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MétabolomeIDF(CEA)
Responsable : Christophe JUNOT • Responsable Tech. : Christophe JUNOTJean Claude TABET
Adresse : Laboratoire d'Etude du Métabolisme des Médicaments.
DSV/iBiTec-S/SPI
Bat. 136
CEA-Saclay
91191 GIF-SUR-YVETTE

complements

Certifications

Pas de certification ISO

Site web

http://ibitecs.cea.fr/drf/ibitecs/Pages/...

Presentation de la plate-forme

Les prestations offertes de la plate-forme s’articulent autour de l’analyse métabolomique par spectrométrie de masse. Plusieurs types de prestations peuvent être réalisés:
- Production de données brutes: empreintes métabolomiques par spectrométrie de masse à basse, haute ou ultra-haute résolution de milieux biologiques que les clients peuvent ensuite analyser par leurs propres moyens. Les fichiers de données brutes sont transmis au client.
- Traitement des données spectrales: les empreintes métabolomiques sont traitées avec les outils mathématiques et informatiques développés au laboratoire. Les résultats sont rendus sous forme d'une matrice de données contenant les signaux détectés et leurs aires ou intensités dans les échantillons biologiques analysés.
- Identification de métabolites: elle est réalisée grâce à la banque de données spectrales du laboratoire (nous disposons d'une chimiothèque de 900 produits chimiques). Pour les ions non identifiés, nous pouvons effectuer des interrogations automatiques de banques de données publiques sur la base de la masse exacte des ions. Nous proposons également des analyses structurales basées sur des expériences de fragmentation de type MSn.
- Analyse des données: nous disposons d'outils d'analyses statistiques multivariées (logiciel SIMCA P12, Umetrix, Suède). Nous maîtrisons également les analyses statistiques descriptives, les tests statistiques et les analyses de variances. Nous utilisons enfin des logiciels permettant de positionner les métabolites identifiés et leurs niveaux relatifs de concentrations au sein de voies métaboliques connues (logiciel KeggArray).
L’activité de recherche se partage entre une activité analytique de développement de la méthodologie et une activité de recherche appliquée à des thématiques biologiques variées en collaboration avec des équipes de recherche de l’institut ou extérieures.
Le premier niveau relève principalement de la recherche méthodologique et correspond au développement d’outils spécifiques à cette technique basée sur la spectrométrie de masse à haute résolution. Il s’agit d’une part de construire des bases de données de métabolites à partir de l’interprétation de spectres de masse et d’autre part d’appliquer les techniques d'analyses statistiques multivariées pour mettre en évidence l'information biologiquement pertinente et développer des outils informatiques de traitement et d'analyse de données à grande échelle.
Le second niveau correspond à la mise en œuvre de cette méthodologie pour résoudre des problèmes biologiques couvrant des champs d’application très variés dans le cadre de collaborations entre partenaires académiques ou industriels: santé humaine (maladies neurométaboliques, biomarqueurs du cancer, lipidomique, globules rouges et drépanocytose), développement de médicaments (toxicologie, métabolisme et induction enzymatique), environnement: développement de méthodes analytiques ciblées pour les contaminants environnementaux en matrices liquides (eau de boisson, eaux environnementales) ou solides (aliments, plantes…).

Moyens et equipements

7 Appareils de Spectrométrie de mase : LTQ Orbitrap XL (2006), LTQ-Orbitrap Discovery (Mai 2008), Orbitrap-Exactive (Novembre 2009), Q-TOF (2005), 2 Triple quadrupoles: Quantum-discovery (2004) et Quantum-Ultra (2005), FTICR (7 Tesla, 2006). Mis à part le FTICR, ces instruments sont couplés à des systèmes de chromatographie liquide (LC, UPLC, nanoLC).

Appareillage courant de laboratoire : robot d’extraction, spectrophotomètres,
lecteurs fluorescents, lecteurs UV

Stations informatiques équipés des logiciels propres à l’acquisition et au traitement des données.

La plate-forme est en train de s'équiper d'un LIMS (Laboratory Informatic Management system) qui assurera la gestion des données brutes (traçabilité et archivage). Cet outil devrait être opérationnel dans le courant du premier semestre 2010.

Galerie

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