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Plateforme Génome-Transcriptome de Bordeaux
Responsable : Pascal SIRAND-PUGNET, Patricia FERGELOT • Responsable Tech. : Franck SALIN (100%)
Adresse : PGTB, INRA-Univ. Bordeaux, UMR BIOGECO 1202, 69, route d'Arcachon
33610 Cestas Pierroton

complements

Certifications

  

Site web

http://pgtb.cgfb.u-bordeaux.fr/

Presentation de la plate-forme

La Plateforme Génome Transcriptome (PGTB) est une des composantes du Centre de Génomique Fonctionnelle de Bordeaux. La PGTB a pour vocation d’assurer un service de prestation, de développement technologique, de mise à disposition d’équipements et d’accompagnement auprès des communautés scientifiques régionales, nationales et internationales. Reconnue pour son dynamisme et son ouverture, elle a été labellisée par IBiSA et par l’INRA (plateforme stratégique) en 2009.
La PGTB développe et propose des technologies émergentes haut débit pour le séquençage d’acides nucléiques, la recherche de mutations et le génotypage. Elle bénéficie des soutiens de l'INRA, de l'Université de Bordeaux, de la Région Nouvelle Aquitaine et du réseau IBISA.
Dans le domaine de la génomique, la PGTB a pour vocation de satisfaire les besoins en génotypage et en séquençage liés aux activités de recherche des laboratoires, et d’être un centre ouvert à l’ensemble de la communauté scientifique académique (INRA, CNRS, INSERM, Universités...) et aux acteurs industriels. Elle participe en permanence aux projets de recherche des utilisateurs. Plus spécifiquement, la PGTB propose des services d’accompagnements « à façon » basé sur des projets R&D et contribue ainsi à l’innovation par apport de nouvelles méthodologies et applications liées au séquençage et au génotypage. Ces domaines font l’objet d’évolutions extrêmement rapides et la PGTB joue un rôle de référence pour assurer une veille technologique et des développements innovants nécessaires à une recherche de pointe.
La PGTB joue également un rôle significatif dans les formations universitaires et la formation des scientitifiques aux dernières technologies du domaine.

Prestations proposées par la PGTB :
La PGTB propose un service de prestation incluant l’aide à la conception de projets, la réalisation de prestations complètes, la mise à disposition des équipements, l’assistance technique, la formation des utilisateurs et d’étudiants. Le détail des prestations est présenté sur le site Web : http://pgtb.cgfb.u-bordeaux.fr/.

SEQUENCAGE
La PGTB propose différentes solutions de séquençage NGS adaptées à de nombreux types de projets de recherche :
- Séquençage de génomes microbiens
- Séquençage après capture de régions cibles (technologies SureSelect, Ion AmpliSeq)
- Séquençage réduit du génome après digestion enzymatique (ddRAD - Seq)
- Transcriptomique (RNA-seq : Analyse ciblée d'expression de géne et caractérisation de petit ARN non codants)
- Reséquençage d’amplicons (Fluidigm Access Array System 48.48)
- Métagénomique
- Métabarcoding

GENOTYPAGE
Analyse de SNP et INDEL
Génotypage sur MassARRAY System d'Agena Bioscience (anciennement Sequenom). Cette technologie basée sur la spectrométrie de masse permet l’analyse de SNP di, tri et tétra-allèliques et INDEL (jusqu'à 40 pb). Différentes combinaisons sont possibles : 40 SNP sur 380 échantillons, 80 SNP sur 190 échantillons, et 160 SNP sur 95 échantillons.

Génotypage HRM
Cette méthode de génotypage, sur LightCycler 480 de Roche, est basée sur la réalisation d’une PCR en temps réel suivie d’une analyse haute résolution des courbes de fusion des fragments amplifiés. Cette analyse permet la discrimination de plusieurs allèles jusqu’à une variabilité d’un SNP unique entre deux génotypes.

BIOANALYSE
Quatre postes de travail et un serveur NAS Synology sont à la disposition des utilisateurs pour l'analyse et le stockage de leurs données de séquençage et de génotypage. Un poste est exclusivement dédié à l'analyse des données NGS avec CLC Genomics Workbench. La PGTB dispose également d'une instance Galaxy accessible par les utilisateurs depuis leur laboratoire.
Pour un service spécifique en bioinformatique, vous pouvez contactez le Centre de Bioinformatique de Bordeaux : http://www.cbib.u-bordeaux.fr/.

Moyens et equipements

Les principaux équipements sont décrits ci-dessous. Visitez notre site web pour plus de détail.

2017_ Digital PCR (BioRad)
2013_ Séquenceur Next generation PROTON (Life Technologies)
2012 Seq NGS Illumina MiSeq
2012_ Séquenceur Next generation PGM (Life Technologies)
2012_ Robot Hamilton
2011_ Appareil de genotypage par Spectrometrie de masse (sequenom)

Galerie

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