Accueil Site » Retour liste annuaire » plateforme : IMGT®

IMGT®
Responsable : Marie-Paule Lefranc • Responsable Tech. : Patrice Duroux (100%) IR CNRS, Véronique Giudicelli (100%) IR Université de Montpellier, Sofia Kossida (50%) Professeur Université de Montpellier, responsable équipe IMGT (IGH).
Adresse : IMGT® , the international ImMunoGeneTics information system® , Laboratoire d'ImmunoGénétique Moléculaire, Institut de Génétique Humaine, UPR CNRS 1142, 141 rue de la Cardonille, cedex 5
34396 Montpellier

complements

Certifications

  

Site web

http://www.imgt.org

Presentation de la plate-forme

IMGT® est la référence internationale en immunogénétique et immunoinformatique. IMGT® est une marque déposée du CNRS (Union Européenne, Canada et Etats-Unis). IMGT® est membre institutionnel académique de l'International Medical Informatics Association (IMIA) depuis 2006. IMGT® est spécialisé dans les séquences, structures et données génétiques des immunoglobulines (IG), des récepteurs T (TR), des protéines majeures d'histocompatibilité (MH) des vertébrés, des protéines apparentées du système immunitaire (RPI, pour Related Proteins of the Immune system) des superfamilles IgSF et MhSF des vertébrés et invertébrés, des protéines de fusion pour applications immunologiques (FPIA, pour fusion proteins for immune applications)et des protéines composites pour applications cliniques (CPCA, pour composite proteins for clinical applications). IMGT® est composé de sept bases de données (séquences, gènes et structures tridimensionnelles (3D)), de dix-sept outils interactifs et plus de 15.000 pages de ressources Web .

IMGT® est reconnu internationalement pour la richesse et la qualité de ses données scientifiques et son interface conviviale. Le nombre d’équipes utilisatrices d’IMGT® est supérieur à 80.000. Ces équipes académiques et industrielles appartiennent à des domaines d’activité de recherche professionnelle variés et sont réparties dans le monde entier, à parts égales entre les Etats-Unis et Canada, l'Europe et le reste du monde. Ceci représente plus de 200.000 requêtes par mois et un nombre de sessions de travail sans cesse croissant (280.000 en 2014).
IMGT® est utilisé par des chercheurs d’équipes académiques et industrielles dans de multiples domaines de recherche: (1) recherche fondamentale, (2) recherche médicale (analyse des répertoires des anticorps et des sites de reconnaissance des récepteurs T dans les réponses immunitaires normales (infections, cancers), les réponses anormales (maladies autoimmunes, immunodéficiences) et dans les syndromes prolifératifs (leucémies, lymphomes, myélomes)), (3) recherche vétérinaire (étude des répertoires des IG et TR dans les espèces domestiques et sauvages), (4) recherche génomique (étude de la diversité et de l'évolution des gènes de la réponse immunitaire adaptative), (5) recherche en biologie structurale (évolution des domaines des protéines des superfamilles IgSF et MhcSF des vertébrés et invertébrés), (6) biotechnologies relatives aux projets de l’Human Proteome Organisation (HUPO) et à l’ingénierie des anticorps (single chain Fragment variable scFv, Fab, banques combinatoires, phage display, anticorps chimériques, humanisés et humains), (7) recherche pour le diagnostic, le pronostic et le suivi thérapeutique des leucémies, lymphomes et myélomes (identification du ou des clone(s) malin(s) et évaluation de la maladie résiduelle), (8) approches thérapeutiques (greffes, immunothérapie, vaccinologie).

1. Les bases de données IMGT®

IMGT® comprend sept bases de données:
1.1. IMGT/LIGM-DB est la base de données internationale pour les séquences nucléotidiques d’IG et TR de l’homme et des autres espèces de vertébrés avec traduction des séquences entièrement annotées.
1.2. IMGT/PRIMER-DB.
1.3. IMGT/GENE-DB. Des liens réciproques existent entre IMGT/GENE-DB et la base de données 'Gene' au NCBI (ceci est le seul exemple de liens directs effectués par Gene au NCBI sur une base de données externe).
1.4. IMGT/3Dstructure-DB.
1.5. IMGT/2Dstructure-DB.
1.6. IMGT/CLL-DB, la base de données IMGT® des séquences IG de patients atteints de leucémie lymphoïde chronique, créée en 2007.
1.7. IMGT/mAb-DB, la base de données IMGT® des anticorps monoclonaux à visée thérapeutique, créée en 2009.

2. Les outils en ligne IMGT®

IMGT® comprend dix-sept outils interactifs en ligne pour l'analyse:
- des séquences:
IMGT/V-QUEST, l'outil le plus utilisé d'IMGT®, intègre
IMGT/JunctionAnalysis.
IMGT/HighV-QUEST, pour les séquences IG et TR issues du NGS.
IMGT/Allele-Align permet la comparaison de deux allèles.
IMGT/PhyloGene calcule et représente les arbres phylogénétiques des séquences nucléotidiques d'IG et de TR.
- des gènes:
IMGT/GeneView, IMGT/GeneSearch, IMGT/LocusView et IMGT/CloneSearch, IMGT/GeneInfo, IMGT/GeneFrequency, IMGT/LIGMotif.
- des domaines protéiques:
IMGT/DomainDisplay affiche les domaines protéiques selon la numérotation unique IMGT.
IMGT/Domain GapAlign permet de créer les « gaps » selon la numérotation unique IMGT.
IMGT/Collier-de-Perles fournit la représentation standardisée « IMGT Colliers de Perles » des domaines.
- des données structurales:
IMGT/StructuralQuery permet de faire des requêtes basées sur une description structurale. IMGT/DomainSuperimpose superpose deux structures 3D de domaines.

3. Les ressources Web IMGT®

Les ressources Web IMGT® comprennent plus de 15.000 pages, organisées en plusieurs sections:
2.1. IMGT Scientific chart fournit le vocabulaire contrôlé et les règles d'annotation basés sur IMGT-ONTOLOGY.
2.2. IMGT Repertoire fournit une interface conviviale aux données soigneusement expertisées qui concernent le génome, le protéome, le polymorphisme et la structure des IG et TR de l'homme et des autres vertébrés.
2.3. IMGT Index, IMGT Education, IMGT Aide-mémoire, IMGT Bloc-notes.
2.4. IMGT Immunoinformatics page.
2.5. IMGT Medical page fournit aux cliniciens les informations d’IMGT® sur les bases, outils et données d'intérêt médical.
2.6. IMGT Veterinary page fournit aux vétérinaires les informations d’IMGT® sur les génomes, séquences et structures 3D des IG et TR des espèces animales.
2.7. IMGT Biotechnology page fournit un ensemble d’informations sur l’ingénierie des anticorps (phage display), les anticorps de camélidés, l’humanisation des anticorps monoclonaux thérapeutiques.

4. Accès.

L’accès à IMGT® est libre, gratuit pour les académiques, sous licences et contrats avec le CNRS pour les industriels.

4.1. Site Web (http://www.imgt.org).
4.2. Distribution des données d'IMGT/LIGM-DB sur les serveurs IMGT (http://www.imgt.org/download/LIGM-DB) et par FTP sur les serveurs de l'EBI (ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/imgt/LIGM-DB).
4.3. Distribution des données d'IMGT/GENE-DB sur les serveurs IMGT (http://www.imgt.org/download/GENE-DB/).
4.4. Distribution des données d'IMGT/3Dstructure-DB sur les serveurs IMGT(http://www.imgt.org/download/3Dstructure-DB/).
4.5. Accès aux données d’IMGT/LIGM-DB
- par SRS sur le serveur du Deutsche Krebsforschungszentrum (DKFZ) Heidelberg, Allemagne,
- par ARSA au DNA Data Bank of Japan (DDBJ).
4.6. Accès aux données par DAS et Dbfetch à l’EBI et LinkOut au NCBI.
4.7. Comparaison de séquences par rapport aux séquences de références d'IMGT/GENE-DB, d'IMGT/DomainDisplay, d'IMGT/3Dstructure-DB et des séquences de domaines par BLAST sur le serveur IMGT (IMGT/BlastSearch Query page).
4.8. Comparaison de séquences par BLAST et FASTA, par rapport à celles de IMGT/LIGM-DB, sur les serveurs de l’EBI et de l'Institut Pasteur.
4.9. Références croisées avec HGNC, NCBI Gene, Vega, UniProt, Sequence Ontology.
4.10. Aides spécifiques et conseils aux utilisateurs et API.

Moyens et equipements

1. Equipement
- 1 serveur DELL/PE7250 (kappa) 2 processeurs 2 cœurs 4Go RAM, portail HTTP (IMGT, localisation IGH) 2004
- 1 serveur DELL/PE6850 (lambda) 2 processeurs 4 cœurs 8Go RAM, bases de données (IMGT, localisation IGH) 2006
- 1 serveur DELL/PE6850 (gamma) 4 processeurs 16 cœurs 32Go RAM, calcul (IMGT, localisation IGH) 2007
- 5 serveurs DELL/R200 (lef-beta1 à lef-beta5) 1 processeur 2 cœurs 4Go RAM, portail WebApp (IMGT, localisation IGH) 2009
- 1 serveur DELL/R710 (kappa2) 2 processeurs 12 cœurs 32Go RAM, utilisateurs (IMGT, localisation IGH) 2010
- 1 serveur DELL/R510 (delta) 1 processeurs 6 cœurs 1Go RAM, partage de fichiers (IMGT, localisation IGH) 2011
- 1 serveur DELL (pythie), bases de données (CINES) 2006
- 1 cluster IBM (yoda) 6.6 Tflop/s, 256 cœurs, calcul (CINES) 2012
- 1 cluster SGI ALTIX ICE (jade) 267 Tflop/s 23040 cœurs, calcul (CINES) 2011.
2. Attribution d’heures de calcul sur les moyens nationaux
En réponse aux appels à projets du GENCI (Grand Equipement National de Calcul Intensif), les heures de calcul suivantes ont été attribuées à IMGT® sur le Centre de Calcul du CINES:
2009 : 60.000h (IBM)
2010 : 50.000h (IBM)
2011 : 80.000h (IBM) et 80.000h (SGI)
2012 : 50.000h (IBM) et 100.000h (SGI)
2013 : 45.000h (IBM) et 320.000h (SGI)
2014 : 70.000h (IBM) et 224.000h (SGI)

Galerie

Aucun visuels disponibles.