POPS

Un large pannel de prestations techniques, bioinformatiques et statistiques pour l’analyse du transcriptome des plantes, avec une expertise renforcée par le développement constant de nouvelles approches et technologies.

Site de la plateforme

POPS

Site de la plateforme

POPS

POPS est la plateforme transcriptomique de Paris-Saclay. Créée en 2003, elle propose un panel de prestations techniques et bioinformatiques pour l’analyse du transcriptome des plantes. Elle offre à la communauté scientifique publique et privée la possibilité de répondre à des questions biologiques clés grâce au séquençage d'ARN à haut débit.

POPS réalise des projets d’étude en collaboration avec des équipes de recherche nationales et internationales. La plateforme a fait le choix de se spécialiser exclusivement sur les végétaux afin de développer une expertise forte et de conseiller au mieux ses associés. A ce jour, elle a travaillé sur plus de 93 espèces végétales différentes.

Le champ d'application de ses travaux implique de rester à la pointe de la technologie dans le domaine du séquençage et de l’analyse des données, afin de proposer des protocoles techniques et des analyses bioinformatiques pertinents et intéressants, tant sur le plan biologique que financier. La plateforme dispense par ailleurs des formations, participe à des enseignements, coorganise des journées sur le thème des omiques végétales et accueille des stagiaires tout au long de l'année.

Expertises et services

Conception de projets et établissement de plans d’expérience,
Analyse transcriptomique orientée ou non des ARNs polyadenylés (brin codant),
Analyse des petits ARNs : miRNA, siRNA…
Analyse orientée des ARNs non polyadenylés (déplétion),
Microtranscriptomique ou séquençage de très faibles quantités d’ARN (à partir de 75 pg),
Métatranscriptomique ou séquençage du transcriptome de plusieurs espèces à partir d’un même échantillon,
Analyse d’empreintes,
Analyse à l’échelle de la cellule unique,
Séquençage long reads permettant un assemblage hybride de novo,
Analyse bioinformatique et statistique des données générées,
Soumission des données aux bases de données CATdb (base de données interne) et GEO (base de données internationale du NCBI),
Aide à l’interprétation et à la valorisation des résultats.

Moyens et équipements

Bioanalyzer 2100 (Agilent),
Fragment Analyser (Agilent),
CLARIOstar Plus (BMG Labtech),
Qubit (Invitrogen),
Pippin HT (Sage Science),
MACSQuant Tyto (Miltenyo Biotec) ,
Chromium 10x Genomics (10x Genomics),
Rhapsody HT Xpress (BD Sciences),
NextSeq 500 (Illumina),
MinION (Oxford Nanopore),
P2 Solo (Oxford Nanopore)
Biomek FX (Beckman),
NanoDrop (BMG Labtech),
M220 Covaris (LGC Genomics),
Serveurs Dell et station de calcul.

<hr>Robot de pipetage Biomek FX (Beckman) dédié à l’automatisation de la préparation de banques et des échantillons pour les dosages en qPCR.

<hr>Tête 96 du robot de pipetage Biomek FX (Beckman).

<hr>Span 8 du robot de pipetage Biomek FX (Beckman).

<hr>Du séquenceur NextSeq 500 (Illumina) au ficher de résultats.

<hr>Flow cell à haut débit (à gauche) et moyen débit (à droite) utilisées pour le séquençage sur NextSeq 500 (Illumina).

<hr>Laboratoire de la plateforme pour la manipulation des ARNs.

<hr>Bioanalyzer 2100 (Agilent) pour le contrôle qualité des échantillons par microélectrophorèse capillaire.

<hr>Support de migration pour le contrôle qualité des ARNs sur le Bioanalyzer 2100 (Agilent).

<hr>Lecteur de microplaques CLARIOstar (BMG Labtech) avec mode fluorescence hautement sensible permettant le dosage quantitatif des échantillons d’ARN.

<hr>Microplaque 96 puits contenant une gamme étalon et des échantillons pour un dosage par fluorométrie dans le CLARIOstar (BMG Labtech).

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre un projet à la plateforme POPS, vous pouvez envoyer un mail à pops.ips2@universite-paris-saclay.fr en décrivant brièvement votre projet. Après une première prise de contact permettant d’étudier la faisabilité du projet, une réunion téléphonique ou sur site vous sera proposée, afin de définir vos objectifs et vos questions biologiques, d’établir un plan d’expérience... Les collaborateurs et experts concernés de la plateforme seront présents à cette réunion. Le délai de réalisation des projets varie selon le type d’analyse, le nombre d’échantillons et le taux d’occupation de la plateforme.

Exemple de projet

Analyse transcriptomique de plantes non modèle aux champs

Les équipes de Marc-André Selosse au MNHN et à l’Université de Gdansk en Pologne sont spécialisées dans l’évolution des plantes (autotrophie, mixotrophie, mycohétérotrophie), notamment des orchidées européennes. Afin de disposer de données sur leur physiologie, les chercheurs ont contacté la plateforme POPS pour effectuer une analyse transcriptomique de ces plantes, non cultivables en laboratoire et pour lesquelles aucun génome n’est disponible.

Avec les chercheurs, les experts de la plateforme ont établi les conditions de prélèvement des échantillons sur le terrain et d’extraction des ARNs. Ils ont ensuite analysé 20 échantillons de 3 espèces : construction des banques de séquençage Illumina, séquençage, assemblage et annotation d’un transcriptome de référence de novo par espèce, analyse d’orthologie et analyse statistique. Ce travail a été publié et sert à un nouveau projet incluant près de 300 échantillons et 10 espèces prélevées sur le terrain. Les technologies de séquençage Illumina et Oxford Nanopore sont déployées conjointement sur la plateforme.

Pour en savoir plus : Lallemand F. et al. (2019). In situ transcriptomic and metabolomic study of the loss of photosynthesis in the leaves of mixotrophic plants exploiting fungi. Plant Journal, 98(5):826-841.

Contact

POPS
Institut de sciences des plantes
Bâtiment 630, avenue des sciences
Plateau du Moulon
91160 Gif-sur-Yvette
Région : Île-de-France+33 (0)1 69 15 77 19
pops.ips2@universite-paris-saclay.fr
Site de la plateforme