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Plateforme Métabolome Bordeaux
Responsable : MOING Annick • Responsable Tech. : DEBORDE Catherine
Adresse : Plateforme Métabolome Bordeaux,
Centre INRA de Bordeaux, Site de Villenave d'Ornon, IBVM
CS20032
33140 Villenave d'Ornon-Bordeaux

complements

Certifications

Pas de certification ISO

Site web

https://metabolome.cgfb.u-bordeaux.fr/

Presentation de la plate-forme

La Plateforme Métabolome de Bordeaux, labellisée Plate-forme Stratégique Nationale INRA (2008 et 2013), membre des INBS MetaboHUB et PHENOME, a pour vocation de satisfaire les besoins en métabolomique et lipidomique liés aux activités de recherche de laboratoires académiques et privés. Elle est ouverte à l'ensemble de la communauté pour la réalisation de collaborations et la mise à disposition de services, d’équipements et d'expertise.


• REALISATION D'ANALYSES
Profils métabolomiques-Métabolome d’échantillons végétaux
- Quantification des métabolites polaires majeurs par RMN-1H d’extraits polaires
- Réalisation et analyse d’empreintes métabolomiques par RMN-1H d’extraits polaires
- Caratérisation de profils métabolomiques par RMN multidimensionnelles d’extraits polaires
- Réalisation et analyse d’empreintes métabolomiques par LC-QTOF-MS ou LC-Orbitrap-MS d’extraits semi-polaires

Profils Lipidiques-Lipidome d’échantillons végétaux
- Extraction de lipides (phospholipides, lipides neutres, sphingolipides…)
- Analyse et quantification des acides gras par GC-FID ou GC-MS
- Analyse et quantification des lipides par GC-FID, GC-MS ou TLC
- Analyse des cires et polymères lipidiques par GC-MS ou GC-FID
- Analyses lipidomiques (quantification et caractérisation de lipides) par MS/MS ou LC-MS/MS

Identification de composés
- Détermination structurale de polyphénols (par MS et/ou RMN)
- Etude des interactions polyphénols/protéines (par RMN et/ou MS)

Phénotypage biochimique d’échantillons végétaux
- Dosages robotisés en microplaques: protéines totales, amidon, saccharose, glucose, fructose, malate, fumarate (sous réserve), citrate, acides aminés libres totaux, glutamate, proline, chlorophylles a et b (à partir d’une extraction)
- Quantification d’acides aminés par HPLC-fluorimétrie
- Dosage de polyphénols par HPLC-UV/Visible, LC-MS ion trap ou LC-RMN

Etude du métabolisme
- Mesures robotisées d’enzymes du métabolisme central (glycolyse, cycle de Krebs ou TCA, cycle de Calvin, pentoses phosphates, saccharose, assimilation de l’azote)
- Réalisation de spectres RMN pour la mesure d’enrichissements isotopiques C13 sur des fractions, pour la mesure de flux métaboliques

• MISE A DISPOSITION D’EQUIPEMENTS APRES HABILITATION A LEUR UTILISATION
- Mise à disposition de lecteurs de microplaques (340 nm, 405 nm, 520 nm, 570 nm et 600 nm), Robots de Cryobroyage et Cryopesée
- Mise à disposition du spectromètre RMN 600 MHz et du système LC-MS ion trap
- Mise à disposition du spectromètre RMN 500 MHz et du passeur BACS-120
- Mise à disposition d’équipements pour des analyses de métabolites ou lipides : UHPLC-DAD, LC-MS QTOF et LC-MS-Orbitrap, GC-FID, GC-MS, UHPLC-Fluorimètre, Linomat, densitomètre, évaporateurs.

• PRESTATIONS CONNEXES
- Etude de faisabilité
- Analyse des résultats
- Gestion et archivage des données générées et méta-données métabolome (Base de données et de connaissances dont MeRy-B, http://bit.ly/meryb) et LIMS phénotypage métabolique à haut débit (Plato)
- Accueil individuel et personnalisé de scientifiques et formation aux technologies et outils métabolomiques (analytiques et de traitement de spectres dont NMRProcFlow, http://nmrprocflow.org/) et de phénotypage métabolique (analytiques et statistiques).
- Formation initiale : encadrement de Master et Doctorants,
- Organisation d’atelier et de journées scientifiques.

Toutes les prestations sont réalisées sur le site du Centre INRA de Bordeaux à Villenave d'Ornon.
Le système de Management de la Qualité de la Plateforme Métabolome a été certifié ISO 9001:2008 par l'organisme LRQA de 2013 à 2015, et se base actuellement sur ce référentiel.

Moyens et equipements

- Spectromètre de AVANCE III RMN 500 MHz (cryoaimant (d'occasion fabriqué en 1997), 2001, électronique 2010), station d’acquisition et sondes (2010, Sonde RMN Bruker BBI ATMA 5 mm, Sonde RMN Bruker BBFO+ ATMA 5 mm, Sonde RMN Bruker BBO+ ATMA 10 mm) et passeur BACS-120. Robot BTpH (2012)

- Spectromètre AVANCE III RMN 600 MHz et son environnement avec 3 sondes (BBO H-D-Z, TXI H-C/N-D 5mm, et LC SEI 60 µL), LC et interface LC-RMN, et Système SPE pour LC-RMN et RMN (2008)

- Système UHPLC-UHRMS LTQ Orbitrap (2014)
- Interface TLC-MS (2016)

- Systèmes UHPLC-QTRAP5500 et nanoLC-QTRAP6500 SCIEX (2017)

- Chaîne LC-MS QqTOF Dionex-Bruker et Station de retraitement LC-MS (2007)

- Chaîne LC-MSn ion trap Bruker (2007)

- Chaînes GC-MS Agilent (2006, 2016) et GC-FID (2016)

- Systèmes robotisés de mesures à haut débit: robot de cryopesée, robots pipeteurs, capper-decapper, modules de contrôle de température, 11 lecteurs de microplaque UV/visible, 1 lecteur de microplaque multifonction, serveur de stockage et PC de contrôle dédiés (2009-2012-2013-2014-2016)

Galerie

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