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Plateforme de biologie structurale
Responsable : Alain Roussel (A.R.) • Responsable Tech. : Renaud Vincentelli (R.V.)
Adresse : Architecture et Fonction des Macromolecules Biologiques,
UMR 7257, CNRS- Aix-Marseille University
Campus de Luminy, Case 932, 163 Avenue de Luminy
13288 MARSEILLE Cedex 09, France
13009 Marseille

complements

Certifications

Pas de certification ISO

Site web

http://www.afmb.univ-mrs.fr/plateformes

Presentation de la plate-forme

La plateforme de biologie structurale de l’AFMB est dotée d’équipements de pointe qui sont accessibles à une large communauté scientifique du monde académique et industriel. Cette plateforme offre une large gamme de techniques complémentaires et les compétences pour accéder à la structure tridimensionnelle de protéines ou assemblages macromoléculaires à partir des gènes correspondants. Elle est l’un des noeuds de l’infrastructure nationale de recherche pour la biologie structurale intégrative (FRISBI), dont l’une des missions est de promouvoir le transfert technologique entre les industriels et les laboratoires académiques pour les développements technologiques et certaines applications thérapeutiques

1/ Le service robotisé de clonage, d’expression et de purification à haut-débit prend en charge l’ensemble des étapes nécessaires du clonage d’un gène ou multi-gènes à la protéine purifiée. Ce service utilise des stratégies et des méthodes originales à haut débit développées et validées au laboratoire à l’aide de technologies de pointe dans le cadre de nos partenariats avec plusieurs projets de Génomique Structurale (ASG, X-TB, SPINE, SPINE II, EMEP, VIZIER, VENOMICS). Un portfolio de protocoles automatisés est proposé, comme un test d’interaction protéine-ADN (HTP SELEX en format 96) et un test d’interaction protéine-protéine (HTP Pull-Down et HTP Hold-up en format 96/384), ou développés à façon en fonction du projet. Ce portfolio de protocoles est en constant développement et est disponible après publication. Ce service est en lien direct avec les plateformes de caractérisation biophysique et de cristallisation du laboratoire.

2/ Le service « techniques biophysiques » offre un ensemble d’équipements de pointe pour la caractérisation de complexes moléculaires et le criblage ou l’analyse d’interactions moléculaires, en solution ou sur support solide. Ces outils sont particulièrement adaptés à l’étude des complexes de type : protéine/protéine ; protéine/acide nucléique ; protéine/petite molécule ; protéine/détergent.

3/ Le service de production de protéines en système eucaryote, offre les technologies les plus récentes pour la production de protéines recombinantes solubles ou membranaires dans des cellules de mammifère (HEK293, CHO, COS-7) ou d’insecte (S2) assurant la plupart des modifications post-traductionnelles (ponts disulfure, N- et O-glycosylation, phosphorylation, etc) susceptibles d’être importantes pour la structure ou la fonction des protéines produites. L’étude de faisabilité associe le cahier des charges de la demande (quantité de protéine et fréquence requises, étiquettes de purification et détection choisies, etc) et l’expertise du personnel dédié à la plateforme. Le protocole de production optimisé est évalué puis, si validé, amplifié pour une analyse de production quantitative.

4/ Le service de cristallisation offre l’infrastructure robotisée pour le criblage de centaines de conditions avec de faibles quantités de matériel biologique et assure le suivi des expériences réalisées. Ce service est équipé d’un robot de cristallisation en nano volume permettant de réaliser les premières étapes de criblage ainsi que les étapes d’optimisation, et de deux automates de visualisation et de stockage. Un deuxième robot permet le remplissage des puits à partir des kits commerciaux et la création des grilles d’optimisation. La qualité des cristaux obtenus et les conditions de cryo-congélation sont testées sur un équipement complet de diffraction aux rayons X.
5/ Le service diffraction et microscopie-électronique offre la possibilité d’acquisition de jeu de données de diffraction et va jusqu’à la détermination de structures 3D. De même, l’acquisition d’images en microscopie électronique est possible, ainsi que la détermination de structures simples par reconstruction de particules uniques (en contraste négatif uniquement).
6/ La plateforme Nanobody offre une gamme de service allant de la sélection de nanobodies de camélidés, jusqu’à leur production et leur caractérisation (SPR, BLI, micro-cal). Le service comprend l’immunisation des lamas (Lama glama glama) ou chameaux (Camelus dromedarius) en vue d’obtenir des bibliothèques de cibles spécifiques, le criblage par phage display permet d’obtenir des clones de chaque cible, à partir desquelles plusieurs vHHs/nanobodies sont clonés, exprimés et caractérisés.

Moyens et equipements

1/ Clonage et expression
- Divers appareils de PCR (2002-2014)
- 8 Incubateurs Infors réglables en température (2002-2014)
- 2 centrifugeuses gros volume (2008 et 2010)
- 1 ultra-centrifugeuse (2013)
- Labchip GXII Perkin Elmer (2010)

2/ Purification des proteines
- 5 Äkta FPLC (2002-2014)
- 5 Äkta Xpress (2002-2015)
- 2 HPLC (2010 et 2016)

3/ Multi usage :
- 2 robots multibras TECAN (2002 et 2009)

4/ Biophysique et interactions moléculaires
- Microcalorimétrie : MicroCal iTC200 (2008)
- Thermophorèse à micro échelle : MST Monolith NT.115 (NanoTemper Technologies GmbH) (2011)
- Spectromètre de fluorescence Varian Eclipse (2001)
- Gel filtration analytique/diffusion de lumière multi angle/réfractométrie : UHPLC Thermo (2016)/ Minidawn Treos (Wyatt)/ Optilab rEX (Wyatt) (2007)
- Interférométrie : Octet RED96 et Blitz (Pall ForteBio LLC) (2012)
- Dichroïsme circulaire : J-810 (Jasco) (2001)
- Test de dénaturation thermique : CFX connect (Biorad) (2015)

5/ Cristallisation
- 1 Robot monobras de remplissage des plaques, Tecan (2002)
- 1 Robot de crisallisation Mosquito (2011)
- 2 Robots de stockage visualisation de cristaux Formulatrix (2009, 2015)

6/ Cristallographie
- 1 générateur de rayons X Brücker Microstar (2005)
- 2 détecteurs de rayons X à plaque sensible MarResearch (2002, 2005)

7/ Microscopie électronique
- 1 microscope FEI Tecnai 12G2 120 kV (2010)
- 1 caméra Ultra Scan+ porte objet cryo (2016)
- 1 cluster de calcul (2017)

Galerie

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