Plateforme post-génomique de la Pitié-Salpêtrière (P3S)

Une expertise et des technologies de pointe pour la génomique et la protéomique, deux domaines complémentaires réunis sur un même site.

Site de la plateforme

Plateforme post-génomique de la Pitié-Salpêtrière (P3S)

Une expertise et des technologies de pointe pour la génomique et la protéomique, deux domaines complémentaires réunis sur un même site.

Site de la plateforme

Plateforme post-génomique de la Pitié-Salpêtrière (P3S)

Installée dans les locaux de la faculté de santé de Sorbonne Université, la plateforme P3S met à disposition des laboratoires académiques et privés une expertise et des technologies de pointe en matière de génomique et protéomique. Dans le cadre de collaborations, elle propose à ses utilisateurs un accompagnement tout au long de la réalisation de leur projet, depuis le conseil méthodologique jusqu'à l’interprétation des résultats. La plateforme met également à disposition, au sein d’un service commun, des équipements courants de laboratoire, notamment des scanners, des caméras, des spectrophotomètres et un automate de pipetage. L’accès libre à ces équipements est conditionné à une formation préalable.

Expertises et services

Analyse génomique :

Génotypage sur puces Illumina,
Analyse de la méthylation d’échantillons congelés ou FFPE sur puces EPIC Illumina,
Séquençage à lectures longues avec la technologie Oxford Nanopore (ONT) : séquençage de génome entier, échantillonnage adaptatif ciblé, analyse de méthylations et RNA-Seq.

Analyse protéomique par LC-MS/MS en bottom-up :

Quantification relative, analyse différentielle, phosphoprotéomique et interactome,
Quantification ciblée,
Caractérisation de protéines et de modifications post-traductionnelles,
Analyse de fluides biologiques,
Électrophorèse 2D.

Moyens et équipements

Analyse génomique :

BeadStation 500 (Illumina),
PromethION P-24 (ONT).

Analyse protéomique :

Système LC-MS/MS : nanoHPLC nanoElute2 (Bruker) couplée à un spectromètre de masse timsTOF HT (Bruker) équipé de la technologie PASEF et de la mobilité ionique,
Robot de préparation des échantillons DigestPro MSi (CEM) pour la digestion protéique et le dessalage de peptides,
Équipement complet pour l’électrophorèse 2D-DIGE (GE Healthcare).

<hr>Puces Illumina prêtes à être scannées.

<hr>Accessoires nécessaires à la réalisation des expériences Illumina.

<hr>Bras robotisé et scanner de lames Illumina.

<hr>Pipetage automatique des réactifs de génotypage.

<hr>Acquisition de données de génotypage Illumina.

<hr>Système LC-MS/MS avec nanoElute et timsTOF Pro.

<hr>Prélèvement de bandes protéiques à partir d’un gel SDS-PAGE.

<hr>Scanner pour gels d’électrophorèse 2D.

<hr>Automate de pipetage pour la réalisation de protocoles de génotypage.

<hr>Equipements mutualisés en accès libre mise à disposition des utilisateurs de la plateforme.

<hr>Spectromètre de masse timsTOF Pro utilisant la mobilité ionique comme méthode de séparation supplémentaire des peptides.

Comment soumettre un projet ?

La plateforme P3S est ouverte aux chercheurs académiques et industriels. Pour soumettre une demande, vous pouvez envoyer un mail à l'adresse medecine-p3s@sorbonne-universite.fr en décrivant votre projet. La plateforme reviendra rapidement vers vous pour discuter de la faisabilité, du coût et des délais d’exécution.

Exemple de projet

Méthylome et tumeurs cérébrales : du diagnostic à la découverte

Le méthylome est un outil essentiel pour la classification des tumeurs cérébrales pour le diagnostic et pour la recherche clinique et translationnelle. Les régions du génome différentiellement méthylées entre les types de tumeurs reflètent à la fois la cellule normale à l'origine de la tumeur, les modifications épigénétiques induites par chaque voie d'oncogénèse et les populations de cellules normales constituant le microenvironnement de la tumeur.

La plateforme P3S a réalisé l'analyse du méthylome tumoral avec la puce EPIC Illumina à partir d'échantillons congelés ou fixés et inclus en paraffine. Cette dernière option est particulièrement utile pour appliquer l'analyse à un large nombre d'échantillons multicentriques, tout en sélectionnant de façon précise le secteur tissulaire d'intérêt grâce à l'aspect histologique. La fiabilité des résultats obtenus a contribué à la constitution d'une base de données de méthylomes de référence et à la description de nouveaux types tumoraux.

Plus récemment, la plateforme P3S a réalisé l’analyse du méthylome par séquençage nanopore sur tissu congelé. Cette méthode offre une analyse en temps réel de la tumeur d’un ou de quelques patients, ce qui réduit les délais et apporte une réactivité très utile pour le diagnostic.

Pour en savoir plus : Picca A. et al. (2026). Gliomas with pleomorphic and pseudopapillary features (GPAP) are circumscribed tumors with targetable mutations, prolonged survival, and frequent tumor predisposition. Brain Pathology, 29:e70153.

Contact

Plateforme P3S
Hôpital de la Pitié-Salpêtrière
91 boulevard de l’Hôpital
75013 Paris
Région : Île-de-France+33 (0)1 40 77 81 32
medecine-p3s@sorbonne-universite.fr
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