Accueil Site » Retour liste annuaire » plateforme : Centre de Bioinformatique de Bordeaux

Centre de Bioinformatique de Bordeaux
Responsable : Macha Nikolski • Responsable Tech. : David Benaben 80%
Adresse : Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB)
Génomique Fonctionnelle Bordeaux
Université Bordeaux - Case 68
146, Rue Léo Saignat
33076 Bordeaux Cedex
33000 Bordeaux

complements

Certifications

  

Site web

http://www.cbib.u-bordeaux.fr

Presentation de la plate-forme

L'objectif du Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB) est de concevoir, mettre en œuvre et fournir l’accès aux services d’analyse de données biologiques adaptés à une production à haut débit (ex., génomique, protéomique, métabolomique, etc.). Cette exigence d’analyser les données de grande volumétrie de façon rapide et fiable, amène le CBiB à développer les méthodes de type « Big Data ». Pour ce faire, le CBiB réunit les compétences nécessaires en bioinformatique et en informatique ; le centre est équipé de moyens de calculs et stockage adaptés, en cohérence avec les équipements régionaux (le Mésocentre de Calcul Intensif Aquitain - MCIA) et l’infrastructure nationale de Bioinformatique (Investissement d’Avenir, Institut Français de Bioinformatique - IFB).
Le CBiB structure ses activités autour de trois axes stratégiques :
1. NGS (Next Generation Sequencing) : Activité de service pour le traitement de données issues des Nouvelles Générations de Séquençage. Cet axe est réalisé en collaboration avec l’Infrastructure d’Avenir IFB – Institut Français de Bioinformatique (échanges de compétences techniques, mutualisation des formations aux biologistes, missions de service et thématique R&D).
2. Omics : Outre les données issues de séquencage, le CBiB propose des services d’analyse d’autres données omics (protéomique, métabolomique). Le CBiB a mis en place une suite d’outils technologique basés sur des algorithnes bioinformatiques, des outils biostatistiques et des bases de données pour analyser les différents types de données omics.
3. Intégration de données hétérogènes : L’intégration de connaissances et données hétérogènes est l’un des challenges clef des problématiques complexes rencontrées dans la recherche académique et industrielle en sciences de la vie. Afin de relever ce challenge, le CBiB met en oeuvre des méthods basées sur son expertise multidisciplinaire croisant médecine, biologie, statistique, data-mining et informatique afin de mettre en évidence les interactions mutuelles entre les jeux de données hétérogènes.
Le CBiB fournit un accès à des ressources de calcul de haute performance, assure l'analyse des données et dispose d'une expertise en programmation. Ces ressources sont au service des scientifiques académiques et des entreprises privées pour leur permettre de répondre à leurs besoins en bioinformatique de manière efficace et rentable. Les services proposés par le CBiB sont les suivants :
• Ateliers et formations sur différentes thématiques de bioinformatique.
• Développement et maintenance de bases de données biologiques pour la génomique comparative et la métabolomique.
• Développement de l'infrastructure et de logiciels pour la communauté de recherche, en particulier pour les données de NGS (Next Generation Sequencing).
• Mise en place de techniques d’analyse de données à haut débit (« Big Data »).
• Analyses et conseils personnalisés pour des projets de bioinformatique ainsi que mise en place de collaborations avec des équipes de recherche en bioinformatique, informatique et statistique autour de thématiques ci-dessus.

Moyens et equipements

Serveur DELL PE R905 Quadri CPU Six-Core AMD 64Go RAM, 3x600 Go SAS RAID5
Serveur DELL PE R905 Quadri-CPU Quad-Core AMD 64Go RAM, 72 Go SAS
1 Baie de Stockage NetApp FAS2020 SAN FC / iSCSI (8 To FC, 4 To SATA) + Extension FAS-2040
Serveur DELL PowerEdge R815 4 CPU (32 coeurs) AMD 256 Go de RAM 2.5 To de disques
1 Baie de Stockage NetApp FAS2220 (12*3To) + logiciels de sauvegarde
1 Baie de Stockage NetApp FAS2220 (12*3To) + logiciels de sauvegarde
Serveur DELL R910 4 CPU (8 cores/cpu) INTEL 128Go RAM, 800Go SAS (galaxy-public)
Serveur DELL R820 4 CPU (32 coeurs) INTEL 512 Go de RAM 4 To de disques
Serveur DELL R720XD (40TB) + 3 baies MD1200 (120TB) (irods4)
Serveur DELL R720XD (40TB) (irods5)
Extension iRODS
Stockage ZFS sur serveur R730 + baie MD3060e
Stockage ZFS sur serveur R730 + baie MD3060e
24 compute nodes DELL R630, 2x Intel E5-2630v4 (2.20GHz, 10 cores), 256GB RAM
1 compute node big memory DELL R630, 2x Intel E5-2683v4 (2.10GHz, 16 cores), 1TB RAM
2 login nodes in failover DELL R630, 2x Intel E5-2630v4 (2.20GHz, 10 cores), 256GB RAM
2 master nodes in failover DELL R630, 2x Intel E5-2630v4 (2.20GHz, 10 cores), 64GB RAM
IBM Spectrum Scale (GPFS rebranded) storage, 2 GPFS nodes [Dell R730] + JBOD [Dell MD3460]
1 switch for low latency/high bandwidth Intel Omni-Path Edge Switch 100 Series 48 Ports

Galerie

Aucun visuels disponibles.