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PLATEFORME DE SEQUENCAGE DE L'I2BC
Responsable : Claude THERMES • Responsable Tech. : Erwin VAN DIJK
Adresse : Centre de Génétique Moléculaire CNRS
1 Avenue de la Terrasse
91198 Gif-sur-Yvette

complements

Certifications

  

Site web

http://www.cgm.cnrs-gif.fr/spip.php?arti...

Presentation de la plate-forme

La plateforme DE L'I2BC (Institut de Biologie Intégrative de la Cellule) est accessible à tous utilisateurs académiques et industriels.


Elle prend en charge l’intégralité de la prestation, de la préparation des librairies et du séquençage à l’analyse primaire des données.
• Elle propose à ses utilisateurs une large gamme de techniques pour la préparation de banques ADN et ARN et leur séquençage.
• Elle propose également des analyses bioinformatiques : cartographie, stockage des données et divers types d’analyses qui sont définis en accord avec les utilisateurs au début de chaque projet.
Dans certains cas, pour des projets plus complexes, une collaboration peut être mise en place.

Elle traite environ 150 projets/an :
* Séquençage de novo avec MinION (Oxford Nanopore Technologies)
* Séquençage de novo et re-séquençage avec Illumina : protocoles Paired-End et Mate-Pair
* Recherche de SNP, d’indels, de remaniements chromosomiques
* RNA-seq, small RNA-seq, transcrits différentiellement exprimés
* Identification d’extrémités 5’ d’ARNs
* ChIP-seq
* MeDIP-seq
* Mnase-seq
* Autres : 3C, Hi-C,Clip-Seq, SELEX

Moyens et equipements

Illumina NextSeq 500
Illumina MiSeq
MinION (Oxford Nanopore Technologies)
Robots : PerkinElmer NGS Express, Beckman Coulter SPRIworks
Sonicateur Covaris
Bioanalyzer, Qubit

Galerie

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