Accueil Site » Retour liste annuaire » plateforme : TILLING et Recherche Translationnelle

TILLING et Recherche Translationnelle
Responsable : Abdelhafid Bendahmane • Responsable Tech. : Marion Dalmais (100%) Fabien Marcel (100%) Joseph Tran (100%)
Adresse : IPS2
BATIMENT 630 PLATEAU DU MOULON
RUE NOETZLIN
CS 80004
91192 GIF SUR YVETTE cedex

complements

Certifications

Pas de certification ISO

Site web

http://www-urgv.versailles.inra.fr/tilli...

Presentation de la plate-forme

La plate-forme (PF) « TILLING et Recherche Translationnelle » a pour objectif de développer de nouveaux outils dans ce domaine pour répondre aux besoins de notre équipe de recherche et également pour en faire bénéficier la communauté scientifique nationale et internationale. Notre PF est leader depuis plusieurs années sur l’identification de mutations dans des gènes cibles en utilisant la technologie TILLING. Elle offre un service de détection de mutations à haut-débit sur des populations mutagenéisées chimiquement chez 11 espèces cultivées. Quarante-huit collections de mutants ont été produites dont 2 collections de mutants saturantes, totalisant cent soixante douze mille familles M2. Nous travaillons actuellement à l’élaboration de nouvelles collections de mutants utilisant d’autres approches de mutagenèse afin de poursuivre l’élargissement et la diversité de nos ressources. Par exemple, une collection de mutants de délétions (fast-neutrons) est en cours de développement en collaboration avec les privés. Par ailleurs, nous avons également un projet de développement de collections de mutations aléatoires via la technologie CRISPR/CAS9 pour de la mutagenèse sur des cultures cellulaires. De plus, la PF a aussi développé ses propres systèmes de détection de mutation, d’abord enzymatique (Dalmais et al., 2008, Triques et al., 2008 et un brevet) puis par séquençage haut-débit en exploitant les technologies NGS (MiSeq®, NextSeq500®, Illumina™) utilisé en routine depuis 2014. Un pipeline bio-informatique d’analyses des données de séquençage a été entièrement conçu par l’équipe bioinformatique de la PF afin de répondre à ces nouveaux besoins. Ce logiciel a été protégé par l’INRA en 2016 (numéro de dépôt : IDDN.FR.001.240004.000.R.P.2016.000.10000). Une autre approche de détection de mutations est également en cours de développement, utilisant la technologie Droplet Digital™ PCR (ddPCR™, Biorad) pour détecter parmi des milliers d’allèles celui qui porte la mutation spécifiquement recherchée. Ces évolutions technologiques ont été accompagnées de la robotisation de plusieurs étapes clés, nécessitant de forts investissements en équipements notamment avec le soutien d’IBiSA. Ces avancées technologiques ont permis de multiplier par 25 le débit de criblage de la plateforme.
Cet immense travail réalisé sur la PF a permis d’attirer de nouveaux contrats, projets et co-financements, d’initier de nombreux développements et de nouvelles collaborations. La PF a intégré dix-sept projets ANR, cinq projets européens, dix projets publics-privés dont un (SAMUTAGENE) avec un consortium de cinq semenciers (Gautier Semences, Takii, BHN, Syngenta et VCO). La PF porte également un ERC advanced grant sur la recherche translationnelle chez les Cucurbitacées.
L’implication de la PF dans les projets de collaborations peut-être de différents types. Le plus simple consiste à une activité de criblage sur des séquences génomiques annotées de gène(s) candidat(s) fournis par le demandeur à partir de nos ressources propres. La ou les collection(s) de mutants ainsi que la méthode de détection utilisée sont préalablement définis. Nous fournissons alors la séquence des différents allèles mutés ainsi que l’analyse de l’impact de la mutation sur la fonction de la protéine et enfin les graines des lignées mutées identifiées. Les données sont également saisies dans la base de données UTILLdb et rendues accessibles à tous via l’interface web, en accord avec le demandeur. Le demandeur peut également faire sa demande de criblage sur ces propres collections de mutants, ce qui constitue un niveau d’implication de la PF plus important. Enfin, nous offrons également la possibilité au demandeur de commander des mutants sur un caractère agronomique donné. Nous fournissons alors, dans un premier temps, le ou les gènes candidats impliqués dans le caractère demandé puis la liste des allèles détectés suite au criblage. Cette dernière option est essentiellement destinée aux entreprises privées. Dans tous les cas, nous travaillons en étroite collaboration scientifique avec les laboratoires demandeurs et tous nos résultats (allèles et graines) sont diffusés uniquement après signature d’un Material Transfert Agreement ou d’une fiche de traçabilité.
Un des objectifs de la PF est de poursuivre l’amélioration du protocole de TILLING par NGS pour gagner en débit tout en réduisant les coûts. Nous cherchons à augmenter la taille des fragments d’ADN criblés afin de couvrir directement la totalité des gènes donnés tout en augmentant le nombre de famille à cribler. La limite actuelle est directement liée aux capacités intrinsèques du séquenceur MiSeq®. La PF possède un second séquenceur Illumina, le NextSeq500®, acheté conjointement avec la PF Transcriptome de l’IPS2, dont les capacités sont suffisantes pour absorber le séquençage de plus gros fragments d’ADN. Cependant, la préparation des librairies nécessite une étape de fragmentation de l’ADN à une taille bien définie. C’est pourquoi, nous nous sommes tournés vers l’achat d’un sonicateur suffisamment puissant pour fragmenter des amplicons de quelques kilobases, sans détériorer la qualité de l’ADN. Cette demande d’achat a également été réfléchie en concertation avec les plateformes Transcriptome et Epigénomique de l’IPS2. Nous nous sommes mis d’accord sur l’achat de l’ultra-sonicateur Covaris S220, qui réponds aux exigences de chacun et nous permets ainsi d’assurer un co-financement pour cet équipement.
C’est pourquoi, la PF « TILLING et Recherche Translationnelle » demande un soutien IBiSA de 40 k€ en 2017 pour participer à l’achat de cet équipement ( 50229 € prix HT) dont le co-financement est assuré.

Moyens et equipements

Système de criblage :

Trois analyseurs de fragments d'ADN double laser L4300S
Marque:Li-Cor
Acquisition: 2002, 2007 et 2011

MiSeq Personal Sequencer
Marque:Illumina
Acquisition (financement Genopole Evry):2012

Séquenceur NextSeq500
Marque : Illumina
Acquisition (SPS, IBISA) : 2016

Système de PCR digitale en gouttelette et son robot de génération, QX200 & AutoDG
Marque : BioRAD
Acquisition (SPS, IBISA 2013) : 2015

Access Array™ System,
Marque:Fluidigm®
Acquisition (financement IBiSA 2012): 2013

Bioanalyser 2100,
Marque:Agilent®
Acquisition (financement IBiSA 2012): 2013

Système d’électrophorèse automatisée pour la séparation d’échantillons d’ADN en haut débit, PippinHT
Marque : Sage Science
Acquisition (IBISA 2014) : 2016

Système d’imagerie à fluorescence et luminescence pour les plantes Nightshade LB 985
Marque : Berthold Technologies
Acquisition (IBISA 2014, fonds propres) : 2016

Analyse des données NGS:

Poste de travail informatique Marque: DELL T7500
Acquisition (fonds propres): 2012
CLC sequence viewer software
Marque: CLCbio,
Acquisition (fonds propres): 2012

Génération des populations :

Deux chambres de cultures (de 13,78m2 chacune) adaptées aux espèces exploitées par la plateforme, pour la génération des populations.
Marque : Froid & Mesure
Acquisition (IDEX 3P) : 2015

Station de pipetage robotisée adaptée pour l’extraction d’ADNg en filtration, Biomeck Fx
Marque : Beckman
Acquisition (IDEX 3P, IBISA 2014) : 2016

Conservation des ressources biologiques:
15 réfrigérateurs ventilés blanc (601 L) à 3 niveaux d'hygrométrie,
Marque: LIEHBERR
Acquisition (fonds propres): 2011 et 2012

Un grainier à température et hygrométrie contrôlées de 10,70m2
Marque : Froids et Mesures
Acquisition (IDEX 3P) : 2015

2 congélateurs -80°C pour la conservation des ADNs
Marque : ThermoScientific
Acquisition (IDEX 3P) : 2015, 2016

16 sondes humidité et températures reliées au système de contôle RF Monitor Premium,
Marque: Newsteo
Acquisition (financement IBiSA 2012): 2013

Galerie

Aucun visuels disponibles.