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GenomEast
Responsable : Irwin DAVIDSON • Responsable Tech. : Christelle Thibault-Carpentier
Adresse : IGBMC
1 rue Laurent Fries
67400 Illkirch-Graffenstaden

complements

Certifications

  

Site web

http://genomeast.igbmc.fr/

Presentation de la plate-forme

Notre plateforme existe depuis 2000. Notre mission est de fournir aux chercheurs un accès aux technologies de haut débit pour l’étude des génomes, leur séquence, leurs variants, leur expression et leur régulation.

Notre cœur de métier est la réalisation de prestations de service pour les technologies de puce à ADN Affymetrix et de séquençage haut débit Illumina. Pour ces technologies, nous proposons un service complet depuis la conception des expériences, la validation des échantillons de départ jusqu’à l’analyse des résultats. Pour ce faire, nous utilisons des protocoles standardisés pour le traitement des échantillons et nous avons développé des pipelines d'analyse pour l'ensemble des applications proposées.

Une part importante de notre activité est également dédiée à l’innovation via la mise en place et l'évaluation de nouveaux protocoles ou via la réalisation de services à la carte pour des équipes de recherche. Ces développements nous permettent d'améliorer nos prestations existantes ou d’enrichir notre portefeuille de prestations en nous maintenant à la pointe de la technologie.

En plus des prestations de service, nous mettons à la disposition de la communauté scientifique plusieurs équipements technologiques de pointe ainsi que des outils bioinformatiques pour l'analyse de données. Nous donnons ainsi accès au système micro-fluidique de la Société Fluidigm et à un équipement Covaris. En partenariat avec le service informatique de l’IGBMC, nous avons mis en place une instance locale de la plateforme d’analyse bioinformatique Galaxy ouverte à l’ensemble de la communauté scientifique sous le nom de GalaxEast (http://www.galaxeast.fr/). Dans le cadre de ces activités, nous assurons l’installation et la maintenance des équipements et outils, nous fournissons les réactifs et consommables ainsi qu’un espace de travail adapté, tout en assurant l’encadrement et la formation des équipes utilisatrices ainsi que la veille technologique.

Une autre fonction de notre plateforme est la diffusion de l’information scientifique et de notre expertise. Pour cela nous organisons, au niveau régional et national, de nombreux cours, des ateliers de formation et des réunions d’utilisateurs. Nous participons également à des groupes de travail avec des experts spécialisés couvrant différents champs de compétence de la plateforme (technologie de séquençage, analyse statistique, analyse bioinformatique, norme ISO).

a) Prestations de séquençage haut débit Illumina

-ChIP-seq pour l’étude de l’épigénétique et le profilage de facteurs de transcription sur le génome
-RNA-seq (mRNA-Seq et total stranded RNA-seq) pour l’analyse de l’expression génique
-SmallRNA-seq pour le profilage des miRNA
-DNA-seq principalement exome-seq ou séquençage après capture de régions ciblées pour l'identification de mutations ou réarrangements
-Methyl-seq pour l’étude de l’état de méthylation de l’ADN

b) Prestations sur puces Affymetrix

-Analyse du transcriptome sur tous les types de puce Affymetrix

c) Accès à la technologie Fluidigm

-Analyse de Q-PCR haut débit sur tout type d’échantillons
-Capture et analyse de l’expression génique sur cellules uniques par Q-PCR ou RNAseq

d) Accès à l’équipement Covaris

-Fragmentation de l’ADN et de la chromatine

e) Accès à la plateforme GalaxEast

->180 outils bioinformatiques pour l’analyse de différents types de données «-omiques»

Moyens et equipements

- Plate-forme Affymetrix : 1 GeneChip® Scanner 3000 7G, 2 stations fluidiques, 2 fours à hybridation

- Plate-forme Illumina : 1 Illumina HiSeq™ 4000 et 1 cBOT

- Plate-forme Fluidigm : 1 C1™ Single Cell autoprep System, 1 Biomark™ HD, 1 IFC Controller MX, 1 IFC Controller HX

- Equipements informatiques : 1 cluster de stockage Isilon (260 To utiles), 16 lames Dell (8 M610 et 8 M620 pour un total de 224 coeurs)

- Equipements supplémentaires : 1 Covaris™ E220, 1 SPRI-TE™ Nucleic Acid Extractor et 1 Biomek® FXp de Beckman Coulter

Galerie

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