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PF Protéomique Strasbourg Grand-Est
Responsable : CIANFERANI Sarah • Responsable Tech. : SCHAEFFER Christine
Adresse : LSMBO PF Protéomique UMR 7178
ECPM Batiment R5-0
25 rue Becquerel
67087 Strasbourg

complements

Certifications

  

Site web

http://plateforme-psge.u-strasbg.fr

Presentation de la plate-forme

- Préparation d'échantillons et pré-fractionnement
- Gels 1D avec découpage systématique en bandes de 1mm.
- Gels 2D avec analyse d'images différentielles (Bleu coomassie, nitrate d'argent, DIGE) et découpe robotisée par spot cutter
- Découpage des spots (gel cutter) et digestion des spots robotisés
- Identification PMF des protéines (MALDI et/ou nano ESI-MS)
- Identification PFF par LC-MS/MS et/ou MALDI-TOF-TOF
- Exploitation des données MS or MS/MS par plusieurs moteurs de recherche en mode local sur des banques de protéines importées localement (Mascot, X-Tandem, OMSSA).
- Séquençage de novo des données MS/MS avec PepNovo et outils bioinformatiques developpés en local pour les organismes sans génome séquencé
- Validation des identifications par stratégie target decoy
- Recherches dans les génomes non assemblés
- Caractérisation de modifications posttraductionnelles (glycosylation, phosphorylation, acylations, glycation,…)
- Quantifications Label-free par spectral counting et XIC
- Quantifications SRM
- Etudes d'interactions non covalentes par spectrométrie de masse pour la caractérisation des complexes à plusieurs sous unités (multi-protéines, multi-protéines/ADN ou ARN, et protéines/ligand
- HDX-MS
- Caractérisation de protéines recombinantes glycosylées pour thérapie humaine
- tous les résultats sont obtenus en local sur un réseau informatique isolé, ce qui permet de garantir une totale cofidentialité.
- Toutes les données expérimentales sont conservées, au laboratoire, sur un système informatique sécurisé pour une durée minimales de 10 ans.

Moyens et equipements

SPECTROMETRES DE MASSE POUR ANALYSE PROTEOMIQUE QUANTITATIVE LABEL FREE et DIA
– Orbitrap Q-Exactive Plus (Thermo, 2013) + nanoLC
- Q-TOF Triple TOF 6600 (Sciex, 2013) - DIA + microLC
- Q-TOF Triple TOF 6600 (Sciex, 2013) - DIA + nanoLC
- Q-TOF Impact II (Bruker, 2015) + nanoLC

SPECTROMETRES DE MASSE POUR ANALYSE PROTEOMIQUE QUANTITATIVE CIBLEE
- QQQ Vantage (Thermo, 2012) + microLC
- QQQ 6410 (Agilent) + microLC
- QQQ 6490 (Agilent, 2014) + microLC

SPECTROMETRES DE MASSE POUR ANALYSE PROTEOMIQUE MOYEN DEBIT / CARACTERISATION DE PROTEINES
- Q-TOF Synapt HDMS G1 (Waters) + nanoLC
- Q-TOF Maxis 4G (Bruker, 2015) + ETD + nanoLC
- Q-TOF microTOF-Q (Bruker) + HPLC
- MALDI-TOF Autoflex (Bruker)
SPECTROMETRE DE MASSE POUR LA PROTEOMIQUE STRUCTURALE (MS native, Mobilité ionique et échange HDX-MS)

MS native
- LCT ESI-Tof Micromass upgradé high mass par MS Vision (2014) avec injecteur NanoMate (Advion, 2008).
- Orbitrap Exactive Plus EMR (Thermo, 2014)
- Q-TOF Synapt HDMS G2 (Waters, 2009) + Acquity H-Class bio en mode SEC
- Q-TOF Maxis 4G (Bruker, 2015) avec ETD + Advion

Mobilité ionique (IM-MS)
- Q-TOF Synapt G2 HDMS couplé à un nanomate Advion
- Q-TOF Synapt G2si HDMS avec ETD (Waters, 2016)
- Q-TOF Synapt G1

HDX-MS
- HDX manager (Waters, 2012) couplé au Synapt G2si (2016)

AUTRES:

ROBOTS de PREPARATION D'ECAHNTILLON:
Gel cutter (Bruker, 2003)
Robot de digestion (Micromass, 2003),
Analyseur d'images : Biorad, Ettan DIGE Imager, GE Healthcare, (2008)


EQUIPEMENT INFORMATIQUE:
10 serveurs lames pour moteurs de recherche et traitement de données
30 terabits sur disques durs sécurisés par librairie à bandes robotisée

LIMS: Système de gestion des données, sécurisé faisant également office de cahier de laboratoire électronique. Intégré dans le système de managment de la qualité ISO 9001 et NFX-500-90
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Galerie

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