Accueil Site » Retour liste annuaire » plateforme : Biopolymères Biologie Structurale (BIBS)

Biopolymères Biologie Structurale (BIBS)
Responsable : Hélène Rogniaux, IR1 (Dr) • Responsable Tech. : H Rogniaux, C Gaillard, L Foucat, S Le Gall, D Tessier
Adresse : INRA Unité BIA
Rue de la Géraudière
BP 71627
44316 NANTES

complements

Certifications


Plate-forme certifiée ISO 9001

Site web

http://www.bibs.inra.fr

Presentation de la plate-forme

La plate-forme BIBS a pour objectif de développer et de proposer un ensemble cohérent et performant de méthodes analytiques qui permettent de localiser et de caractériser à différentes échelles (du nanomètre au millimètre) la composition, la variabilité et la structuration des biopolymères dans des systèmes biologiques (plantes et organes de plantes, algues, …) ou synthétiques (aliments, matrices, biomatériaux, ...).
L'enjeu est d’aider nos utilisateurs à comprendre le rôle de cette structuration sur les propriétés des objets pour, in fine, en maîtriser la conception, l'usage ainsi que les fonctions biologiques.
Les biopolymères concernés sont les polysaccharides, les protéines, les lipides. Les domaines d'application sont principalement ceux des sciences végétales et marines, de la chimie verte, de l'agroalimentaire et de la nutrition, des sciences de la matière molle, de la chimie.

La plate-forme BIBS réunit quatre types de méthodes : la RMN, la microscopie, la spectrométrie de masse, le chemotypage. Ces composantes analytiques bénéficient de l’appui d’un groupe de bioinformatique, qui développe des outils dédiés à une meilleure exploitation des données produites.
Plus précisément, les moyens et méthodes disponibles dans BIBS permettent : de décrire la composition et la structure moléculaire fine des biopolymères (lipides, polysaccharides, protéines) ainsi que leur variabilité dans des lots d’échantillons ; de réaliser un profil protéique (protéomique) ou polysaccharidique des cellules ou des tissus ; de suivre des activités de synthèse, de dégradation ou de transformation des structures moléculaires ; de caractériser des interactions supramoléculaires, la structure et l’organisation des assemblages (tissus végétaux, matrices alimentaires, matériaux agro-sourcés) ; de mesurer la porosité et les propriétés d'hydratation des systèmes, de suivre la dynamique de certains systèmes (diffusion de solutés, diffusion de protéines).

La plate-forme BIBS est ouverte à la communauté scientifique, publique et privée, travaillant sur les biopolymères et est servie par du personnel titulaire dédié (représentant au minimum 14 ETP).

Différents types de prestations sont proposées :
- Réalisation d'analyses : dans un cadre collaboratif ou de prestation de service
- Formation : individuelle ou collective, théorique et/ou pratique
- Mise à disposition des équipements (pour des utilisateurs accrédités par la plate-forme)

Moyens et equipements

• Spectrométrie de masse :
Trois spectromètres de masse, permettant d’accéder aux modes d’ionisation par MALDI, pour l’un, et par électrospray (ESI), pour les deux autres. Ces deux modes d'ionisation sont adaptés à l'analyse des biopolymères et sont complémentaires. Deux chaînes de micro- et nano-chromatographie liquide (UHPLC) pour séparer des peptides ou des oligosaccharides (couplage en spectrométrie de masse).
Les équipements disponibles permettent de réaliser des mesures en mode MS, MS/MS (fragmentation), et mobilité ionique, ce qui donne accès à des informations structurales fines sur les molécules analysées, avec une grande précision de mesure et une grande sensibilité. Le spectromètre MALDI est également employé pour des mesures d’imagerie par spectrométrie de masse.

Détail des équipements et années d’acquisition :
Spectromètre MALDI-TOF-TOF. Marque : Autoflex Bruker. Installation : 2009, jouvence : 2013.
Spectromètre ESI-LTQ-ORBITRAP. Marque : Orbitrap Velos. Thermo-Fisher. Installation : 2010
Spectromètre ESI-Q-IM-TOF. Marque : SYNAPT G2Si HDMS Waters. Installation : 2013.
Nano-chromatographie en phase inverse. Marque : U3000 RSLC, Thermo-Fisher. Installation : 2010.
Chromatographie liquide en phase inverse U-HPLC. Marque: Acquity H class, Waters. Installation : 2012.

• Microscopie
Quatre microscopes photoniques, électroniques, et à force atomique, permettant une observation depuis l’échelle du nanomètre jusqu’au millimètre. L’AFM-Raman permet de coupler une information structurale à une information chimique localisée. Le dispositif sera complété en 2016 par un microscope électronique à balayage laser, en mode environnemental.
Différents équipements dédiés à la préparation des échantillons biologiques spécifiques à chaque technique sont également disponibles.

Détail des équipements et années d'acquisition :
Microscopes :
Microscope Confocal à Balayage Laser Nikon - A1. Installation : 2009
Microscope inversé à épifluorescence fluorescence Zeiss. Installation : 2009
Cryo-Microscope Electronique à Transmission JEOL- JEM-1230. Installation : 2005
AFM couplé RAMAN et fluorescence. Installation : 2013

Appareils de préparation d’échantillons :
Ultramicrotome Leica. Installation : 2009
Cryotome Microm-HM500 OM. Installation : 1994
Vibratome Microm-HM650V. Installation : 2004
Evaporateur Métaux Cressington 208C. Installation : 2001
Automate de cryosubstitution Leica AFS2. Installation : 2006

• RMN
Deux appareils de RMN 400 MHZ (Bruker), l’un situé sur la plate-forme BIBS (RMN WB du solide) et l’autre (RMN NB du liquide) à l’Université des Sciences de Nantes (Unité de recherche CEISAM). Un spectromètre bas champ Minispec 20 MHz (Bruker) équipé d’une sonde 1H pour des mesures de relaxométrie et de diffusion (300 G/cm), renseignant sur la mobilité et le transfert de solutés dans des matrices complexes à base de biopolymères. Un robot passeur d’échantillons complète cet équipement afin d’analyser des collections d’échantillons.
L’appareil de RMN du solide (400 MHz Avance III Bruker) peut être équipé avec des sondes typiquement « solides » mais également avec deux sondes « liquide ». Une jouvence de cet équipement est programmée en 2017, ainsi que l’acquisition d’un deuxième spectromètre bas champ.

Détail des équipements et années d’acquisition :
RMN liquide: 400 MHz NB AVIII: aimant datant de 1993, console AVIII en 2008,
RMN solide: 400 MHz WB AVIII: aimant datant de 1999, console AVIII de 2008 ,
Minispec mq20 : 2009
Sonde ATMA 5mm de 2008, sonde BBo 10mm de 1993.
Sonde solide statique HP BB 7 mm année 2000
Sonde solide statique, PHPE H/X 5mm année 2000
Sonde CPMAS, BL4 VTN H/X année 2000
Sonde CPMAS BL4 DVT H/X/Y (X= 13C, Y= 15N ou 2H) année 2000
Sonde CPMAS BL7 H/C/D stretch stator année 2000
Sonde HRMAS dual H/C, lock D, 4mm année 2000
Sonde DIFF30 lock D, H/P année 2009

• Chemotypage
Analyses en chromatographie ionique, GC, GC-MS, et dosage élémentaire. Extracteurs automatiques et automate de pesée et de préparation. Cet ensemble permet de caractériser la variabilité de composition et de structure des biopolymères dans des collections larges d’échantillons par une approche biochimique basée sur des empreintes moléculaires.

Détail des équipements et années d’acquisition :
Deux extracteurs accélérés par solvant ASE350 (Dionex) : 2010 et 2012
Robot de pesée et de préparation des échantillons, SwingXL, Chemspeed : 2012
Chromatographie ionique, ICS300 (Dionex) : 2009
Chromatographe TRACE GC ULTRA et chromatographe TRACE GC couplé à un spectromètre de masse ISQ (Thermo-Fisher) : 2012
Analyseur élémentaire VarioMicro (Elementar) : 2016.

Galerie

Aucun visuels disponibles.