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Plateforme de Protéomique de Lille
Responsable : Caroline TOKARSKI • Responsable Tech. : Fabrice BRAY, Ingénieur d'études CNRS
Adresse : Université de Lille 1, Sciences et Technologies
MSAP CNRS USR 3290, Bâtiment C4

59655 Villeneuve d'Ascq Cedex, France
59655 Villeneuve d'Ascq

complements

Certifications

Pas de certification ISO

Site web

http://msap.univ-lille1.fr

Presentation de la plate-forme

La plateforme Protéomique de Lille réalise de nombreux développements et propose une offre de services dans différents domaines de la préparation d’échantillons (séparation en gel/ hors gel), la protéomique quantitative (non ciblée avec ou sans marquage, ciblée et absolue), L’Imagerie par Spectrométrie de masse (métabolites, lipides, peptides, protéines) associée à des analyses microprotéomiques localisées ainsi que la caractérisation fines des protéines (analyse Top-Down, modifications post-traductionnelle, masse moléculaire exacte.)
Les prestations proposées sont :
1. La préparation d’échantillons biologiques et cliniques (extraction, fractionnement…)
2. Digestion des protéines en gel, en solution ou sur filtre
3. Séparation des protéines (gel 1D, 2D, GelFree, 2D-DIGE…)
4. Méthodes de préparation et d’enrichissement pour les protéines glycosylées ou phosphorylées
5. Identification des protéines par spectrométrie de masse (masse exacte, couplage nanoLC-HRMS)
6. Séquençage de novo (Middle-down, Top-down avec activation ETD, ECD, IRMPD), recherche de modifications post-traductionnelles, mobilité ionique
7. Quantification sans marquage (label-free MS1 ou MS2, DIA) ou marquée (iTRAQ, SILAC, AQUA)
8. Analyse ciblée (SRM, MRM, PRM)
9. Imagerie par spectrométrie de masse petites molécules et protéines à partir de tissus congelés ou fixés et enrobés en paraffine (FFPE)
10. Extraction localisée par microjonction Liquide (LESA) pour l’analyse de petites molécules ou des analyses microprotéomique localisées
11. Fouille de données par protéomique intégrative.

Moyens et equipements

Top-Omics & High Mass:
MS & chromatography : MALDI-TOF Applied Biosystems Voyager DE-STR, 2000 ; Nano-ESI-Q-q-TOF Applied Q-STAR-Pulsar, couplé à une nano-LC: LC-Packings Ultimate, 2001 ; Nano-ESI-Qh-FT-ICR MS Apex Qe, 9.4 Tesla, couplé à une nano-LC: Dionex Ultimate 3000, 2006 ; MALDI TOF/TOF Applied Biosystems 4800+, 2009; NanoESI Orbitrap XL Thermo Fisher Scientific, couplé à une nanoLC: Dionex U3000, NanoESI (2008) ; Orbitrap Q-Exactive Bundle HCD Thermo Fisher Scientific, couplé à une nanoLC: Dionex RSLC, 2014.
Automates de préparation d’échantillons: Exciser, digester et spotter: Amersham BioSciences, 2002. nalyse de gels: Scanner de fluorescence (lasers vert, rouge et bleu): Typhoon 9400, Amersham BioSciences 2002
Système de chromatographie (hors couplage avec la spectrométrie de masse): Aktä purifier Amersham, 2002, LC-Packings Ultimate avec détecteur de fluorescence Picometrics Cy3, Cy5 (LIF dual detector), 2006.
Serveur : Dell R920, 4 processeurs Xeon, 48 cores, 512 Gb RAM, Windows server (2015) ; Dell R930, 4 processeurs Xeon, 48 cores, 256 Gb RAM, Linux (2016); NAS 96 TeraByte (2016)
Logiciels : serveur MASCOT (identification des protéines) et suite de développement associée, MASCOT Distiller (protéomique quantitative), Progenesis_LC (protéomique label free), Progenesis_SameSpot (gels 2D et DIGE), PEAKS, Proteome Discoverer, Maxquant and Perseus.

Clic-imaging :
MS : MALDI-TOF/TOF Ultraflex II (2006, Bruker Daltonics), MALDI-TOF AutoFlex Speed (2015, Bruker Daltonics), LTQ-Orbitrap XL with MALDI or ESI source, (2011, Thermo Scientific), ESI-Ion trap HCT Ultra with ETD (2010, Bruker Daltonics), ESI Q-orbitrap Q-Exactive (2014, Thermo Scientific), ESI- Q-TOF with Ion mobility and ETD SYNAPT G2S (2014, Waters)
Chromatography: Nano-LC EASY-nLC II (2013, Thermo Scientific), Nano-UHPLC EASY-nLC 1000 (2014, Thermo Scientific), Nano-UPLC ACQUITY (2015, Waters), CZE ProteoLab PA 800 (2011, Beckmann Coulter), HPLC Serie 200 (2003, Perkin Elmer)
Sample preparation: Solvent Microsprayer Imageprep (2009, Bruker Daltonics), Chemical Inkjet Printer CHIP1000 microspotter (2010, Shimadzu), Triversa Nanomate with LESA option (2012, Advion), Automated Fraction Collector Probot (2015, Dionex), Gel Processing Platefrom Xcise (2015, Shimadzu)
Bioinformatics: Data server DELL PowerEdge T430 RAID6 32To (2015, Dell), Proteome Destroyer with 64 Gb quad channel DDR3 RAM and 12 core processor (2014, OmicsComputing), Calculator Station with GPU Nvidia Tesla K20c (2015, Lenovo)
Proteome Discoverer 2.1 (2016, Thermo Scientific), Scaffold 4.6 and perSPECtives (2014, Proteome Software), Progenesis QI and Progenesis QI for Proteomics (2014, Nonlinear Dynamics), FlexImaging 4 (2015, Bruker Daltonics), SCiLS Lab (2014, SCils), Maxquant and Perseus

Galerie

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