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PF Proteomique Paris Descartes (3P5)
Responsable : Patrick Mayeux • Responsable Tech. : Site Cochin Electrophorese : P Chafey 100%, Site Cochin LC-MS: F Guillonneau 100%, Site Necker : C Guerrera 90%,
Adresse : Plateforme Protéomique Paris Descartes 3P5,
Inserm u1016 Institut Cochin, 22 rue Méchain
75014 Paris

Presentation de la plate-forme

• Conseils et développement en purification et micro-analyse des protéines par nano LC-MS/MS
• Digestion de protéines en solution, sur filtre, ou contenues dans des gels d’acrylamide (automatisées)
• Analyses protéomiques quantitatives globales par électrophorèse 2D (méthode DIGE), par marquage isotopique (ITRAQ, SILAC, dimethylation) ou sans marquage (« label-free »),
• Mesure de la néosynthèse et de la stabilité des protéines par marquage SILAC dynamique
• Analyses de secrétômes et microvésicules,
• Recherche de partenaires de molécules appât (analyses différentielle d’interactomes ou AP-MS)
• Recherche de modifications post traductionnelles : acétylations, phosphorylations, ponts disulfures, etc dans des analyses globales ou ciblées sur une protéine.
Dans la très grande majorité des cas, la plateforme prend en charge la totalité de l’analyse à partir du matériel biologique fourni par les équipes demandeuses depuis la préparation des échantillons jusqu’à la mise en forme des résultats.

Moyens et equipements

Spectromètres de masse:
1 Orbitrap Velos avec ETD couplé à une chaîne de nano-chromatographie U3000 RSLC (2010)
2 Q-Exactive "+" couplés à leur chaîne de nano-chromatographie U3000 RSLC (2014 et 2015),
1 Orbitrap Fusion couplé à une chaîne de nano-chromatographie U3000 RSLC (2015)
1 triple quadripôle : TQS Xevo (partagé avec l’hôpital Necker) (2012)
1 MALDI-TOF-TOF : ABSciex 4800 (2007)

Sources d'ion améliorées:
2 sources nanoESI Triversa nanomate Advion (2013)
2 sources-fours Sonation (2017)

Chromatographie off-line:
1 chaine de chromatographie C18 basique

Analyse et caractérisation de protéines:
1 appareil de mesure Octet BioLayer Interferometry (2016)

Automates:
Un robot collecteur de protéines en gels 2D (spotpicker)
Un robot TECAN pour digestion et spotting
Un robot Perkin Elmer pour digestion et spotting

Informatique:
1 serveur 8 CPU pour MASCOT 2.5 de Matrix Sciences
1 serveur 2 CPU pour archivage
1 scanner de fluorescence de type Typhoon (GE Healthcare)
Logiciels de traitement de données soumis à licences:
- Maxquant + Perseus (licences libres)
- Matrixscience Mascot + distiller + quantitation toolbox
- licence perpetuelle Absciex Protein pilot 4
- ABsciex GPSexplorer
- Thermo :
- Proteome Discoverer 2.1
- Sieve
- Pinpoint 3.0
- Nonlinear dynamics Progenesis LC-MS 3
- Ingenuity 2 postes mutualisée avec la plateforme de genomique

Logiciels libres/GNU:
1 licence MyPROMS

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