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GeT - Genome et Transcriptome
Responsable : Denis Milan • Responsable Tech. : Cécile Donnadieu (GeT-PlaGe) Jean-José Maoret (GeT-TQ) Marie Ange Teste (GeT-Biopuces) Yannick Lippi (GeT-TRIX)
Adresse : Centre INRA
BP52627
Auzeville
31326 Castanet-Tolosan
31326 Toulouse

complements

Certifications


Plate-forme certifiée ISO 9001

Site web

http://get.genotoul.fr/

Presentation de la plate-forme

La plateforme Genome et transcriptome (GeT), est une plateforme multisites présente sur 4 sites à Toulouse. Elle a pour mission de mettre à la disposition des équipes de recherche publiques et privées une expertise, des méthodologies et des outils pour le génotypage de marqueurs génétiques, le séquençage, les études de l'expression des gènes.

Rattachée à GénoToul, ses missions sont de proposer un service adapté à vos projets de:
1) Séquençage nouvelle génération (NGS) haut débit
2) Génotypage
3) Transcriptomique
4) Analyses bioinformatiques et statistiques de données biologiques

La plateforme se propose aussi de :
1) Conseiller, former et animer un réseau scientifique
2) Procurer aux utilisateurs les outils nécessaires, les plus performants
3) Répondre au mieux aux attentes des laboratoires publics et privés.

Expertise et Moyens Humains
La plateforme GeT compte aujourd’hui plus de 35 personnes, avec des compétences en biologie, bioinformatique, informatique et statistique. La gestion administrative et financière est assurée en interne . En fonction du site et de sa communauté de proximité, ses personnels sont experts dans différents domaines : Agronomie, Environnement, Ecologie, Microbiologie, Toxicologie, Santé.

Chaque responsable de site « ambassadeur » peut orienter les scientifiques de sa communauté vers les technologies les plus adaptées indépendamment de la localisation de l’équipement. En fonction du projet et du type de partenariat proposé à l’équipe de recherche, la plateforme peut réaliser un accompagnement plus approfondi sur l’analyse des données bioinformatiques et biostatistiques.

En plus de ces personnels dédiés, GeT accueille sur des périodes plus ou moins longues des personnels mis à disposition d’équipes de recherche ou de laboratoires pour la réalisation de leurs programmes.

Elle fait partie des plateformes stratégiques de l'INRA (CNOC : Commission Nationale des Outils Collectifs). Dans le cadre du Projet Investissement d’Avenir France-Génomique, elle fait partie des 9 plateformes (dont le Centre National de Séquençage et le Centre National de Génotypage) identifiées comme point d'appui national des équipes de recherche dans le domaine du séquençage nouvelle génération (NGS). Deux de ses sites fondateurs ont été labelisés IBiSA (Infrastructures en Biologie Santé et Agronomie) depuis 2008 et sont certifiés ISO9001-2008 et NFX50-900. Ils sont regroupés au sein d'un même label IBiSA renouvelé en 2016.

Sur la période récente, la plateforme s’est positionnée sur du matériel de pointe peu répandu, ce qui a élargi le périmètre des équipes venant travailler. Elle est aujourd’hui largement reconnue, elle accueille plus de 250 projets par an couvrant un très large panel de domaines : animal, végétal, santé et environnement. P

Pour les années à venir, GeT développe les deux axes scientifiques et technologiques suivants :
•Appui à la caractérisation du génome : structure fine et organisation fonctionnelle, connaissance de plus en plus poussée du génome, des gènes, de leurs régulations et de leurs interactions
•Appui à l’étude du polymorphisme

Ces axes stratégiques d’évolution nous ont amenés à souhaiter mettre en place une technologie à l'époque unique en France le PACBIO RSII de la société Pacific Biosciences. Depuis 2017, GeT propose aussi les technologies Oxford Nanopore à moyen débit sur GridION et haut débit sur PromethION.

Les Plateformes GeT et Bioinformatique (INRA, C. Gaspin & C. Klopp - http://bioinfo.genotoul.fr) ont un partenariat historique (depuis 2001), qui a été renforcé avec la mise en place du NGS dès 2008. La plateforme Bioinformatique fournit l’infrastructure matérielle et logicielle pour le stockage et la sauvegarde des données, ainsi que les compétences en administration système. Nous co-développons le portail NG6 (actif stratégique 71), qui permet de mettre à disposition des équipes de recherche les données NGS validées qualitativement au travers de pipelines d’analyse uniformisés (http://ng6.toulouse.inra.fr). L’analyse qualitative des données issues des différents séquenceurs (Illumina HISEQ et MISEQ, PacBio RSII) est assurée en routine par le personnel biologiste de GeT, lui permettant d'avoir une vision globale depuis le montage du projet jusqu'au rendu des résultats. L'infrastructure de la plateforme bioinformatique nous permet d'assurer sereinement l'intégration de nouvelles machines ou l'augmentation des débits constants.

Moyens et equipements

Matériels :
• Séquenceur PromethION d'Oxford Nanopore (2018)
• Séquenceur Illumina Novaseq6000 (2018)
• Séquenceur Gridion d'Oxford Nanopore (2017)
• Séquenceurs Illumina Hiseq 3000 (2016)
• Séquenceurs Illumina MISEQ (4 machines en 2011, 2014, 2016 & 2018)
• Chromium de 10X Genomics (2016)
• Séquenceur Minion d'Oxford Nanopore (3 appareils, 2016)
• Amplicons en nanovolume Acces Array (2014)
• Quantification ADN-ARN Fragment Analyser (2014), et Femto pulse (2017)
• 4*Robots pipetteur Tecan Genesis et Bravo Agilent (2009-2015)
• Single cell Fluidigm Module C1 - qPCR sur cellules uniques (2013)
• PyroMarq Q24 (2013)
• PCR et QPCR nano volume - Biomark de Fluidigm (2009)
• Séquenceur ABI3730 (2005)
• Station Affymetrix (2008)
• Multi NA – Shimadzu (2010)
Autres équipements: NGS S5, PGM, scanner, systèmes d’hybridation, Contrôle qualité des échantillons, Appareil de QPCR QuantStudio 6 et Via 7…

Anciens matériels :
• Séquenceur Illumina Hiseq 3000 (L'un des 2 Hiseq est remplacé en 2018 par un Novaseq)
• Séquenceur PacBio RS II (2015-2017)
• Séquenceur Hiseq 2500 1T (2014-15)
• Séquenceur Hiseq 2500 (2013)
• Séquenceur HiSeq 2000 (2010-12)
• Séquenceur 454 Roche GS FLX (2008-10)
• Séquenceur 16 capillaires ABI 3130 (2003-)

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