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Plateforme IRM in vivo animal et homme
Responsable : Monique BERNARD • Responsable Tech. : Sylviane Confort-Gouny
Adresse : CRMBM
Faculté de Médecine
27 Bd Jean Moulin
13385 Marseille

complements

Certifications

  

Site web

http://crmbm.univ-amu.fr

Presentation de la plate-forme

Spécificité scientifique :
La plate-forme située sur le campus hospitalo-universitaire de Marseille-Timone développe et applique les instruments et les méthodes de la Résonance Magnétique Nucléaire pour l'exploration morphologique, métabolique et fonctionnelle de l'animal et de l'homme (cerveau, muscle squelettique, cœur). Une des spécificités de la plate-forme est de conduire à la fois des recherches sur les modèles animaux et sur l'homme dans les trois thématiques mentionnées. Cette intégration verticale des activités de recherche lui confère une grande efficacité dans les transferts vers les applications cliniques des résultats obtenus en recherche fondamentale et pré-clinique (recherche translationnelle). La plate-forme occupe 2 sites, dédiés respectivement à l’imagerie sur le rongeur (Centre de Résonance Magnétique Biologique et Médicale - CRMBM - Faculté de Médecine de Marseille) et sur l’homme (Centre d’Exploration Métabolique par Résonance Magnétique, CEMEREM, Hôpital de la Timone, Marseille).
La plate-forme dispose d'une infrastructure de recherche biologique traditionnelle lui permettant de réaliser les recherches sous-tendant ses activités d'imagerie in vivo (salle de culture, autoclave, lyophylisateurs, hottes à flux laminaire, chambre froide, chaînes HPLC, chromatographe en phase gazeuse, centrifugeuses, spectromètres UV-visible, bancs de physiologie, microscopes optiques, etc…). L’expérimentation animale bénéficie de la proximité immédiate des animaleries traditionnelles et transgéniques de la Faculté de Médecine de Marseille Timone. La plateforme est également équipée d'une animalerie rattachée à l'animalerie centrale du site pour les études longitudinales. Enfin, la plate-forme conduit des projets actifs de développements instrumentaux (antennes RF dédiés, dispositifs de contention, accessoires pour monitoring physiologique, ergomètres pour animal et homme …) et méthodologiques (séquences d’impulsions, logiciels de traitement de données et de présentation des images multimodalitaires…). Le CRMBM et le CEMEREM sont équipés d'un réseau de 30 stations de travail (SUN, Silicon Graphics et PC) et de 60 micro-ordinateurs.

Descriptif détaillé des prestations


De nombreux protocoles de recherche en imagerie sur l'animal et sur l'homme (95) sont conduits sur les équipements de RMN. Il s'agit de projets internes ou externes associant les équipes du CRMBM/CEMEREM à des équipes extérieures appartenant au CNRS, à l'INSERM, aux Universités et au secteur industriel. La localisation de ces équipes est locale, régionale, nationale et internationale. A ce jour, une trentaine d'équipes extérieures collaborent avec le CRMBM sur des projets en imagerie RMN du petit animal et 60 équipes extérieures sont impliquées dans les protocoles de recherche clinique sur l’homme développés au sein du CEMEREM. Au total plus de 200 chercheurs et cliniciens bénéficient des activités de la plateforme CRMBM/CEMEREM. Les travaux font l'objet de nombreuses publications communes.

Moyens et equipements

1. Equipements de RMN (4 appareils pour l’animal (5 à la fin de l'année) et 3 pour l’homme)
IRM/SRM in vivo chez l'animal.
Spectromètre imageur Bruker AVANCE BIOSPEC équipé d’un aimant horizontal à 4,7 T (diamètre utile 30 cm), doté de 2 systèmes de gradients activement blindés (diamètre 20 cm et 12 cm) et d’une électronique multinucléaire avec découplage. Installation initiale en 1986. Remise à niveau avec installation de l'électronique et de l'informatique AVANCE en juillet 2000 (360 k€ financés à 10% sur la dotation CNRS de l’UMR , et à 90% sur ses ressources propres). Utilisation : développements méthodologiques et technologiques : 10%, protocoles de recherche : 90%.

Spectromètre imageur Bruker AVANCE 500 WB équipé d’un aimant vertical à 11,75 T (diamètre utile 10 cm) activement blindé. Installation en février 2004. Investissement : 1,1 M€ financés à 10% sur la dotation CNRS de l’UMR , 10% sur ses ressources propres, 15% sur le programme interdisciplinaire IPA, 30% sur l’Action Concertée Plateforme Thématique du Ministère de la Recherche et 35% sur des subventions des collectivités locales. Utilisation : développements méthodologiques et technologiques : 30%, protocoles de recherche : 70% notamment sur les modèles murins (souris transgéniques) de pathologies humaines.

Spectromètre imageur 7T 70/16 (acquisition fin d'année 2015-FLI)


SRM ex vivo chez l'animal.
Les études sur le cœur de souris, rat et lapin perfusés et sur le muscle de rat perfusé sont conduites sur deux spectromètres à haute résolution qui sont également utilisés pour les études de SRM 1D et 2D à haute résolution sur extraits cellulaires et les fluides biologiques

un spectromètre Bruker NICOLET NT 200 WB équipé d'un aimant vertical à 4,7 T (diamètre utile 10 cm) doté d'une électronique et de sondes multinucléaires. Installation en 1979 (financement par la DGRST). Remis à niveau avec console AVANCE d’occasion au printemps 2006 (coût : 120 k€ financés à 100% par l’UMR sur ses ressources propres).

un spectromètre Bruker AM 400 WB équipé d'un aimant vertical à 9,4 T (diamètre utile 8 cm) doté d'une électronique multinucléaire. Date d'acquisition : 1985 (financement par les collectivités locales et le Ministère de la Recherche et de la Technologie). Ce spectromètre est notamment utilisé pour l'analyse des extraits cellulaires et des fluides biologiques. Remis à niveau avec console AVANCE au printemps 2005 (coût : 300 k€ financés à 10% par l’UMR sur ses ressources propres, 10% par le CNRS, 10% par le Programme IPA et 30% par les collectivités locales

IRM/SRM in vivo chez l'homme.
2 appareils d’IRM corps entier ont été acquis et installés dans l’extension du CEMEREM au printemps 2008 ( coût total des équipements : 4,72M€)
- Spectromètre imageur Siemens AVANTO équipé d’un aimant horizontal corps entier à 1,5 T, Utilisation : développement méthodologique et technologique 30%, protocoles de recherche 70%.
- Spectromètre imageur Siemens VERIO équipé d’un aimant horizontal corps entier à 3T T, de 70 cm de diamètre utile. Cet appareil est le premier de ce type livré en France et en Europe. Utilisation : développement méthodologique et technologique 30%, protocoles de recherche 70%.
-Spectromètre Siemens 7T Magnetom équipé d'un aimant à 7T (acquis en 2014, financement Equipex)

L'URM assure le financement de la maintenance de tous les équipements

2. Equipements de Biochimie/Physiologie/Pharmacologie
A côté des équipements d'imagerie et de spectrométrie de RMN, la plate-forme dispose au sein de l’UMR de laboratoires et d'équipements permettant de mettre en œuvre l'ensemble des techniques modernes utilisées couramment dans un laboratoire de Sciences du Vivant (salle de culture, autoclave, lyophylisateurs, hottes à flux laminaire, chambre froide, chaînes HPLC, chromatographe en phase gazeuse, centrifugeuses, spectromètres UV-visible, bancs de physiologie, microscopes optiques, etc…).
Les protocoles de recherche sur le muscle ont conduit l'UMR à développer deux ergomètres amagnétiques respectivement installés sur le Spectromètre Imageur Biospec Avance (exploration des muscles des membres supérieurs) et sur le Spectromètre Imageur corps entier Siemens AVANTO (exploration des muscles des membres inférieurs).

3. Moyens informatiques
La plate-forme conduit des projets de recherche méthodologique en IRM et dispose des moyens informatiques adéquats pour concevoir des développements instrumentaux, acquérir et traiter des données d'imagerie en masse. Un réseau de 20 stations de travail (Sun, Silicon Graphics) et de 50 micro-ordinateurs est disponible sur les deux sites d'implantation de la plate-forme CRMBM et CEMEREM. Il permet le transfert de données à haut débit et est connecté au réseau R3T2.
Les stations de travail sont équipées de tous les logiciels actuels utilisés dans la conception et la réalisation des séquences d'acquisition d'IRM/SRM (MatLab, IDL etc…), des logiciels de traitement d'images (SPM, etc…) et des logiciels avancés pour les analyses statistiques (Stat View, etc…). L’UMR 7339 assure sur ses crédits propres le financement des licences correspondantes à ces logiciels.

Galerie

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