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Genomic Paris Centre
Responsable : Stéphane Le Crom ENS / Alain Nicolas IC • Responsable Tech. : Corinne Blugeon ENS / Sylvain Baulande IC
Adresse : Plateforme Génomique
Institut de Biologie de l'École normale supérieure (IBENS)
46, rue d'Ulm
75005 Paris

complements

Certifications

  

Site web

http://transcriptome.ens.fr/

Presentation de la plate-forme

Le site de l'IBENS est spécialisé en génomique fonctionnelle eucaryote et celui de l'Institut Curie en cancérologie.

Exemple de méthodes expérimentales proposées :
- Analyse du transcriptome (RNA-Seq) à partir de faible quantité de matériel
- Immuno-précipitation de la chromatine (ChIP-Seq)
- Analyse sur cellules uniques
- Analyse des complexes ADN/protéines et des transports des ARN hors du noyau
- Validation fonctionnelle des gènes cibles obtenus par séquençage par PCR quantitative à haut débit

Bioinformatique :
- Mise au point de nouveaux outils d'analyses et de pipeline d'automatisation
- Analyse des données de RNA-Seq jusqu'à l'analyse différentielle des gènes exprimés (avec un génome de référence)
- Détection de pics à partir de données de ChIP-Seq

Moyens et equipements

Contrôle qualité des échantillons :
- Électrophorèse capillaire – Bioanalyzer 2100 (Agilent)
- Spectrophotomètre à UV – Nanodrop ND-1000 (Thermo Scientific)
- Fluorimètre – QuBit 2.0 (Life Technologies)

Automatisation et préparation des échantillons :
- Robot pipeteur Biorobot 8000 (Qiagen)
- Système de préparation de banques Apollo 324 (Wafergen)
- Ultra-sonicateur – S220 (Covaris)

Microfluidique
- C1 (Fluigdim)

Séquençage à Haut Débit :
- HiSeq 1500 et 2500 (Illumina)
- NextSeq 500 (Illumina)
- Ion Torrent PGM et Proton (Life Technologies)

Galerie