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Réseau de Plates-formes : LIGAN
Responsable : Philippe FROGUEL • Responsable Tech. : N.A. (Réseau de Plates-formes)
Adresse : Institut Pasteur de Lille
1. rue du Professeur Calmette
59000 LILLE

complements

Certifications

Pas de certification ISO

Site web

Pas de site web.

Presentation de la plate-forme

Plateforme de Génomique de L ’UMR8090.
La plateforme regroupe plusieurs technologies : Applied, Roche, Illumina, Qiagen.
Les projets concernent la génétique du diabète, de l’obésité et des maladies métaboliques associées chez l’homme.
Méthode : Génotypage et Séquençage à très haut débit (WGA…)
Extraction automatisée de l’ADN
Etude transcriptomique par RT-PCR quantitative (technologie Taqman light cycler 480)
Analyses Bioinformatiques et Biostatistiques

Laboratoire TAG (Transcriptomics and Applied Genomics) de l’UMR 8161, Institut Pasteur de Lille
> Analyse transcriptomique par la technologie ‘puces à ADN’ au départ de lames commerciales (Agilent, ...) ou de lames 'Home-made'
> Analyse transcriptomique par RT-PCR quantitative (technologie Corbett)
> Génomique comparative par la technologie ‘puces à ADN’
> Détection d'organismes/micro-organismes par la technologie ‘puces à ADN’
> Traitement, normalisation et analyse différentielle des données de puces à ADN sur systèmes '1 couleur' ou '2 couleurs'
> Analyse de 'clustering' et de 'Gene Ontology‘
> GenomeScan (en cours de mise en place)

Genoscreen
Séquençage de routine produits PCR, ADN plasmidique, BACs…
Séquençage de génomes bactériens, végétaux, région chromosomique humaine, etc.
> Analyse transcriptomique par RT-PCR quantitative (technologie Taqman)
> Génotypage de SNPs et microsatellites
> Identification et typage de bactéries
> Détection de mutations/SNPs
> Typage de mycobacterium tuberculosis par la technologie MIRU-VNTR

Plate-forme de génomique fonctionnelle et structurale, service commun de l'université de Lille 2, IRCL :
La plate-forme est composée de quatre plateaux : Agilent, Affymetrix, SOLiD et Bioinformatique. Les projets scientifiques concernent en majorité les pathologies humaines dont le cancer.
- RNA-seq, sRNA-seq, target-seq SOLiD
- transcriptomique, CGH-array, miRNA, CHiP/chip Agilent
- transcriptomique, SNP.6 Affymetrix
- analyse des variations du nombre de copies, normalisation, classification, analyse statistique, analyse fonctionnelle, développement de logiciels à façon.

UMR1281 USTL-INRA: analyses transcriptomiques sur des modèles végétaux
Analyse transcriptomique par la technologie ‘puces à ADN’ au départ de lames commerciales (Agilent, Nimblegen) ou de lame 'home-made'
Traitement, normalisation et analyse différentielle des données de puces à ADN sur systèmes '2 couleurs' et Nimblegen
Analyse transcriptomique par RT-PCR quantitative

Moyens et equipements

UMR8090
Séquenceur 3730Xl Applied : 2004
Applied 7900 TaqMan : 2005
Roche LightCycler480 : 2006
Illumina Bead Array Reader : 2007
Illumina BeadXpres : 2008

Séquenceur à très haut débit :
Roche 454: 2009
Illumina Genome Anlyser : 2ème trimestre 2009

Laboratoire TAG (Transcriptomics and Applied Genomics) de l’UMR 8161, Institut Pasteur de Lille
> Spotteur de lames QArray2 (Genetix) + Scanners InnoScan700 (Innopsys) : 2006
> Agilent 2100 BioAnalyzer (Agilent technologies) : 2003
> RotorGene 6000 (Corbett) : 2007
> Robot Automate ‘Liquid Handling’ Evo100 (Tecan) : 2008
> En acquisition (1er semestre 2009) : Station IScan (Illumina)

Genoscreen
> 1 Séquenceur de masse Gs-Flx (Roche diagnostics)
> 2 Séquenceurs ADN ABI3730XL (Applied Biosystems)
> 1 Lecteur ABI7900 (Applied Biosystems)
> 1 Robot Automate Genesis-tête 96- (Tecan)
> 2 Thermocycleurs 2xMastercycler S de 96 puits (Eppendorf)
3 Thermocycleurs Veriti 96 puits (Applied Biosystems)
9 Thermocycleurs 9700 96puits/384 puits (Applied Biosystems)
> 1 Lecteur de plaque UV/vis GENios (Tecan)
> 1 Robot Automate ‘Liquid Handling’ Evo100 (Tecan)
> 2 dHPLC
> Parc informatique : 1 serveur, 5 PC, Imprimantes
> En acquisition (1er semestre 2009) : Technologie Capture de Séquence Nimblegen

Plate-forme de génomique fonctionnelle et structurale
Agilent Microarray Solution : 2005
Affymetrix GeneChip® microarray (SNP.6) 2008
SOLiD 4 : 2009

UMR1281
Systèmes d'analyse : GenePix 4000B (DIPSI-Axon Instruments), station hybridation Nimblegen, Peltier Thermal Cycler PTC-200 (x4) et iCycler (x5) (Biorad)

Systèmes de quantification: Spectrophotomètre (Eppendorf) et système lab on chip Experion (Biorad)

Parc informatique : 1 serveur, 1 station de travail, 4 PC, Imprimantes

Galerie

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