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GeT- Biopuces - Plateforme de Genotoul
Responsable : Veronique Anton-Leberre • Responsable Tech. : Lidwine Trouilh pour GeT-Biopuces Frédéric Martins pour le plateau GeT-TQ
Adresse : INSA
135 Avenue de Rangeuil,
31077 Toulouse, cedex 04
31077 Toulouse

complements

Certifications

  

Site web

http://get.genotoul.fr/

Presentation de la plate-forme

Ouverte à la communauté scientifique académique et privée sous la forme de contrats de services (80% de l’activité), de collaborations de R&D ou de mise à disposition de matériel (20% de l’activité), la plateforme GeT-Biopuces est apte à réaliser toutes expériences autour des biopuces et du séquençage NGS depuis le design et la préparation des différentes librairies jusqu'à l'analyse bioinformatique et statistique des données et l'enrichissement fonctionnel. La plateforme GeT-Biopuces propose un savoir-faire dans le séquençage NGS (Ion Proton / Life Technologies), les microarrays de type Agilent, Affymetrix et puces à façon dont la finalité peut être pour l'analyse du transcriptome (ARNm et micro ARN), le génotypage (CGH-arrays), l’analyse de la régulation de l'expression des gènes (épigénétique), le diagnostic ou l'analyse d’interactions de biomolécules. Et ce, sur tout systèmes biologiques (microbiens, plantes, animaux, humains) et pour des applications en santé humaine, santé animale, microbiologie, agronomie et environnement.

La plateforme s'adosse à l'équipe de recherche Biopuces Bionanotechnologies pour son activité de R&D, réalisée dans un cadre pluridisciplinaire, impliquant des équipes spécialisées en Nano et Microtechnologie du Laboratoire d'Analyse et d'Architecture des Systèmes (LAAS du CNRS) et de l’ITAV, en chimie des acides nucléiques du laboratoire de Chimie de Coordination (LCC/CNRS) et des ingenieurs du Laboratoire d'Ingenierie des Systèmes Biologiques et des Procédés (LISBP). Les activités de R&D sont réparties sur 3 axes:
Axe 1: Développement d’outils de diagnostic de type biopuce
Axe 2: Analyse des interactions biomolécules
Axe 3: Adaptation génétique et biodiversité
Ces activités ont permis l’émergence d'une spin-off DendriS qui exploitent les brevets déposés.

Depuis 2009 nous avons créé une fédération de plateformes et plateaux toulousains (2 plateformes labellisées IBISA; GeT-Biopuces et GeT-PlaGe et 3 plateaux GeT-TQ, GeT-Purpan et GeT-TRIX) qui se sont associés pour gagner en lisibilité et apporter de façon coordonnée l’une des offres les plus complètes de France dans le domaine de la génomique et de la transcriptomique.
Ce regroupement a donné naissance à GeT (Génome et Transcriptome) et a un site web commun où se trouve la liste de tous les équipements disponibles sur les 5 sites http://get.genotoul.fr

Nous travaillons plus particulièrement en étroite collaboration avec le plateau de PCR quantitative dirigé par Jean-José Maoret (GeT-TQ). Ce plateau est dédiée à la qPCR moyen et haut débit. Il dispose de machines QPCR, utilisant différents types de supports: tubes, plaques 96 puits ou cartes microfluidiques (TLDA). Ces appareils détectent tous les types de fluorochromes et permettent le dosage en multiplexage pour la PCR quantitative, la détection de mutations par la technique HRM ainsi que le dosage des SNPs. Des logiciels dédiés à la recherche d’oligonucléotides, de sondes spécifiques et au choix des gènes de ménage sont aussi disponibles

Moyens et equipements

Equipements de la plateforme GeT-biopuces:

- Séquenceur Ion Proton (LifeTechnologies) financé par TWB, 2013
- Qarray mini Genetix Proteigene: Robot de dépôt pour microarrays sur lame de verre; Février 2005;
- Innoscan 900 Innopsys: Lecture lame fluorescence
A 2 µm; Février 2010;
- 2 Bioanalyzer agilent: Contrôle qualité ARN et ADN; 2002 et 2013
- 2 Four Agilent: Pour hybrider pour les puce Agilent; 2006 et 2011;
- 2 Nanodrop, 2005 et 2013
- Station Affymetrix, comprenant 1 four à hybridation, 2 stations de lavage, 1 scanner; 2008;
- SPRi Plex (Genoptics); 2007
- MS200 - scanner roche nimblegen 2um resolution; 2011
- station d'hybridation Nimblegen; 2011

Equipements du plateau de QPCR, GeT-TQ:

Appareils en propre au plateau GeT-TQ
- NanoDrop 1000 et NanoDrop 2000
- Trinean Xpose
- Experion BioRad
- Sonicateur Diagenode Bioruptor pico
- Deux appareils PCR Veriti Lifetech
- Deux appareils QPCR StepOne Lifetech
- Appareil QPCR moyen débit ViiA7 Lifetech

Appareil positionné sur GeT-TQ par la Plateforme GeT
- C1 Fluidigm permettant la préparation de matrices à partir de cellules uniques

Auquel s'ajoutent des équipements pour les développement technologiques réalisé avec le LAAS:

1- AFM
2- nanoInk
3- Innoscan 900 (1µm résolution)
4- Innoscan à diffraction
5- Innostamp

Galerie