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PF Protéomique Structurale et Fonctionnelle
Responsable : Jean-Michel CAMADRO • Responsable Tech. : Thibaut LEGER
Adresse : Plateforme Protéomique Structurale et Fonctionnelle
Institut Jacques Monod
UMR7592 CNRS – Univ Paris Diderot
15 rue Hélène Brion
75205 Paris Cedex 13
75013 Paris

complements

Certifications


Plate-forme certifiée ISO 9001

Site web

https://www.ijm.fr/30/spectrometrie-de-m...

Presentation de la plate-forme

La plateforme travaille sans aucune distinction sur tous les systèmes biologiques.
Les prestations offertes sont les suivantes:

• Analyses protéomiques classiques (de type « Data Dependent Acquisition ») par des approches LC-MS/MS sur protéomes simples ou complexes
- Digestion protéolytique des protéines en gel ou en solution ; dessalage des peptides et analyses LC-MS/MS ; analyses bioinformatiques pour identification.
• Protéomique quantitative relative : SLIM-Labeling, Label-free, TMT, SILAC et dérivés
• Développement de méthodes d’analyse en « Data Independent Acquisition » pour l’identification et la quantification de protéomes complexes.
• Interactomique : caractérisation des complexes macromoléculaires (Co-IP, cross-linking)
• Analyse des modifications post-traductionnelles des protéines : phosphoprotéomique, ubiquitylation, sumoylation avec ou sans enrichissement préalable
• Protéomique Redox : analyse des modifications redox des thiols protéiques
• Analyse de protéines intactes (Top-down proteomics)
• Glycopeptidomique et analyse structurale et quantitative de glycans (aminoxy-TMT) : digestion des glycanes par Endo-H ou PNGase F, séparation des oligosaccharides par chromatographie d’interactions hydrophiles (HILIC)
• Caractérisation et validation de biomarqueurs
- Protéomique quantitative absolue : SRM ou PRM
• Mise en œuvre sur site des ressources logicielles appropriées pour les différents projets : Mascot, Sequest, Peaks (identification), Progenesis QI, MaxQuant (quantification label-free), Proteome discoverer (SILAC), Byonic (glycopeptidomics), Pinnacle (DIA), ProSight, TopPIC (Top-down proteomics)
• Conseil et formation : définition préalable aux analyses des conditions de préparation des échantillons, aide à l’interprétation des données, formation aux méthodes et outils de la protéomique.

Moyens et equipements

• Spectromètres de masse :
- Orbitrap Fusion ETD (Thermo, 2014)
- Orbitrap Q-Exactive Plus (Thermo, 2014)
- Orbitrap Q-Exactive Plus (Thermo, 2017) en remplacement d’un Orbitrap LTQ Velos ETD (Thermo, 2010)
- Maldi TOF/TOF 4800 + (AB Sciex, 2008)
• Systèmes chromatographiques
- Chaine nano-LC Dionex RSLC U3000 (2011)
- Chaine micro-LC Dionex U3000 (2008)
- Chaines nano-LC Proxeon 1000 (2012, 2014)
- Chaines nano-LC Proxeon 1200 (2016)
- Sources EasySpray
• Automates de préparation d’échantillons
- Robot pipeteur Hamilton Starlet (2008)
- SpotPicker Biorad (2008)
- Microcollecteur de fractions Probot Dionex (2009)
• Moyens de calcul
- Cluster de calcul Alineos 10 processeurs, 44 cœurs et NAS 2x96 To (2011)
- Licences logicielles commerciales
Proteome Discoverer
Mascot server
Progenesis QI
Peaks server
Sequest
Byonic (Glycoproteomics)
ProSight TPM (Top-down proteomics)
Pinnacle (Data Independent Acquisition analysis)
- Licences logicielles libres
TopPIC
MaxQuant
Skyline
OpenMS
RAId

Galerie

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