Accueil Site » Retour liste annuaire » plateforme : ATGC

ATGC
Responsable : Stéphane Guindon, Eric Rivals • Responsable Tech. : Vincent Lefort
Adresse : Plateforme Bioinformatique
CNRS - LIRMM
Campus St Priest bât 5
860 rue de St Priest
34095 - Montpellier Cedex 5 - FRANCE
34095 Montpellier

complements

Certifications

Pas de certification ISO

Site web

http://www.atgc-montpellier.fr

Presentation de la plate-forme

La plateforme est orientée vers la génomique évolutive, comparative et fonctionnelle.
Elle constitue une vitrine pour l’équipe MAB (Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique) du LIRMM (Laboratoire d’Informatique, de Microélectronique, de Robotique de Montpellier) dont l’activité est centrée sur le développement méthodologique. La plateforme a la triple vocation de diffuser et valoriser les outils bioinformatiques développés au LIRMM, de favoriser les collaborations entre partenaires informaticiens et biologistes, et d'apporter une aide à ces chercheurs en mettant en place des services bioinformatiques en lien direct avec leurs travaux.
Les services proposés par la plate-forme concernent essentiellement deux thématiques :
• Les analyses évolutives : nous développons des algorithmes pour la reconstruction phylogénétique (par exemple PhyML), la sélection de modèles, la datation des arbres et l’inférence de super-arbres. Ces algorithmes sont implémentés dans des logiciels disponibles sur la plateforme. Ils sont accompagnés d’outils d’analyse et de visualisation. Afin de fournir un environnement convivial d’analyse, ces outils sont intégrés dans des pipelines en ligne comme phylogeny.fr.
• L’analyse de données issues du séquençage à haut débit : nous développons des algorithmes de traitement rapide de ces données, pour par exemple identifier les transcrits et les replacer sur le génome. Ainsi, le logiciel LorDEC est le premier à proposer de corriger les erreurs de séquençage issues de la dernière génération de séquenceurs en alignant les lectures longues sur un graphe.

Ces services sont accessibles en ligne gratuitement. Ils ont une très grande visibilité internationale. Les publications décrivant ces logiciels ont été citées plus de 30 000 fois (3000 citations en 2019). En 2019, ATGC a réalisé 540 000 analyses pour 16 000 utilisateurs distincts, ce qui a représenté 460 000 heures de calcul.

La plateforme propose aussi une offre de formations continues. En 2020, nous organisons cinq formations :
• Scripts en Python pour la bioinformatique et environnement Linux (3 jours)
• Bioinformatique pour le traitement de données de séquençage (NGS) (5 jours)
• Phylogénie moléculaire - formation de base (3 jours)
• Phylogénie moléculaire - formation avancée (3 jours)
• Bioinformatique pour la métagénomique (3 jours)

Moyens et equipements

Un cluster 12 noeuds 24 cores, 128 Go RAM (150 k€), 2015
Une baie de stockage de 110 To (20 k€), 2017

Galerie