IBiSA a été créé en juin 2007, à la suite de la disparition du Consortium national de recherche en génomique (CNRG), groupement d’intérêt public (GIP) regroupant le Centre national de séquençage (CNS), le Centre national de génotypage (CNG) et le Réseau national des génopôles (RNG).

Fondé à l’initiative de Michel Kochoyan, resté directeur de la structure jusqu’à son décès en 2016, le GIS a pour vocation de structurer et de financer les infrastructures de recherche en sciences de la vie, en mutualisant leurs moyens. Son action a permis l'émergence de plateformes de visibilité nationale dans tous les domaines de la biologie, des cellules souches à la biologie structurale. Cette organisation a facilité la mise en place des premières infrastructures nationales en biologie et santé (INBS) entre 2010 et 2013. La majorité des plateformes des INBS aujourd’hui présentes sur la feuille de route du MESR sont labellisées IBiSA.

Depuis plus de dix ans, les efforts du GIS transforment le socle de mesure de la biologie, santé et agronomie en France et offrent à l'ensemble des chercheurs un accès à des technologies essentielles pour traiter les aspects les plus modernes de leurs recherches.