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PF Proteomique Paris Descartes (3P5)
Responsable : Patrick Mayeux • Responsable Tech. : P Chafey, C Guerrera, F Guillonneau
Adresse : Plateforme Protéomique Paris Descartes 3P5,
Site 3p5-Cochin: Institut Cochin, 22 rue Méchain
Site 3P5-Necker : SFR Necker, 14 Rue Maria Helena Vieira Da Silva
75014 Paris

Presentation de la plate-forme

• Conseils et développement en purification et micro-analyse des protéines par nano LC-MS/MS
• Digestion de protéines en solution, sur filtre, ou contenues dans des gels d’acrylamide
• Analyses protéomiques quantitatives globales par électrophorèse 2D (méthode DIGE), par marquage isotopique (ITRAQ, SILAC, dimethylation) ou sans marquage (« label-free »),
• Mesure de la néosynthèse et de la stabilité des protéines par marquage SILAC dynamique
• Analyses quantitatives ciblées (MRM, PRM)
• Analyses de secrétômes et nanovésicules,
• Recherche de partenaires de molécules appât (analyses différentielle d'interactomes ou AP-MS)
• Recherche de modifications post traductionnelles : acétylations, phosphorylations, ponts disulfures, etc dans des analyses globales ou ciblées sur une protéine.
• Analyse d'expression de protéines et de modifications post traductionnelles sur des protéines ciblées par microimmunodétection (système NanoPro)
Dans la très grande majorité des cas, la plateforme prend en charge la totalité de l’analyse à partir du matériel biologique fourni par les équipes demandeuses depuis la préparation des échantillons jusqu’à la mise en forme des résultats.

Moyens et equipements

Spectromètres de masse:
1 "Orbitrap Velos" avec ETD couplé à une chaîne de nano-chromatographie U3000 RSLC (2010)
2 "Q-Exactive +" couplés à leur chaîne de nano-chromatographie U3000 RSLC (2014 et 2015),
1 "Orbitrap Fusion" couplé à une chaîne de nano-chromatographie U3000 RSLC (2015)
1 triple quadripôle : TQS Xevo (partagé avec l’hôpital Necker) (2012)
2 MALDI-TOF-TOF 4800 (2007) et Ultraflex III (2009)

Sources d'ion "améliorées":
2 sources nanoESI Triversa nanomate Advion (2013)

Chromatographie "off-line":
2 chaînes de nano-chromatographie Dionex U3000 avec collecteurs de fractions Probot.
1 chaine de chromatographie Akta micro (GE Healthcare)

Analyse et caractérisation de protéines:
1 appareil de mesure "Octet BioLayer Interferometry"
1 appareil d'immunoanalyse des protéines en système microfluidique NanoPro 1000 (Cell BioSciences)

Automates:
Un robot collecteur de protéines en gels 2D (spotpicker)
Un robot TECAN pour digestion et spotting
Un robot Perkin Elmer pour digestion et spotting

Informatique:
1 serveur 8 CPU pour MASCOT 2.5 de Matrix Sciences et MyPROMS
1 serveur 2 CPU pour archivage
1 scanner de fluorescence de type Typhoon (GE Healthcare)
Logiciels de traitement de données soumis à licences:
Trois licences de Decyder (GE Healthcare)
1 Matrixscience Mascot distiller + quantitation toolbox
1 licence perpetuelle Absciex Protein pilot 4
1 ABsciex GPSexplorer
1 Thermo Proteome Discoverer 1.4
1 Thermo Sieve
1 Thermo Pinpoint 3.0
1 Nonlinear dynamics Progenesis LC-MS 3
1 licence Ingenuity
1 licence Pathway studio
Logiciels libres
4 postes MaxQuant/ Perseus

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