Accueil Site » Retour liste annuaire » plateforme : URGI

URGI
Responsable : Anne-Françoise Adam-Blondon • Responsable Tech. : Joelle Amselem
Adresse : INRA Centre de Versailles,
URGI, batiment 18
route de Saint Cyr
78000 Versailles

Presentation de la plate-forme

1- Développement et mise à la disposition d’un système d’information modulaire et de haute technologie
informatique, GnpIS, permettant le stockage, la navigation et le partage de données de génomique et de génétique pour les plantes et ses bioagresseurs. Les données proviennent de projets en collaboration avec la plateforme, d'une offre de service d'intégration de données ouverte en continu (https://urgi.versailles.inra.fr/Platform/Service-offering), de la communauté internationale blé ou correspondent à des données patrimoniales françaises (CRB plantes cultivées, Réseau forestier Plantacomp, etc...). Elle sont consultables via une interface web : https://urgi.versailles.inra.fr/gnpis/ et https://urgi.versailles.inra.fr/Data

2- Mise à disposition de banques et d’outils d’analyse de séquences génomique. Ces outils sont dédiés à l'annotation (gènes, répétitions, SNP, ...https://urgi.versailles.inra.fr/Tools). Ces outils et chaines de traitements sont soit développés en association entre la plateforme et l’équipe recherche de l’unité, soient installés suite aux activités de veille technologique ou sur demande des utilisateurs. Les utilisateurs via un compte unix ou une interface web (pour certains outils) peuvent utiliser ces données et les outils librement lorsqu'ils ne sont pas trrop demandeurs en ressources. Une offre de service continue est ouverte sur le site web pour mettre à disposition un environnement d'analyse aux unités (https://urgi.versailles.inra.fr/Platform/Service-offering).

3- Contribution à une offre de formation dans le cadre de l'IFB (https://urgi.versailles.inra.fr/Platform/Training)

Moyens et equipements

Unix server and secure web apps
Sun E2900
24 UltraSPARC IV (1.2 GHz dual-core cpus)
96 GB RAM
High-performance cluster
HP DL380 G5 master node
8 Intel Xeon E5420 (2 GHz quad-core cpus)
4 HP BladeSystem enclosures, containing:
16 BL460 G5 (16 GB RAM) nodes with 128 Intel Xeon E5450 (3 GHz quad-core cpus)
44 BL460 G6 (48 GB RAM) nodes with 528 Intel Xeon X5670 (3 GHz hexa-core cpus)
4 BL460 G6 (96 GB RAM) nodes with 48 Intel Xeon X5670 (3 GHz hexa-core cpus)
12 BL460 G7 (48 GB RAM) nodes with 144 Intel Xeon X5675 (3,07 GHz bi-pro hexa-core cpus)
1 BL680 G7 (512 GB RAM) nodes with 40 Intel Xeon E7-4870 2,4 GHz quadri-pro deca-core cpus)
Dedicated AC: 2 APC InRow

Databases
Sun V490
4 UltraSPARC IV+ (1.8 GHz dual-core cpus)
16 GB RAM

NAS storage for unix and cluster (150 To)
2 NetApp FAS 3240 (Cluster Mode)
8 shelves DS4243
120 SATA 1TB drives ( 5 shelves)
72 SATA 2TB drives (3 shelves)

High-performance DAS storage for unix and databases (7 To)
Sun StorEdge 3510 FC
6 shelfs
72 FC 72 GB, 146 GB and 300 GB 15k drives

Web site
Sun X4150
8 Intel Xeon X5460 (3.16 GHz quad-core cpus)
16 GB RAM
1 TB SAS storage

Backup
HP DL380 G7 backup server
Quantum scalar i500
2 LTO4 FC drives
24/48 TB storage in 30 tapes
Overland Neo 4100
2 LTO5 FC drives
32/64 TB storage in 20 tapes

Virtualization
HP DL360 G7
12 Intel Xeon X5650 (2.66 GHz hexa-core cpus)
48 GB memory
1 TB SAS Storage

Galerie

Aucun visuels disponibles.