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PF Génomique Fonctionnelle Nice-Sophia Antipo
Responsable : Pascal Barbry • Responsable Tech. : wetlab: Virginie Magnone bioinformatique: Kévin Lebrigand biostatistiques: Agnès Paquet
Adresse : 660 route des lucioles
06560 Sophia Antipolis
FRANCE
06560 Sophia Antipolis

complements

Certifications

  

Site web

http://www.genomique.info

Presentation de la plate-forme

Analyses Puces Agilent (marquage, hybridation, quantification, analyse et interprétation biostatistique)
Séquençage haut débit:
Préparation des banques (RNA-seq (Standard), RNA-seq (Low Input), smallRNAseq, Genome-seq, Exome + Targeted Re-Sequencing,
CLIP-seq, CHIP-seq/CHIRP-seq)
Analyses cellules uniques et préparation des banques (C1 Fluidigm):
Fluidigm IFC 96
Fluidigm IFC 800
Séquençage Next Seq500:
Illumina High 75bp (single read)
Illumina High 150 (paired end)
Illumina high 300 (paired end)
Illumina mid 150 (paired end)
Illumina mid 300 (paired end)
Séquençage Ion Proton
Analyse bioinformatique et aide à l'interprétation

Moyens et equipements

IPMC, Sophia Antipolis:
Pre-sequencing : Nanodrop™, Bioanalyzer, Qubit®, CovarisS2, Ion Chef, NeoPrep
Single Cell Analysis: Fluidigm C1, Fluidigm Biomark
Sequencing : Illumina NextSeq500,Ion Torrent PROTON, Ion Torrent PGM
DNA microarray : High-Resolution Microarray Scanner Agilent, Station Affymetrix
Informatics:
1 headnode controlling a PBS cluster of 24 compute nodes, totalling 384 cores (24 x 48Gb RAM), 39Tb RAID5 storage + backup storage 22Tb
Access to Ingenuity, Genomatix

2. IRCAN, Nice.
Pre-sequencing: Nanodrop™, Bioanalyzer, Qubit®, Bioruptor, Diagenode IP-star, NeoPrep
Single Molecule Analysis: droplet digital PCR (BioRad)
Sequencing: Illumina NextSeq 500, Ion Torrent PGM
Informatics:
Calculation server: Dell PowerEdge R910, 64 threads, 1 To RAM
Storage server: Dell PowerEdge R720xd, 16 threads, 16 Go RAM
Storage bays: Dell PowerVault 1200, 80 To RAID6 (10 Gb/s connexion to servers)

Galerie

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