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PACA-BioInfo
Responsable : Jean-Michel Claverie • Responsable Tech. : Stéphane Audic
Adresse : Laboratoire Information Génomique et Structurale (IGS) CNRS - UPR2589 Parc Scientifique de Luminy 163 Avenue de Luminy
13288 Marseille

complements

Certifications

Pas de certification ISO

Site web

http://igs-server.cnrs-mrs.fr/

Presentation de la plate-forme

La plateforme PACA-BioInfo est adossée au laboratoire Information Génomique et Structurale(CNRS - UPR2589) sur le campus de Marseille-Luminy. Elle offre aux académiques et industriels les outils bioinformatiques et l’expertise nécessaires pour réaliser des analyses génomiques et post-génomiques à haut débit.

En particulier les domaines de compétence de la plateforme sont les suivant :
Séquencage, assemblage, annotation et interprétation de séquences (génomes, ESTs et métagénomes)
Alignement multiple
Génomique comparative, phylogénomie
Evolution moléculaire
Génomique structurale

De plus, PACA-BioInfo donne un accès public via internet à divers logiciels et bases de données développés en son sein. La plate-forme est responsable de développements méthodologiques de premier plan qui lui assure une visibilité internationale dans le domaine de l'alignement multiple de séquences (TCoffee & 3DCoffee), la phylogénomique (PhydBAC), analyse phylogénétique (phylogeny.fr) et la génomique structurale (CaspR et ElNemo). La plateforme tire une grande partie de son attractivité d'un temps de réponse très rapide, assuré par le recours le plus systématique possible au parallélisme distribué, dont elle a été un des pionniers en bioinformatique.

Moyens et equipements

1999 Gigablaster 1
- 24 noeuds de calcul pentium III 500Mhz – 13 Go disque – 256 Mo ram
+ Infrastructure (baie – Switch – réseau –console – disque réseau)

2002: Gigablaster 2
- 25 nœuds de calcul: Bi-processeur Xeon 2.8 Ghz / 2 x 73 Go/ 2 Go
+ Infrastructure (baie – Switch – réseau –console – disque réseau)

2007: Système de sauvegarde de données sur réseau Network Appliance FAS3020 d’une capacité de 14 To montés en RAID (8 To nets) couplé à un serveur de stockage sur bande Atempo + Lecteur Overland

Galerie

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