Plateforme d’analyse des glycoconjugués (PAGés)

PAGés est l’unique plateforme française dont l’activité est entièrement dédiée à l’analyse structurale des glycannes et glycoconjugués. Située au sein de l’Unité de glycobiologie structurale et fonctionnelle (UGSF) à Lille, elle se définit davantage comme une plateforme de savoir-faire plutôt qu’une plateforme technologique, car elle réalise ses prestations sur une multitude de technologies différentes.

PAGés fournit des conseils stratégiques et opérationnels, réalise des analyses structurales à partir d’échantillons, met au point et développe des technologies associées à l’analyse structurale des glycoconjugués. Les services de la plateforme sont accessibles à tout laboratoire public, français ou étranger, et aux acteurs du secteur privé. 

Les prestations sont réalisées en utilisant un large panel d’approches méthodologiques qui incluent la RMN, la spectrométrie de masse, la chromatographie en phase gazeuse et en phase liquide et la chimie des sucres. Les applications sont multiples et concernent entre autres les domaines de l’agroalimentaire, de la pharmaceutique, des biomatériaux et de l’infectiologie.

Expertises et services

Analyse de la glycosylation des cellules, tissus et fluides biologiques humains :

• Réalisation de profils totaux de N-glycosylation, O-glycosylation des protéines,
• Réalisation de profils totaux de glycolipides.

Analyse de glycoprotéines recombinantes :

• Identification des N- et O-glycannes de protéines recombinantes,
• Localisation des sites de N- et O-glycosylation,
• Quantification de l’occupation des sites de glycosylation.

Analyse détaillée de la structure de glycoconjugués inconnus :

• Détermination des paramètres structuraux de glycannes de toute origine (procaryotes, eucaryotes, végétaux) : composition, séquence, liaisons, anomérie des monosaccharides,
• Évaluation de la taille et de la polydispersité de polysaccharides.

Analyse de matrices biologiques complexes :

• Identification de monosaccharides,
• Quantification de monosaccharides,
• Identification de polysaccharides de surface.

Formation à l’analyse des glycannes :

• Formation à la glycobiologie,
• Formation pratique aux techniques analytiques MS, GC, GC/MS, RMN et HPLC.

Moyens et équipements

Résonance magnétique nucléaire (RMN) :

• Equipements utilisés pour l’analyse structurale de novo des glycoconjugués,
• 400+ sondes TBI 5 mm (²H, ¹H, ¹³C, X) et BBO 5 mm (²H, X, ¹H),
• 800+ sondes BBI 3 mm (²H, ¹H, X), TXI 5 mm (²H, ¹H, ¹³C, ¹⁵N) et HRMAS 4 mm (²H, ¹H, ¹³C, ³¹P),
• 900+ sonde Cryo 5 mm (²H, ¹H, ¹³C, ¹⁹F, ¹⁵N),
• Accès à l’infrastructure de recherche RMN-THC.

Spectrométrie de masse :

• Equipements pour le séquençage et le profilage des glycannes et pour l’analyse des sites de glycosylation,
• MALDI-QIT-TOF Shimadzu Resonance,
• MALDI-TOF-TOF Sciex 5600,
• nLC/µLC-Amazon-speed,
• nLC-Orbitrap Q-Exactive,

Chromatographie en phase gazeuse :

• Equipements utilisés pour la détermination de la composition, des liaisons et de la stéréochimie des monosaccharides,
• GC-MS Thermo Trace GC Ultra-TSQ Quantum,
• GC-MS Agilent 7820A-MSD,
• GC-FID Agilent 7820A,
• GC-FID Thermo Trace GC Ultra.

Chromatographie en phase liquide :

• Equipements utilisés pour la séparation, purification et analyse de taille des glycannes,
• 2 HPLC équipées de détecteurs UV et de fluorescence,
• Thermo Ultimate 3000 ICS-5000⁺ pour la chromatographie ionique.

Laboratoire :

• Linéaire de paillasse équipé de petits matériels classiques : pipettes automatiques, centrifugeuses, mélangeur, rampe de séchage à l’azote…
• 2 sorbonnes pour les dérivations préalables aux analyses de chromatographie gazeuse.

Comment soumettre un projet ?

Les projets peuvent être soumis sur le site de la plateforme ou envoyés par mail à l’adresse plateforme-pages@univ-lille.fr. Mise à disposition sur le site internet, une fiche projet peut vous aider à résumer les objectifs de votre demande. A réception de cette fiche, l’équipe de PAGés se réunira pour définir la faisabilité du projet et la stratégie analytique la plus adaptée pour répondre à votre besoin.

Dans la majorité des cas, la plateforme propose une solution intégrée multi-outils basée sur ses savoir-faire en glycobiologie analytique. Seuls les projets en relation avec les sucres sont acceptés. La plupart des travaux sont réalisés sous la forme de prestations, mais un format collaboratif peut être envisagé si le travail s’y prête.

Les travaux sont lancés après acceptation du devis émis par PAGés. Ils peuvent être réalisés par le personnel de la plateforme ou votre propre équipe si elle est formée aux techniques analytiques disponibles. Toute prestation réalisée par les membres de PAGés donne lieu à un rapport remis en fin de projet.

Exemple d'utilisation

Détermination de la N-glycosylation d’immunoglobulines G (IgG)

Le profil de glycosylation d’immunoglobulines G (IgG) a été établi au niveau glycannique et glycopeptidique. Les N-glycannes libérés de la glycoprotéine par la PNGase (peptide:N-glycosidase F) et perméthylés ont été analysés par spectrométrie de masse MALDI-TOF-MS et MS/MS afin d’établir la carte glycomique et définir la structure fine des N-glycannes.

La nature des glycannes associés à chaque site de glycosylation a pu être déterminée, après digestion protéolytique des glycoprotéines et analyse par chromatographie en phase liquide couplée à la spectrométrie de masse (LC-MS). L'analyse par spectrométrie de masse des produits de digestion enzymatiques des IgG a alors été réalisée à l'aide d’un Orbitrap Q-Exactive équipé d'une colonne C18 nano-LC. L’ensemble des peptides ont été détectés à l'aide d'un analyseur Orbitrap fonctionnant en mode MS/MS positif.

Les données brutes obtenues ont enfin été traitées avec le logiciel Byonic (Protein Metrics Inc) afin d'identifier spécifiquement les glycopeptides, en utilisant les données précédemment générées par l’analyse glycomique. La quantification relative des glycovariants a été effectuée avec le logiciel Skyline (MacCoss Lab Sofware). Une vérification manuelle a été opérée pour contrôler les éventuelles erreurs au niveau des scores les plus faibles obtenus pour la quantification relative.

Pour en savoir plus : Rudd P. et al. (2017). Glycomics and glycoproteomics. In: Varki A. et al. editors. Essentials of glycobiology. Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2015-2017.  

Contact

PAGés
UMS2014-US41-PLBS
Bâtiment C9
Cité Scientifique
Université de Lille
59655 Villeneuve d’Ascq
Région : Hauts-de-France+33 (0)3 20 33 63 47
plateforme-pages@univ-lille.fr
Site de la plateforme

 

THÉMATIQUES : Biologie structurale, biophysique

TUTELLES : CNRS

LABELLISATION IBiSA : 2014

RESPONSABLES SCIENTIFIQUES : Emmanuel Maes

RESPONSABLES TECHNIQUES : Nao Yamakawa

MOTS CLÉS : Glycosylation, Glycannes, Glycolipides, Glycoprotéines, Polysaccharides, Monosaccharides, Structure, Séquence, Purification, Spectrométrie de masse, RMN, Chromatographie en phase gazeuse

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