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Transcriptomic Genomic Marseille-Luminy
Responsable : Catherine Nguyen & Béatrice Loriod • Responsable Tech. : Béatrice Loriod
Adresse : TAGC - Inserm UMR1090 Case 928 163 avenue de Luminy
13288 Marseille

complements

Certifications

  

Site web

http://tagc.univ-mrs.fr/tgml

Presentation de la plate-forme

La plateforme Transcriptomique et Génomique Marseille-Luminy est intégrée au laboratoire TAGC (Technologies Avancées pour le Génome et la Clinique), unité mixte de recherche UMR_S 1090 Inserm/Aix-Marseille Université. La plateforme est labellisée IBISA (www.ibisa.net). Elle est une composante de l'infrastructure distribuée France Génomique (www.france-genomique.org) qui rassemble et mutualise les ressources des principales plateformes françaises de génomique et de bio-informatique.

Elle donne accès à une large palette d’outils expérimentaux et bioinformatiques pour l'étude du Génome, de l'Épigénome et du Transcriptome et de la Génomique Fonctionnelle. Elle offre son expertise pour l’analyse de différents types de données issues des puces à ADN et du séquençage. L'accès à ces services se fait soit en prestation de service ou en collaboration sur la base d’une tarification adaptée et validée par l'Inserm. Les ingénieurs de la plateforme assurent le traitement et l'analyse des puces à ADN, la construction des librairies de fragments d'ADN à séquencer, le séquençage et les analyses primaires et secondaires.

Les principales prestations offertes sont les analyses du transcriptome (puces et RNA-seq), du génome (DNA-seq : SNPs, small/large InDels, full exome, séquençage ciblé après capture) et de l'épigénome (ChIP-seq, Mnase-seq, FAIRE-seq). Dans le cadre de collaborations, la plateforme est ouverte au développement d'approches innovantes dans ses domaines de compétences (Transcriptomique, Génomique, Épigénomique, Bioinformatique).

La plateforme TGML est accessible aux équipes de recherche publique françaises et étrangères ainsi qu'aux industriels. Les réalisations récentes couvrent de nombreux domaines des Sciences du Vivant (biologie humaine et animale, microbiologie, génétique, génomique, épigénétique, immunologie, cancérologie, recherche biomédicale, bioinformatique, biostatistiques, etc.).

Outils bioinformatiques opérationnels et en développement

* Développement de chaines de traitement pour l'analyse du Transcriptome (Transcriptome & Interactome Browser : tagc.univ-mrs.fr/tbrowser/), du Génome et de l'Épigénome (Regulatory Sequence Analyis Tools : www.rsat.eu).

* Logiciel GeVarA pour l’analyse des variants génomiques (version standalone disponible sur demande)

* Outils de conversion et analyse à façon (wig, bed, sam, etc.)

Moyens et equipements

*Séquençage : un séquenceur Nextseq 500 (jusqu’à 120 Gigabases par session) et un séquenceur Ion Torrent PGM (jusqu’à 2 Gigabases par session).

*Puces à ADN : un scanner Agilent 2 µM pour l'analyse de lames de verre jusqu'à 1 million de sondes par puce et tous les équipements nécessaires pour l’étude du transcriptome de nombreux organismes.

*Automatisation : un Apollo (Wafergen) pour l'automatisation de la fabrication des librairies. Un Ionchef pour le séquenceur PGM, un robot pipeteur EVO150 TECAN .

*Autres équipements :
2 Sonicateurs : 1 Covaris S2 System, 1 Bioruptor Pico Diagenode
1 fluorimètre Qubit 2.0
1 Hydroshear Genomics Solutions
1 Ultra-Turrax Tube Drive IKA
14 Thermocycleurs 96 puits Applied Biosystems + MWG
1 Bioanalyser Agilent
1 système qPCR Stratagene Mx3000P
1 Pièce blanche (10 m2) avec filtres à ozone + ozonomètre

*Informatique
Cluster
1 : 3 serveurs Dell PE1950 (2 CPU E5420@2.5GHz, 24 cœurs)
Cluster
2 : 4 serveurs Dell R710 (2 CPU E5540@2.53GHz, 32 cœurs)
Cluster
3 : 16 serveurs Dell C6220 (2 CPU E5-2640@2.5GHz, 192 cœurs)
Stockage : 4 volumes (baies Dell MD1000, MD1200 et MD3260) de 140 à 220 Tb.

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