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Plateforme de Protéomique de Lille
Responsable : Caroline TOKARSKI • Responsable Tech. : Fabrice BRAY, Ingénieur d\\\'études CNRS
Adresse : Université de Lille 1, Sciences et Technologies
MSAP CNRS USR 3290, Bâtiment C4

59655 Villeneuve d'Ascq Cedex, France
59655 Villeneuve d'Ascq

complements

Certifications

Pas de certification ISO

Site web

http://msap.univ-lille1.fr

Presentation de la plate-forme

L'objectif de la plate-forme est de fournir des prestations en protéomique à l’« état de l’art » aux laboratoires universitaires de Lille, en biologie, médecine, agronomie, environnement et en patrimoine culturel et au start-up et entreprises de taille moyenne situées à proximité. La Plate-forme accueille également des projets universitaires nationaux et participe à des collaborations internationales grâce à la participation des principales équipes utilisateurs. Comme la protéomique est une approche intégrative, différentes techniques sont offertes par la Plate-forme:
1. Extraction des protéines, y compris l'extraction de protéines membranaires optimisées pour différents échantillons (organes humains ou animaux, sang, plantes, levure, protéines transformées dans les échantillons de l'alimentation et du patrimoine culturel).
2. Purification des protéines (gel 1D, gels 2D ou extra-gels), y compris l'enrichissement en glyco ou peptides phosphorylés ou protéines et protéines membranaires.
3. Digestion des échantillons hautement optimisée et reproductible basée sur un protocole eFASP optimisé (préparation améliorée d'échantillons assistée par filtre FASP).
3. La protéomique « bottom-up » basée sur la nanoESI à haute résolution, la nanoLC MS et la MS / MS sur une Orbitrap Q-Exactive+ couplée à une chaîne nanoLC à ultra haute pression.
5. LA fouille de données en utilisant en local les logiciels commerciaux (Peaks, Proteome Discover, MASCOT, Progenesis QI) ou les logiciels libres (suite MaxQuant, BlastP) sur deux serveurs de 96 cœurs (Linux et Windows) avec NAS 100 TeraByte. La plateforme a en particulier une grande expertise dans la protéomique d’espèces non séquencées.
6. La protéomique quantitative par spectrométrie de masse en utilisant des méthodologies label free (sans marquage), ou les technologies AQUA (Absolute Quantification) ou SILAC (Stable Isotope Labeling by Amino acids in Cell culture).
7. Des traitements et d'analyses dédiés à la glycomique (technique de fragmentation multi-énergies et fouille des données avec le logiciel Byonic de ProteinMetrics).
8. La protéomique middle-down et top-down principalement basée sur la spectrométrie de masse FT-ICR. Notre spectromètre FT-ICR MS esr équipé des dissociations ECD et IRMPD et couplé à une chaîne nanoLC.
9. Les analyses protéomiques de routine basées sur un instrument MALDI TOF / TOF en accès libre après formation, et réalisées par un ingénieur de la plate-forme sur une Orbitrap XL couplée à une chaîne nanoLC en mode nanoESI.

Moyens et equipements

Spectromètres de masse :
- MALDI-TOF Applied Biosystems Voyager DE-STR, 2000 ;
- MALDI TOF/TOF Applied Biosystems 4800+, 2009;
- NanoESI Orbitrap XL Thermo Fisher Scientific, couplé à une nanoLC: Dionex U3000, NanoESI (2008) ;
- Orbitrap Q-Exactive Bundle HCD Thermo Fisher Scientific, couplé à une nanoLC: Dionex RSLC, 2014.
- Nano-ESI-Qh-FT-ICR MS Apex Qe, 9.4 Tesla, couplé à une nano-LC: Dionex Ultimate 3000, 2006 (jouvence console en 2017);

Automates de préparation d’échantillons:
- Exciser, digester et spotter: Amersham BioSciences, 2002.
- Analyse de gels: Scanner de fluorescence (lasers vert, rouge et bleu): Typhoon 9400, Amersham BioSciences 2002

Système de chromatographie (hors couplage avec la spectrométrie de masse):
-Aktä purifier Amersham, 2002,
- LC-Packings Ultimate avec détecteur de fluorescence Picometrics Cy3, Cy5 (LIF dual detector), 2006.

Informatique:
- Serveur : Dell R920, 4 processeurs Xeon, 48 cores, 512 Gb RAM, Windows server (2015) ;
- Serveur Dell R930, 4 processeurs Xeon, 48 cores, 256 Gb RAM, Linux (2016);
- NAS 96 TeraByte (2016)

Logiciels commerciaux:
- serveur MASCOT 8 coeurs (identification des protéines) et suite de développement associée, MASCOT Distiller (protéomique quantitative),
- Progenesis QI (protéomique label free),
- Progenesis_SameSpot (gels 2D et DIGE),
- PEAKS,
- Proteome Discoverer,
- Bionycs,

Logiciels libres:
- BlastP,
- MaxQuant, Andromeda, Perseus.

Galerie

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