétique IMGT est spécialisé dans les séquences, structures et données génétiques des immunoglobulines (IG), des récepteurs T (TR), des protéines majeures d'histocompatibilité (MH) des vertébrés, des protéines apparentées du système immunitaire (RPI) des superfamilles IgSF et MhSF des vertébrés et invertébrés, des protéines de fusion pour les applications immunologiques (FPIA) et des protéines composites pour les applications cliniques (CPCA).

IMGT est composé de bases de données fondées sur IMGT-ONTOLOGY, la première dans ce domaine, d'outils interactifs et de pages de ressources web. IMGT se consacre à l'avancement des connaissances scientifiques à travers ses trois axes principaux de recherche et développement visant la compréhension de la réponse immunitaire adaptative par le décryptage des gènes des immunoglobulines (IG) et des récepteurs des lymphocytes T (TR) sur les loci génomiques des vertébrés à mâchoires, l'analyse et l'exploration des répertoires d'IG et de TR exprimés, par comparaison avec les répertoires de référence IMGT dans des situations normales et pathologiques, et la construction de bases de données et d'outils de structures 2D et 3D pour l'analyse des protéines immunitaires adaptatives, des anticorps et des TR modifiés.

IMGT est utilisé par des équipes académiques et industrielles dans la recherche fondamentale et médicale, la recherche vétérinaire, la recherche en génomique, en biologie structurale et biotechnologies, la recherche pour le diagnostic, le pronostic et le suivi thérapeutique des leucémies, lymphomes et myélomes. Depuis juillet 2026, IMGT est officiellement reconnue comme ELIXIR Core data resource, un label attribué par ELIXIR, l’infrastructure européenne de référence pour les données en sciences de la vie, aux ressources de données biologiques essentielles pour la recherche, confirmant le rôle majeur d’IMGT dans le domaine de l'immunogénétique.

Expertises et services

Mise à disposition de bases de données :

IMGT/LIGM-DB, base de données internationale pour les séquences nucléotidiques des immunoglobulines (IG) et récepteurs T (TR) de l’Homme et des autres espèces de vertébrés avec traduction des séquences entièrement annotées,
IMGT/GENE-DB et liens réciproques avec la base de données Gene du NCBI constituant les uniques liens directs effectués par gène sur une base de données externe,
IMGT/3Dstructure-DB,
IMGT/2Dstructure-DB,
IMGT/CLL-DB, base de données des séquences IG de patients atteints de leucémie lymphoïde chronique (LLC),
IMGT/mAb-DB, base de données des anticorps monoclonaux à visée thérapeutique.

Mise à disposition d’outils d’analyse en ligne :

IMGT/V-QUEST, logiciel d'alignement de séquences pour IG et TR,
IMGT/HighV-QUEST pour l'analyse à haut débit NGS d'IG et TR,
IMGT/StatClonotype pour l'analyse statistique des résultats d'IMGT/HighV-QUEST,
IMGT/JunctionAnalysis pour IG et TR humains et murins,
IMGT/DomainDisplay pour séquences d'acides aminés,
IMGT/DomainGapAlign,
IMGT/Collier-de-Perles,
IMGT/DomainSuperimpose,
IMGT/StructuralQuery,
IMGT/RobustpMHC,
IMGT/mAb-KG,
IMGT-KG,
IMGT/StatAssembly,
IMGT/MGV.

Mise à disposition de ressources web :

IMGT Scientific chart fournissant le vocabulaire contrôlé et les règles d'annotation sur la base d'IMGT-ONTOLOGY,
IMGT Repertoire fournissant une interface conviviale aux données expertisées concernant le génome, le protéome, le polymorphisme et la structure des IG et TR de l'Homme et des autres espèces de vertébrés,
IMGT Index, IMGT Education, IMGT Aide-mémoire, IMGT Bloc-notes,
IMGT Immunoinformatics page,
IMGT Medical page fournissant aux cliniciens des informations sur les bases, outils et données d'intérêt médical d’IMGT,
IMGT Veterinary page fournissant aux vétérinaires des informations d’IMGT sur les génomes, séquences et structures 3D des IG et TR des espèces animales,
IMGT Biotechnology page fournissant un ensemble d’informations sur l’ingénierie des anticorps (phage display), les anticorps de camélidés et l’humanisation des anticorps monoclonaux thérapeutiques.

Moyens et équipements

Serveurs informatiques :

Serveur Dell R530 (imgt2) avec 1 CPU, 6 cœurs, 32 Go RAM et 18 To disque pour les sauvegardes (IMGT, localisation DR13),
Serveur Dell R630 (imgt1) avec 2 CPU, 8 cœurs et 96 Go RAM pour le calcul (IMGT, localisation DR13),
Serveur Dell PowerEdge R840 (chipiron) avec 4 CPU, 22 coeurs, 1 GPU Tesla V100S, 126 Go RAM et 7 To disque pour le calcul (IMGT, localisation IGH),
Serveur HPE DL385 Gen11 (imgt-iota) avec 2 CPU, 32 coeurs, 256 Go RAM et 80 To disque pour les utilisateurs (IMGT, localisation IGH),
3 machines virtuelles (imgt-hvq, imgt-www1, imgt-www2) pour le web et le calcul.

Heures de calcul sur les moyens nationaux :

300 000 h/cœur sur Jean Zay à l’IDRIS, 100 000 h/cœur et 1 000 h/GPU V100 sur Irene au TGCC attribuées à IMGT en réponse aux appels à projets du GENCI.

<hr>Arbre phylogénique de l’ensemble des sous-groupes du locus TRB avec un gène représentant pour les espèces suivantes : l’Homme, le macaque, le chat, le chien, le furet, le lapin, le porc et le mouton.

Comment soumettre un projet ?

Pour utiliser un outil, soumettre un projet ou demander des renseignements, vous pouvez envoyer un mail à l'adresse contact-imgt@igh.cnrs.fr.

Sur les serveurs d'IMGT, il est possible de télécharger des données d'IMGT/LIGM-DB, IMGT/GENE-DB ou IMGT/3Dstructure-DB et comparer leurs séquences par rapport aux références d'IMGT/LIGM-DB, IMGT/GENE-DB, IMGT/DomainDisplay ou IMGT/3Dstructure-DB. Des références croisées avec HGNC, NCBI Gene, UniProt et Séquence Ontology sont établies sous la forme de liens réciproques.

Les données IMGT sont mises à disposition des utilisateurs publics et privés sous licence CC BY-4.0. Afin de soutenir le développement, la mise à jour et le fonctionnement d'IMGT, une contribution financière peut être demandée, à l'exclusion des données IMGT. Cette contribution n'affecte en rien la licence CC BY-4.0 applicable aux données et métadonnées IMGT.

Exemple de projet

IMGT/mAb-KG, l'IMGT-KG pour les anticorps monoclonaux thérapeutiques

IMGT/mAb-KG est un sous-graphe d’IMGT-KG, le premier graphe de connaissance (KG) en immunogénétique dédié aux anticorps monoclonaux thérapeutiques (mAbs). Ces mAbs sont des protéines immunogénétiques modifiées en laboratoire afin de cibler d’autres molécules spécifiques dans les pathologies telles que les cancers ou les maladies auto-immunes.

Alimenté par IMGT/mAb-DB, IMGT/mAb-KG offre un cadre d’exploration visuelle des mAbs, de leurs cibles, des pathologies, ainsi que de leur mode d’action. Cet outil permet ainsi aux cliniciens et compagnies pharmaceutiques d’être à jour sur les avancées récentes, de chercher de nouvelles cibles ou d’étudier les mAbs afin de les transposer dans leur propres travaux. Il constitue par conséquent une véritable référence pour le développement des mAbs.

Par ailleurs, IMGT/mAb-KG fournit plus qu’une exploration des données sur les mAbs : il génère des hypothèses scientifiques dans le domaine thérapeutique. Cet outil utilise en effet des techniques de machine learning pour suggérer l’utilisation des mAbs existants dans de nouvelles pathologies (drugs discovery). Il s'agit donc d'un support pour guider la découverte de nouvelles thérapies avec des mAbs existants.

Pour en savoir plus : Sanou G. et al. (2024). IMGT/mAb-KG: the knowledge graph for therapeutic monoclonal antibodies. Frontiers in Immunology, 15.

Contact

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Institut de génétique humaine (IGH), UMR9002 CNRS/UM
141 rue de la Cardonille
34396 Montpellier
Région : Occitanie+33 (0)4 11 75 97 28
sofia.kossida@igh.cnrs.fr
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