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CLinical Innovation Proteomic Platform
Responsable : Boireau W (resp.) Lucchi G (adjointe) • Responsable Tech. : A Rouleau C Truntzer
Adresse : Institut FEMTO ST
15 B avenue des Montboucons
25030 BESANCON

complements

Certifications


Plate-forme certifiée ISO 9001

Site web

http://www.clipproteomic.fr/

Presentation de la plate-forme

Activités analytiques par biopuces et biocapteurs
• Activités analytiques par spectrométrie de masse Production de biopuces à façon : Or, SiOx, TiO2, AsGa,
• Nanocaractérisation des surfaces et biointerfaces (microscopie à force atomique couplée à la fluorescence)
• Biofonctionnalisation: protéines, ADN, aptamères, nanobodies, anticorps, petites molécules, membranes lipidiques
• Micro/nanostructuration de surface
• Traitement enzymatique de surface (IMAG PREP) pour analyses biopuces
• Mesure d’interaction moléculaire temps réel : Surface Plasmon Resonance (SPR et SPRi)
• Utilisation des biopuces pour capture et analyse de cellules et particules biologiques en milieux complexes
• Qualification métrologique des objets capturés par microscopie à force atomique (AFM)
• Quantification après capture par MS et/ou AFM


Activités analytiques par spectrométrie de masse
• Identification et caractérisation de protéines
• Identification, caractérisation de cibles protéiques (analyses multiplexes) dans échantillons complexes (fluides biologiques, extraits cellulaires…)
• Identification de complexes protéiques et/ou de partenaires de protéines cibles
• Enrichissement de phosphoprotéines et/ou phosphopeptides
• Recherche de modifications : méthylation, ubiquitination, hydroxylation, oxydation, phosphorylation, etc... sur protéines recombinantes purifiées
• Qualification, caractérisation et quantification des différents lots de production de protéines
• Analyse protéine entière, mesure de masse exacte (ESI)
• Création de bases de données spécifiques pour de nouvelles protéines recombinantes


Analyse Clinique
• Création de bases de données spécifiques pour microorganismes
• Identification de microorganismes

Biostatistique
• Sélection de marqueurs d'intérêt: analyse statistique différentielle au niveau protéique et peptidique sur la base de données ESI–orbitrap, MALDI au travers d’un pipeline d’analyses allant du prétraitement au rendu d’une liste de protéines/peptides
• Quantification relative
• Analyses statistiques pour la sélection de marqueurs diagnostiques ou pronostiques dans le cadre de données de grande dimension diverses: transcriptome, génome
• Développement de méthodes statistiques permettant l’analyse combinée de données issues de différentes technologies (données cliniques, protéomique, génomique…)
• Détermination du plan expérimental en amont des analyses biologiques


Bioinformatique
• Interprétation biologique d'une liste de biomarqueurs d'intérêt: annotation, tests d'enrichissement

Moyens et equipements

CLIPP – FEMTO ST :
SPR, BIACORE 2000 (GE) – 2006
SPR, BIACORE 3000 (GE) – 2014
Nano SPOTTER ( Biorad) – 2008
ProteoLab (BC) – 2006
SPRi, Plex II (Horiba) – 2009
Microscopes AFM (Bruker) : Multimode Nanoscope III et Dimension D3100 – 2006
Microscope AFM-Fluo (JPK) : Nanowizard 3 Biosciences - 2015

CLIPP – ICMUB :
Spectromètre de masse MALDI-TOF, Autoflex
(Bruker) - 2011
Nano HPLC, U3000 (Dionex) - 2007
Nano HPLC, RSLC (ThermoScientific) - 2012
Nano HPLC, RSLC (ThermoScientific) - 2013
Spectromètre de masse ESI-MS–MS/MS, Orbitrap
Elite (ThermoScientific) – 2013
Source nanospray, TriVersa NanoMate (Advion) - 2013
Spectromètre de masse MALDI-TOF/TOF,
UltrafleXtrem, (Bruker) - 2009
SPRi, PLEXII (Horiba) - 2009
Robot de préparation d’échantillons, EVO200
(TECAN) – 2007
Robot de pulvérisation pour imagerie/puce,
ImagePrep (Bruker) – 2009
HPLC, Akta Purifier (GE) - 2009

Galerie

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