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Proteomics@PSL University
Responsable : Joëlle VINH • Responsable Tech. : ESPCI VINH, 50% Institut Curie LOEW, 80%
Adresse : Proteomics@PSL University
SMBP CNRS FRE2032
ESPCI Paris
10 rue Vauquelin
75231 Paris cedex 05

complements

Certifications

Pas de certification ISO

Site web

https://www.smbp.espci.fr/Proteomics-PSL...

Presentation de la plate-forme

La plateforme technologique « Proteomics @ PSL University » accompagne les chercheurs dans leurs projets scientifiques depuis 15 ans. Avec 11 personnels permanents, et des projets propres accueillant doctorant et post-doctorants, de nouvelles stratégies d'analyse ont été élaborées en réponse aux questions complexes posées par la communauté scientifique en environnement et en sciences de la vie. Si une technologie de rupture apparait, la transférer pour enrichir notre savoir-faire est fondamental pour demeurer compétitifs au miveau international. En 2002, nous avons développé et distribué une interface web de diffusion des résultats myProMS, en 2004, nous étions le premier site académique français équipé de FTMS pour la protéomique, en 2014, nous avons mis en place la protéomique à haute résolution pour les stratégies ciblées. Ceci s’est concrétisé par une augmentation du nombre d’utilisateurs avec plus de 72 publications depuis 2013. Fin 2019 Protemics@PSL pourra proposer conjointement les analyses bottom-up avec recherche dans les banques de données simultanées pour un mode DDA intelligent, et les approches middle-down/top-down et ETD/HCD/UVPD à ultra-haute résolution. En effet l’analyse structurale et quantitative des protéoformes fonctionnelles et des modifications post-traductionnelles implique désormais d’associer efficacement les approches bottom-up, middle-down et top-down, le nouveau « Gold standard » au niveau international. Notre groupe travaille de façon globale du traitement de l'échantillon miniaturisé au traitement bio-informatique des données, validés sur des échantillons modèles. Nous travaillons pour la recherche de spécificité, de sensibilité, de débit et de fonctionnalités pour valider nos stratégies en routine sur des échantillons biologiques complexes réels. Ces études visent à mieux répondre aux besoins analytiques actuels et futurs de la communauté scientifique pour l’analyse structurale robuste des protéines et des peptides en proposant une configuration unique en France.
Une formation annuelle d'une semaine théorique et pratique est organisée sur la plateforme depuis 2001.

Analyses en routine
- Protéolyse enzymatique avec trypsine, endo Lys-C, endo AspN, endo Glu-C (en-solution ou en-gel) et glycosydases
- MALDI MS (fingerprinting) et MS/MS (sequencing)
- ESI et nanoESI FT MS and MS/MS
- Analyses en nano LC MS/MS runs de mélanges complexes de peptides protéolytiques ou naturels
- Analyse de protéome complet
- Recherches en banque de données (Mascot / Sequest / ProteinPilot / X!Tandem / Peaks / MaxQuant andromeda / Byonic)
- Support scientifique et technique pour l'analyse à ultra haute résolution
- Accès libre service après formation au MALDI MS
- Mise à disposition des résultats en ligne grâce à notre interface bioinformatique MyProMS (sur demande), outil libre de droit développé par le groupe de bioinformatique de l'Institut Curie

Analyse en collaborations et projets
- Modifications des protéines (phosphoprotéome, ubiquitome, acétylome, rédoxome, glycosylations, et autres modifications codées génétiquement, métabolique ou chimique, etc)
- Peptidomique
- Identification à grande échelle et analyse de protéomes complets, quantification (label-free, SILAC, TMT and iTraq, etc.)
- Approches complémentaires middle down et middle up, top down en FT MS
- glycomique
- redoxomique quantitative des cystéines

Moyens et equipements

Au total sur les 2 sites: 4 nanoLC U3000, 6 nanoLC RSLC U3000 instruments sont disponibles. Les 11 personnels permanents, des locaux rénovés au sein de PSL permettent l'accueil de collaborateurs au laboratoire. L'équipement mi-lourd mis en œuvre est environné avec un laboratoire équipé de tout le matériel de routine pour la biochimie des protéines.

ESPCI site:
- nanoESI Eclipse à haute gamme de masse HMRn/ultra haute résolution (1M), FAIMS/ETD/UVPD/PTCR ThermoFisher 2019 (Sesame Région IdF)
- MALDI-TOF/TOF 5800 Applera, 2012 (ESPCI)
- nanoESI Q Exactive HF, ThermoFisher, 2016 (CR Ile de France)
- nanoESI Q Exactive, ThermoFisher, 2011 (Paris, ESPCI, CR Ile de France)
- nanoESI LTQ Orbitrap, ThermoFisher, 2008 (Industrial partnership)

Institut Curie site
- NanoESI Orbitrap Exploris 480 (Hybride quadripôle Orbitrap) Thermofisher, 2019 (ITMO, Cancéropôle Ile-de-France)
- NanoESI Orbitrap tribrid Fusion ThermoFisher, 2014 (FRM, Cancéropôle Ile-de-France)
- NanoESI Q Exactive HF-X, 2017 (ITMO, Cancéropôle Ile-de-France)

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