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POPS-Plateforme de TranscripOmique de l'iPS2
Responsable : Ludivine Soubigou-Taconnat • Responsable Tech. : Ludivine Soubigou-Taconnat
Adresse : Plateforme Transcriptomique - POPS
Institut des Sciences des Plantes de Paris Saclay (IPS2)
UMR Univ. Paris Sud - INRA 1403 - CNRS 9213
Uni. Paris Diderot - Univ. Evry Val d'Essonne
Bat 630 - Rue Noetzlin
91405 - Orsay (adresse postale)
91190 Gif sur Yvette (Adresse GPS, livraison)

complements

Certifications


Plate-forme certifiée ISO 9001

Site web

http://www.ips2.u-psud.fr/spip.php?artic...

Presentation de la plate-forme

Nos prestations prennent la forme d’une collaboration scientifique avec les laboratoires demandeurs: élaboration du plan d’expérience, traitement des ARNs , construction de banques RNA-seq ou amplifications, marquages, hybridations puis analyses statistiques, mise en forme des résultats, et soumission dans les bases de données : CATdb et GEO (NCBI). Des méthodes d’analyses statistiques ont été spécifiquement développées pour nos microarrays et pour le RNA-seq en collaboration avec l'équipe "Réseaux génomiques" de l'IPS2. L’ensemble de la procédure est réalisée par le personnel de la plateforme, toutefois quand les projets dépassent les capacités en personnel de la plateforme, nous demandons un complément, soit sous forme de mise à disposition de personnels des laboratoires partenaires, soit sous forme de CDD au travers des contrats de recherche (ANR, EU etc…).
Nous fournissons l’ensemble des résultats bruts et analysés mais également des présentations «directement accessibles» pour les partenaires biologistes sous forme de fichiers tableurs. Les tarifs (consommables uniquement) ainsi que les conditions de collaboration sont accessibles via le site web de la plateforme : http://www.ips2.u-psud.fr/spip.php?article57&lang=fr. Actuellement, 2 technologies sont proposées: RNA-seq sur Illumina (actuellement sur HiSeq2000 et NextSeq500 + Hiseq4000 en 2016) et d'hybridations de puces : AGILENT (CATMAv7 pour Arabidopsis thaliana + custom pour les plantes cultivées) .

Moyens et equipements

-Accès aux séquenceurs Illumina Hiseq2000 de l'IG-CNS (depuis 2010)
-Séquenceur : NextSeq500 Illumina
-Robot de pipetage : Biomek FX Beckman
-Scanner : Innopsys Innoscan 900-1µ Innopsys
-Appareil Q-PCR : CFX384 BioRad
-Bioanalyzer Agilent x 2
-TapeStation Agilent
-Nano-spectrophotometer : BMG LabtechNanodrop
-Fluorimeter : BMG Labtech FluorstarGalaxy
-Ultrasonicateur : Covaris M220

Galerie