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IMAG'IC
Responsable : Florence Niedergang • Responsable Tech. : Pierre Bourdoncle
Adresse : Institut Cochin
22, rue Méchain
75014 Paris

Presentation de la plate-forme

- Assistance sur tous types de microscopes ainsi que sur le traitement d'images

- Formation pour l'autonomie sur tous types de microscopes ainsi que sur le traitement d'images.
Formations individuelles ou par groupe pour les logiciels ImageJ et Imaris

-Service de sauvegarde et d’archivage d’images : Cochin Image Database
https://imagerie.cochin.inserm.fr/

- Restauration d'images par déconvolution 3D en ligne (serveur) sur l'ensemble des microscopes. PSFs théoriques ou expérimentales

- Traitement et analyse d'images 3D+t : ImageJ, Imaris, MetaMorph, Matlab, Huygens
Création de macros à la demande, traitement par lot.

- Applications : FLIM, FRET-FLIM, TIRF, FRET, FRAP, Calcium (Fura-2 ou Fluo), Lame Virtuelle, Photo-activation PA-FP, photo-conversion PS-FP, photo-dommage, FISH, PALM, dSTORM, STED
Suivi cellulaire 24 - 48h

- Interactions hôte-pathogènes : microscopie à « spinning disk » dans laboratoire de confinement L3 avec accueil des équipes extérieures.

-Études sur tissus humain et pathogènes de classe 2: microscopie à « spinning disk » dans laboratoire de confinement L2 avec accueil des équipes extérieures.

-Coupe épaisse de tissu : Humain en L2 ou murin / fixées / perfusées / techniques FRET Calcium

-Clarification d'organes

-Microscopie super-résolution : accompagnement de la préparation d’échantillon à la reconstruction et à la quantification des images super-résolues. dSTORM 3D multi-couleurs, PALM, sptPALM, STED.

-ImageStreamX : imageur en flux pour cellules en suspension

- Microscopie in situ : deux multi-photons avec scanner résonant 20 images/s ou conventionel, détection spectrale, système d'anesthésie (murin), milieu perfusé O2 pour coupes épaisses, SHG, THG, lame virtuelle

- Plate-Forme certifiée ISO 9001 délivré par l'ARFNOR depuis 2012

Moyens et equipements

- Microscopie super résolution
GSD 3D PALM dSTORM multi-couleurs 2015
SP8X STED 3D 2020

- Imagerie en flux
ImageStreamX MKII 2013

- 3 Microscopes confocaux
Microscope spinning disk live IXplore grand champ 2019
Microscope spinning disk live lame virtuelle 2010
Microscope spinning disk live lame virtuelle confinement L3 2011
Microscope spinning disk live lame virtuelle confinement L2 2016

- 2 Microscopie in situ
Microscope multi-photons Leica SP8 DIVE Falcon 2020
Microscope multi-photons Leica SP5 2006
plaque chauffante et système d'anesthésie Isoflurane (murin)
milieu perfusé O2 pour coupes épaisses
laser IR femto seconde + OPO : excitation multi-photon enter 690 et 1600nm
SHG (collagène I et IV, fibrogénèse, µtubules, sarcomères, os)

-Microscopie plein champ
Macroscopie fluorescence et colorants Nikon AZ100 motorisé 2010
Microscope TIRF FRAP FRET, TILL Photonics iMIC système double caméra EMCCD pour FRET 2009
3 Microscopes à champs larges épi-illumination pour échantillons vivants, lame virtuelle, déconvolution 3D 2003-2011
3 Microscopes à champs larges épi-illumination pour échantillons fixés, déconvolution 3D 2007-2013
loupe binoculaire pour fluorescence et colorants

- Analyses et traitements d'images
2 stations d'analyse et de traitement d'images (ImageJ MetaMorph Imaris Matlab Huygens)
1 station dédiée à la restauration d'images par déconvolution 3D (Huygens)

- Imprimante 3D : photopolymérisation

Galerie