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ReNaBi-IledeFrance (ReNaBi-IdF)
Responsable : Ivan Moszer • Responsable Tech. : Curie : Emmanuel Barillot (60%) eBio : Danie
Adresse : Institut Pasteur
28 rue du Docteur Roux
75724 PARIS Cedex 15
75015 Paris

complements

Certifications

Pas de certification ISO

Site web

http://renabi.genouest.org/platforms/ren...

Presentation de la plate-forme

La plate-forme ReNaBi-IledeFrance (ReNaBi-IdF) regroupe 8 sites proposant des ressources et expertises variées en bioinformatique :
- Curie (Institut Curie - Paris)
- eBio (IGM - Orsay)
- GENATLAS (Paris Descartes - Paris)
- MicroScope (Genoscope - Evry)
- MIGALE (INRA - Jouy-en-Josas)
- Pasteur (Institut Pasteur - Paris)
- RPBS (Paris Diderot - Paris)
- URGI (INRA - Versailles)

Les modèles biologiques étudiés couvrent une large partie du spectre du vivant, allant des virus (MIGALE, Pasteur) à l'homme (Curie, GENATLAS), en passant par les bactéries (eBio, MIGALE, MicroScope, Pasteur) et les plantes et leurs bioagresseurs comme les champignons (URGI). Les sites mentionnés ci-dessus s'intéressent essentiellement aux aspects génomiques, métagénomiques, génétiques et épigénétiques des organismes étudiés. Des outils pour l’étude structurale des protéines sont également proposés par RPBS et MIGALE, ainsi que des outils de chemoinformatique par RPBS, toutes espèces confondues. Le domaine biomédical est largement représenté par les activités des sites Curie (cancers), GENATLAS (maladies génétiques), RPBS (recherche de composés à vocation thérapeutique) et ceux travaillant sur les maladies infectieuses (MicroScope, Pasteur) ; le monde de l'agriculture, l’agronomie et l’alimentaire est couvert par les sites URGI et MIGALE, qui étudient également, ainsi que le site MicroScope, les aspects environnementaux.

Tous les sites mettent à disposition des banques de données et des bases de données généralistes ou spécialisées, ainsi que des plates-formes logicielles donnant accès à des outils de bioinformatique, des plus génériques aux plus pointus. Ces outils et collections de données sont développés en interne ou déployés à partir de ressources publiques. Ces prestations sont rendues possibles par une activité de veille et de développement dans plusieurs domaines informatiques, tels que l’intégration de données hétérogènes, la mise en place de chaînes de traitement automatisées, la définition d’ontologies, la fouille de texte, l’interopérabilité entre systèmes d’information, les interfaces homme-machine, etc. Une infrastructure matérielle importante permet de mettre en œuvre ces activités (grappes de calcul, serveurs spécialisés, stockage).

Une activité majeure d'accompagnement de projets est également réalisée par la plupart des sites, essentiellement dans le domaine de l’analyse bioinformatique et biostatistique de données génétiques et génomiques (en particulier avec l’avènement du séquençage à haut débit), afin d’apporter un soutien expert aux équipes biologistes.

Finalement, de nombreuses formations sur l'utilisation d'outils et de méthodes bioinformatiques à destination des biologistes sont organisées ou co-organisées par l’ensemble des sites, qui contribuent également à des cursus de formation initiale.

Moyens et equipements

Curie
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- 1 serveur de fichiers et de production Sun-Fire-X4240 (2 processeurs hexa-cœur AMD Opteron 3.7 GHz, mémoire 32 Go) – date d’achat : 2009
- 2 serveurs de développements Sun-Fire-X4600 (8 processeurs double-cœur AMD Opteron 3 GHz, mémoire 32 Go) – date d’achat : 2006
- 4 serveurs de calcul Sun-Fire-X4600 (8 processeurs quadri-cœur AMD Opteron 3 GHz, mémoire 256 Go) – dates d’achat : 2008 et 2009
- Baie de disque d'une capacité de 40 To – dates d’achat : 2007 à 2009

eBio
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- Cluster 10 nœuds / 80 cœurs Dell 64-bit (date d’achat : 2009 – 32 k€)
- Équipement salle machine (clim, sécurité, plancher) (date d’achat : 2009 – 45 k€)
- 6 serveurs Web et calcul (50 k€)

GENATLAS
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GENATLAS est hébergé par les serveurs du service informatique de l’Université Paris Descartes (DISI), accessibilité et maintenance 24/24 heures et 7/7 jours.

MicroScope
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MicroScope bénéficie de l'infrastructure informatique du Genoscope qui garantit le succès du service proposé. L'équipement informatique du centre comprend aujourd’hui une capacité de stockage de 200 To et un nombre total de CPU égal à 330 cœurs AMD. Notre groupe a participé à l'achat des équipements du Genoscope à travers plusieurs appels d'offres : 2 appels équipement semi-lourd de la Genopole d'Évry (110 k€), une ACI IMPbio (80 k€) et en 2007 une ANR PFTV pour laquelle un montant de 210 k€ nous permet de réserver spécifiquement du temps CPU et de l'espace disque pour les besoins des projets du site MicroScope.

MIGALE
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Équipement (date d’achat – coût) :
- 4 baies MD1000 SATA (2008 – 21 k€)
- 1 baie MD1000 SAS (2008 – 7 k€)
- 3 serveurs PE1950 (2008 – 20 k€)
- 1 serveur Blade PEM905 (2008 – 55 k€)
- 1 serveur Blade (2007 – 29 k€)
- 1 serveur PE2950 (2007 – 5 k€)
- 4 baies MD1000 SATA (2007 – 17 k€)
- onduleur MGE 60 kVA (2007 – 15 k€)
- alarme anti-incendie (2007 – 30 k€)
- 1 serveur PE1995 (2006 – 22 k€)
- 1 serveur PE1950 (2006 – 10 k€)
- 1 serveur PE6850 (2006 – 19 k€)
- 3 baies MD1000 SATA (2006 – 19 k€)
Au total : 15 serveurs, un cluster (300 cœurs), plus de 50 To de disque, financés par des contrats MIG et Équipement lourd INRA.

Pasteur
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Le site utilise les équipements collectifs achetés et maintenus par le groupe Systèmes et Réseau :
- grappe de calcul de 400 cœurs (50 bi-processeurs E5420, 4 cœurs, 8 Go RAM) accessibles par 4 serveurs de soumission en fonction des types de projets (date d’achat : décembre 2008)
- 3 serveurs spécialisés (bi-processeurs E5420, 4 cœurs, 64 ou 128 Go RAM) (date d’achat : juin 2009)
- 1 serveur Paracel BLAST constitué de 3 Sun X4200 + 3 Sun X4100 (dates d’achat : 2007 et 2009)
- 1 serveur d’applications WebObjects constitué de 7 Apple Xserve : 3 G4, 2 G5 et 2 Xeon
- 110 To de stockage général + 4*32 To de stockage dédié (serveurs NAS)
- robot de sauvegarde 620 slots, 6 têtes de lecture, capacité 800 Go par bande (date d’achat : 2005, upgradé en 2008)
La salle informatique est connectée en Gigabit spécialisé pour le calcul.
Le site utilise environ 30 stations de travail sous Mac OS X et Linux.

RPBS
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192 cœurs, 19 To stockage.
Cluster de calcul :
- 6 nœuds bi-processeurs (date d’achat : 2006)
- + 4 nœuds 8 cœurs 64 bits (date d’achat : 2008)
- + 20 nœuds 8 cœurs 64 bits (date d’achat : 2009)
Serveur web :
- 1 serveur web 8 cœurs 64 bits (date d’achat : 2008)
Stockage :
- 1 serveur NAS de 4 To (date d’achat : 2008)
- 1 serveur NAS de 15 To (date d’achat : 2010)

URGI
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L’URGI dispose d’une salle serveur et gère en autonomie son infrastructure informatique, ses serveurs et ses sauvegardes. Le site a financé ses gros achats matériels via des réponses à appels d’offres (Genoplante de 2000 à 2004, Infrastructures Bases de données INRA en 2007 et 2008, ANR en 2008 et 2009, IBISA en 2009). Le site dispose ainsi de 3 gros serveurs en production et de 2 clusters de calcul.
Capacité de stockage : 24 To (disques) + 48 To (robots de sauvegarde)
Nombre de CPU : 186 cœurs (Sun + clusters PCs)
Détail :
- serveur web (public) : Sun E280R, 2 CPU, 8 Go RAM (date d’achat : 2002 – Infobiogen)
- serveur web : Sun X4150, 8 cœurs, 16 Go RAM (date d’achat : 2008)
- serveur (avec compte utilisateur) : Sun E2900, 24 cœurs, 96 Go RAM (date d’achat : 2004 – 292 k€ avec robot de sauvegarde)
- serveur de base de données : Sun V490, 4 cœurs, 16 Go RAM (date d’achat : 2007 – 58 k€ avec robot de sauvegarde)
- serveur d’administration : Sun Fire V210, 2 CPU, 2 Go RAM (date d’achat : 2005 – 3 k€)
- cluster de calcul : 5 nœuds, 20 cœurs, 20 Go RAM (date d’achat : 2006 – Institut Jacques Monod)
- cluster de calcul : 16 lames, 128 cœurs, 256 Go RAM (date d’achat : 2008 – 53 k€)
- 2 robots de sauvegarde Sun StorageTek L25, 50 (LTO2), 2 lecteurs LTO2, stockage 10 To (non compressé) (date d’achat : 2004)
- 1 robot de sauvegarde Quantum Scalar i500, 46 bandes LTO4, 2 lecteurs LTO4, stockage 38 To (non compressé) (date d’achat : 2008 – 53 k€)

Galerie

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