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PICT
Responsable : Virginie Nahoum • Responsable Tech. : Sophie Bozonnet (TBI) Isabelle Fabing (LSPCMIB) Valérie Guillet (IPBS – Biophysique et cristallographie) Olivier Saurel (IPBS – RMN)
Adresse : Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale (IPBS)
CNRS – Université de Toulouse
BP64182
205 route de Narbonne
31077 Toulouse

complements

Certifications

  

Site web

http://cribligand.ipbs.fr

Presentation de la plate-forme

- Systèmes biologiques analysés : macromolécules et leurs complexes avec des ligands.

- Méthodes utilisées et localisation des sous-plateformes :
1/ Criblage guidé par les structures tridimensionnelles : Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale (IPBS, UMR 5089 CNRS-Université Paul Sabatier), qui regroupe les plateaux techniques de RMN, de biophysique, de bio-cristallographie, de modélisation moléculaire et de criblage virtuel.
2/ Criblage et caractérisations biophysiques : Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale (IPBS, UMR 5089 CNRS-Université Paul Sabatier).
3/ Synthèse chimique, analyse, identification et purification des ligands : Laboratoire de Synthèse et Physicochimie de Molécules d'Intérêt Biologique (LSPCMIB, UMR 5068 CNRS-Université Paul Sabatier).
4/ Ingénierie et Criblage d’Enzymes Originales : Toulouse Biotechnology Institute (TBI, ICEO, UMR UMR 5504 INSA-CNRS, 792 INRAE-INSA)

Mots-clés : synthèse chimique, purification, identification de ligands, diversité moléculaire, conception rationnelle et optimisation de ligands, biophysique, biologie structurale, modélisation moléculaire, criblage virtuel, RMN, cristallographie des rayons X, enzymes optimisées, évolution moléculaire dirigée, métagénomique, chimiothèques, protéines membranaires, interactions protéines-acides nucléiques, complexes protéiques

Moyens et equipements

- Spectromètres RMN 500 et 700 MHz pour l’étude d’échantillons biologiques en solution ou à l’état solide, (consoles Avance III HD et avance II, respectivement, 2012). Un spectromètre 600 MHz équipé d’une cryosonde triple résonance (console Avance III HD, 2012 et cryoplateforme, 2018). A noter qu’une partie des financements obtenus à l’issue du dernier appel d’offre IBISA 2018 a permis l’achat d’une sonde à détection fluor triple résonance (19F-1H-13C) pour le criblage de composés fluorés, installation prévue 2ème semestre 2020. En outre, dans le cadre de projets innovants, sur dossier scientifique, nous pouvons avoir accès à des équipements très haut champ et à des sondes spécifiques sur les infrastructures nationales et européennes.
- Filtres et polariseur pour fluorimètre clariostar en plaques 96 puits.
- Stations robotisées pour la réalisation et l’observation/gestion d’essais de cristallisation (2009, 2014, 2015), station de transfert de liquide de type Biomek FX (Beckman, 2011) et accès aux synchrotrons nationaux et européens (SOLEIL, ALBA, ESRF).
- Analyse, purification et identification de composés biologiquement actifs à haute valeur ajoutée : spectromètre de masse MALDI-TOF (2009), chromatographies (U)HPLC analytique (2009), préparative, supercritique, chirale et non chirale (2013), couplage chromatographie supercritique- UV à barrette de diodes (PDA) - spectrométrie de masse (2013), couplage chromatographie liquide-détecteur à diffusion de lumière (ELSD) (2013), couplage chromatographie liquide-détecteur de fluorescence (2013), chromatographie ionique simultanée cation/anion analytique et semi-préparative à détection par conductimétrie, UV à barrette de diodes (PDA) et spectrométrie de masse (2016).
- Grappes de PC (56 CPUs, 224 cœurs), 4 serveurs GPUs (16 carte graphiques) pour dynamiques moléculaires microseconde et 4 serveurs de fichiers centralisés avec capacité de stockage de masse (serveurs sécurisés : raid miroir et redondants), avec l’ensemble des logiciels pour la modélisation moléculaire, dynamique moléculaire, RMN, diffusion aux petits angles et cristallographie (2010). L’ensemble de ces logiciels a été mis à jour et de nouveaux logiciels implémentés (QuickVina and Amber package, 2013). PICT a également accès au Centre National de calcul : CALMIP (374 nodes, 13464 cœurs, 48 GPUs).
- Caractérisation et criblage biophysique : appareil de criblage de thermostabilité des protéines par fluorescence (DSF, 2010), systèmes de diffusion statique et dynamique de la lumière, couplés ou non à un système de chromatographie d’exclusion (DLS et SEC-MALLS, 2012), spectropolarimètre Jobin-Yvon (2013), dichroïsme circulaire (JASCO, 2007), contrôle qualité des protéines et estimation de température de dénaturation (nanoDSF, 2019). A noter que l’appareil de microcalorimétrie ITC acquis en 2010 par la plateforme n’est plus fonctionnel et doit être remplacé (à ce jour la technologie ITC est associée à plus de 10 publications impliquant la plateforme)

- Criblage d’activités enzymatiques : automates de picking de colonies, duplication de plaques de cultures, gridding sur gélose ou membranes : QPixII (Genetix, 2002) et K2 (KBiosystem, 2011), stations de transfert de liquide Genesis RSP200 (TECAN, 2002) et Nimbus (Hamilton, 2016), installation microfluidique pour criblage ultra-haut débit en gouttelettes (éléments de différentes origines, 2019). A noter qu’une partie des financements obtenus à l’issue du dernier appel d’offre IBISA 2018 va permettre l’achat d’une station de pipetage automatisée dédiée aux très petits volumes et à la micropurification de protéines, installation prévue 2ème semestre 2020. Plateau analytique comprenant plusieurs HPLC (Thermo, Dionex, Agilent, dernier équipement acheté en 2018) et LC-MS (Dionex, Thermo, 2008), GC (2006), GC-MS (2014). Plateau de purification de protéines comprenant des systèmes de chromatographie ÄKTA (Pure, Xpress, Purifier, Prime).

- Grappes de PC (96 CPUs, 264 cœurs, 4 GPUs pour dynamique moléculaires µs) et serveurs de fichiers centralisés avec capacité de stockage de masse, avec l’ensemble des logiciels pour la modélisation moléculaire, dynamique moléculaire, RMN, diffusion aux petits angles et cristallographie (2010). L’ensemble de ces logiciels a été mis à jour et de nouveaux logiciels implémentés (QuickVina and Amber package, 2013). PICT a également accès au Centre National de calcul : CALMIP (540 nodes, 10800 cœurs).

- Caractérisation et criblage biophysique : - Microcalorimètre de titration isotherme (ITC, 2010), appareil de criblage de thermostabilité des protéines par fluorescence (DSF, 2010), systèmes de diffusion statique et dynamique de la lumière, couplés ou non à un système de chromatographie d’exclusion (DLS et SEC-MALLS, 2012), spectropolarimètre Jobin-Yvon (2013).

- Criblage d’acitivités enzymatiques : automates de picking de colonies, duplication de plaques de cultures, gridding sur gélose ou membranes : QPixII (Genetix, 2002) et K2 (KBiosystem, 2011), stations de transfert de liquide de type Biomek Genesis RSP200 (TECAN, 2002) et Nimbus (Hamilton, 2016) et Genesis RSP200 (TECAN, 2002), plateau analytique comprenant fluorimètre, dichroïsme circulaire (JASCO, 2007), HPLC (Thermo, Dionex, Agilent, dernier équipement acheté en 2018) et LC-MS (Dionex, Thermo, 2008), plateau de purification de protéines comprenant des systèmes de chromatographie ÄKTA (Pure, Xpress, Purifier, Prime).

Galerie

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