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Biologie et Génomique Structurales
Responsable : Dino Moras • Responsable Tech. : Catherine Birck
Adresse : IGBMC
1, rue Laurent Fries
67404 Illkirch

complements

Certifications

Pas de certification ISO

Site web

http://lbgs.u-strasbg.fr/sbgp/

Presentation de la plate-forme

La Plate-forme de Biologie et de Génomique Structurale offre les ressources récentes et innovantes de la biologie structurale depuis le niveau atomique jusqu'à l'échelle de la cellule de façon à élucider les relations structure-fonction des architectures biologiques complexes.

Les spécificités de la Plate-forme de Biologie et de Génomique Structurales peuvent être résumées comme suit :
- Etudes stucturales des protéines eucaryotes et principalement humaines seules ou en complexes et étroitement liées à la santé avec une spécificité au niveau du cancer, des biotechnologies et du développement thérapeutique.
- Intégration des outils de le biologie structurale pour l'étude des grands complexes cellulaires du niveau atomique jusqu'au contexte cellulaire.
- Mise en place de procédure haut débit depuis le clonage des cibles d'intérêt jusqu'à la résolution de structures tri-dimensionnelles dans le contexte post-génomique.

La Plate-forme propose des ressources et des services basés sur un savoir faire reconnu en utilisant une approche haut débit et un parc d'équipements modernes.

Les prestations proposées sont les suivantes :
- Un accès direct à des outils informatiques développés sur la plate-forme Bio-informatique RNG pour l'identification et la définition de domaines des cibles d'intérêt ainsi que pour l'intégration de toutes les étapes dans le processus de détermination de structure (design des oligonucléotides pour les PCR, interfaces web pour la saisie de données, interfaces pour l'utilisation des robots).
- Clonage par recombinaison à haut débit basée sur la technologie Gateway
- Criblage des conditions d'expression et de co-expression dans la bactérie Escherichia coli (haut débit) et dans les cellules d'insecte,
- Production à grande échelle grâce à un fermenteur de 100 litres et optimisation des conditions de culture grâce à un multi-fermenteur (6 x 0.5 litre),
- Purification de protéines en parallèle basée sur des supports chromatographiques,
- Caractérisation biophysique des protéines en utilisant divers outils comme la spectrométrie de masse (haut débit) en relation avec la plate-forme protéomique RNG, la diffusion dynamique de la lumière, le thermal-shift (haut débit), l'ultra-centrifugation analytique, la RMN 1D, la diffusion de neutrons ou de rayons-X. Un accès à d'autres outils comme le BIAcore, la micro-calorimétrie ou le dichroïsme circulaire est possible.
- Cristallisation de protéines (haut débit) et observation des essais de cristallisation,
- Détermination de structure par diffraction des rayons-X et des neutrons, RMN et cryo microscopie électronique (incluant la tomographie),
- Modélisation pour les analyses in silico des relations structure-fonction.

Moyens et equipements

La Plate-forme a mis en place un parc d'équipements modernes pour mettre en oeuvre ses spécificités :
- Clonage et mini-expression : les étapes ont été automatisées le plus possible travaillant au format microplaque. Les achats concernent un robot pipetteur Tecan (2003), ainsi que l'ensemble des équipements nécessaire pour travailler en format microplaque (incubateurs, centrifugeuse, sonicateur).
- Production : fermenteur de 100 litres (2001) couplé à une centrifugeuse à flux continu (2000) ainsi qu'un environnement en incubateur, multi-fermenteur et broyeur de cellules permettant d'optimiser les paramètres de culture des bactéries pour l'expression de protéines recombinantes de 100mL en fioles à 100 L en fermenteur. Par ailleurs, un système de purification Aktä Xpress a récent été acquis permettant de mener en parallèle les purifications par techniques chromatographiques.
- Cristallisation : robot pipetteur Tecan pour la préparation des cribles de cristallisation (2002), robot de pipettage Tecan avec une tête 96 pour la distribution des cribles de cristallisation dans les plaques de cristallisation (2001), et un robot Cartesian de pipettage en petit volume (100 nanolitres) pour réaliser les essais de cristallisation (2007).
- Caractérisation biophysique : RMN (sondes 500MHz - 1990, et sonde 600 MHz - 1996), ainsi que l'ultracentrifugeuse analytique (1999).
- Rayons X : Générateur de rayons X Rigaku (2006) couplé à un système FMS de contrôle d'humidité.
- Microscopie électronique : Microscopes FEG200 (2003) et FEG300 (2007) couplé à un cryo-ultramicrotome et à un système de congélation à haute pression.

Galerie

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