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IFB-GrandSud ATGC
Responsable : Stéphane Guindon, Eric Rivals • Responsable Tech. : Vincent Lefort (LIRMM 100 %) / Bertrand Pitollat (Cirad-INRA 100 %)
Adresse : Plateforme Bioinformatique
CNRS - LIRMM
Campus St Priest bât 5
860 rue de St Priest
34095 - Montpellier Cedex 5 - FRANCE
34095 Montpellier

complements

Certifications


Plate-forme certifiée ISO 9001

Site web

http://www.atgc-montpellier.fr

Presentation de la plate-forme

La plateforme est orientée vers la génomique évolutive, comparative et fonctionnelle.
Elle réunit les équipes (CIRAD, IRD, LIRMM) ayant une activité centrée sur le développement méthodologique autour de ces thèmes. Elle a la triple vocation de diffuser et valoriser les outils bioinformatiques développés au sein de la communauté régionale, de favoriser les collaborations entre partenaires informaticiens et biologistes, et d'apporter une aide à ces chercheurs en mettant en place des services bioinformatiques en lien direct avec leurs travaux. Les outils que nous proposons sont accessibles en ligne gratuitement. Notre activité vise donc la communauté régionale, nationale et internationale. Ces outils, développés localement et distribués sur la plateforme, ont une très grande visibilité internationale. Par exemple PhyML (2003) a été cité plus de 10000 fois (cf. Web of Science : PhyML est classé « Current Classic » depuis Octobre 2007 par Science Watch).
La plateforme comprend trois composantes:
- La première composante s'oriente vers les études évolutives. Nous développons des algorithmes de reconstruction phylogénétique (par exemple PhyML) et des outils d'analyse et de visualisation d'arbres. Ces travaux sont implémentés dans des logiciels que nous diffusons grâce à la plateforme. Ceux-ci peuvent être téléchargés et/ou exécutés en ligne. Un effort d'intégration de ces outils a été réalisé (en collaboration avec la plateforme de bioinformatique de Marseille) afin de les rendre accessibles au sein d'un pipeline d'analyse phylogénétique en ligne particulièrement convivial (htpp://www.phylogeny.fr : 300 analyses par jour).
- La seconde composante travaille sur des projets de génomique fonctionnelle, dédiés à l'analyse des transcriptomes et l'annotation des génomes grâce à des données de séquences haut débit. Nous développons des algorithmes de traitement rapide de ces données haut débit, pour identifier les transcrits et les replacer sur le génome. Par exemple, nous avons développés le logiciel LorDEC qui est le premier à proposer de corriger les erreurs de séquençage issues de la dernière génération de séquenceurs. Ce projet se place dans un contexte régional très favorable en collaboration avec la plateforme Montpellier Genomix (IRB, UM, IGF, IRCM).
- La troisième composante développe de nouvelles méthodes et de nouveaux outils bioinformatiques pour l'analyse génétique et génomique des plantes tropicales et méditerranéennes: gestion des ressources génétiques et génomiques de plantes tropicales, détermination de SSR et SNP, analyse de collection d'ESTs et cDNA, prédiction d'orthologues par phylogénomique, outil intégré pour l'analyse des données de diversité génétique, plateforme générique d'annotation structurale, fonctionnelle et comparative dédiée aux génomes de plantes et de leur bio-agresseurs. Ces outils sont disponibles en ligne sur la plateforme et sont massivement utilisés (50 000 requêtes par mois). Ils utilisent largement les algorithmes, programmes et pipelines développés au sein de la plateforme.

La plateforme interagit avec de nombreuses autres plateformes, sur Montpellier (IMGT, Montpellier Genomix), mais aussi à l'extérieur (Marseille, Lyon, Toulouse, Versailles). Elle a pour vocation de constituer un creuset permettant de mettre en commun les expertises et les outils, non seulement entre les partenaires principaux indiqués ici, mais aussi avec les nombreux bioinformaticiens de Montpellier isolés (sur le plan informatique) dans les laboratoires de biologie (CEFE, CRBM, IGF, IGH, IRB, Montpellier SupAgro, ...). Elle est adossée aux équipes de recherche de l'Institut de Biologie Computationelle (IBC, http://www.ibc-montpellier.fr/) afin d'assurer une veille constante sur les outils et méthodes développés. Les séminaires de l'IBC (http://www.ibc-montpellier.fr/events/seminars/plenary-sessions) permettent de mettre en place des rencontres et de discuter de projets collaboratifs.

Moyens et equipements

LIRMM:
1 cluster 12 noeuds 24 cores, 128 Go RAM (150 k€), 2014

CIRAD:
1 cluster 1200 coeurs (23 noeuds de calcul 192 Go RAM, 1 noeud BigMem 2.6 To RAM, 1 noeud R-Studio 1 To RAM), 285 k€ 2015
NAS 810 To pérennisation et partage des données scientifiques, 320 k€ 2016

Galerie

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