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MicroScope TEST
Responsable : Claudine Médigue • Responsable Tech. : David Vallenet
Adresse : CEA/DSV/IG/Genoscope/Laboratoire de Génomique Comparative, 2 rue Gaston Crémieux
91057 EVRY

complements

Certifications

  

Site web

http://www.genoscope.cns.fr/agc/microsco...

Presentation de la plate-forme

MicroScope est une plate-forme d’annotation et d’analyse comparative de séquences génomiques microbiennes. Les prestations de la plate-forme sont destinées aux microbiologistes qui souhaitent analyser un ou plusieurs génomes bactériens du point de vue de leur annotation et de leur comparaison à d’autres génomes. Elles comprennent (1) l’exécution d’un large ensemble d’outils informatique (‘pipeline) permettant de caractériser les gènes et les signaux sur la séquence ainsi que la fonction biologique de ces éléments dans la cellule ; (2) l’intégration des données de séquence et des résultats d’analyse dans une base de données relationnelle, puis la prédiction du réseau métabolique associé à chaque génome étudié (système BioCyc de P. Karp, USA, installé au Genoscope) ; (3) l ‘organisation d’une formation de quatre jours qui permet aux experts de se familiariser avec les fonctionnalités du système MaGe et avec la problématique de l’annotation, puis de comprendre comment tirer profit des données disponibles dans la base pour orienter certaines expérimentations biologiques; (4) l’assistance continue aux utilisateurs dans leur tâche d’annotation, la production d’analyses complémentaires et l’aide à la préparation des figures et tableaux pour les publications ; (5) enfin, la soumission dans les banques de séquences internationales (EMBL et NCBI) des séquences et leurs annotations.

Moyens et equipements

MicroScope bénéficie de l’infrastructure informatique du Genoscope qui garantie le succès du service proposé par MicroScope: les ingénieurs systèmes assurent le fonctionnement 24h/24h des machines, la sauvegarde des bases de données thématiques toutes les nuits, etc. L’équipement informatique du centre est estimé à environ 750 Keuros (avec une capacité de stockage de 60 To et un nombre total de CPU égal à 72 cœurs). Notre groupe a participé à l’achat des équipements du Genoscope à travers plusieurs appels d’offre : 2 appels équipement semi-lourds de la Genopole d’Evry (110 Keuros), une ACI IMPbio (80 Keuros) et en 2007 une ANR PFTV pour laquelle un montant de 210 Keuros nous permet de réserver spécifiquement du temps CPU et de l’espace disque pour les besoins des projets de la plate-forme MicroScope.

Galerie

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