GenoSol-CRB

Conservation de ressources génétiques de sols pour les études portant sur leur diversité, la fonction des microorganismes et l’impact des activités humaines.

Site du CRB

GenoSol-CRB

Conservation de ressources génétiques de sols pour les études portant sur leur diversité, la fonction des microorganismes et l’impact des activités humaines.

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GenoSol-CRB

Le conservatoire GenoSol-CRB est une composante de l’infrastructure scientifique collective INRAE GenoSol. Il a été construit d’une part pour caractériser la diversité taxonomique et fonctionnelle des microorganismes du sol et d’autre part, pour mettre en place un conservatoire patrimonial de campagnes d'échantillonnage systématique ou de sites expérimentaux agronomiques.

Les méthodes de conservation pratiquées par le CRB garantissent la stabilité de l’ADN des microorganismes présents dans les sols. Les méthodes de métabarcoding et shotgun (Illumina) ou de séquençage single molecule (PacBio) peuvent être appliquées à l’ADN extrait des échantillons conservés. Le CRB est détenteur d’un agrément de quarantaine pour la réception, la conservation et l’extraction d’ADN de matrices environnementales en provenance de pays en dehors de l’Union européenne. Il réalise également une surveillance métrologique des échantillons stockés.

Engagé dans les démarches de respect des réglementations APA et Nagoya, le CRB a entrepris l’évaluation de la conformité de ses ressources et espère, dans un avenir proche, pouvoir inscrire la majorité de son matériel au registre européen des collections. La mise en place d’une ontologie sémantique sur les métadonnées des sols conservés devrait par ailleurs permettre une meilleure accessibilité des ressources pour les scientifiques.

Expertises et services

Conservation et distribution d’échantillons de sols lyophilisés à -40°C,
Conservation d'échantillons de sols à -80°C pour l’extraction d'ARN pour des projets spécifiques sans conservation longue durée,
Échantillonnage, préparation d’aliquots et lyophilisation d’échantillons,
Mise à disposition de matériel de terrain pour le prélèvement d’échantillons,
Mise à disposition de laboratoires et de matériel pour la préparation d’échantillons,
Accueil et accompagnement d’équipe extérieures,
Stockage d’échantillons secs pour analyses physicochimiques.

Composition des collections

Ressources génétiques de sols :

18 000 échantillons de sols tamisés entre 2 et 4 mm, lyophilisés et conservés à - 40°C,
500 échantillons de sols mis en conservation frais ou séchés à l'air libre pour tester les effets de la lyophilisation ou du séchage à l'air libre sur les ressources génétiques.

<hr>Prélèvement de carottes de sols à la tarière.

<hr>Prélèvement de sols dans une parcelle viticole de Bourgogne.

<hr>Prélèvement de sols dans une parcelle expérimentale.

<hr>Congélateur à -40°C pouvant stocker 1 440 échantillons de sols.

<hr>Congélateur à -80° pour la conservation d'ARN du sol.

<hr>Table d’aspiration pour sols pulvérulents.

Comment accéder au CRB ?

La collection et les échantillons du GenoSol seront prochainement accessibles sur le portail web de l’infrastructure RARe. Le CRB travaille sur les métadonnées associées avec une approche sémantique permettant de combiner les ressources issues de plusieurs sites. Il vise également la mise à disposition d’ADN avec la constitution d’une DNAthèque. En attendant, les demandes d’échantillons peuvent être adressées par mail à l’adresse contact-genosol@inrae.fr.

Pour la mise en conservation de sols, il est nécessaire de remplir un formulaire, disponible sur demande auprès de l’équipe du CRB. Ce formulaire permettra de définir les besoins de stockage et le statut des ressources. Des échanges aboutiront ensuite à la signature d’une convention garantissant que les ressources déposées sont conformes, d’un point de vue administratif et juridique, aux règlementations en vigueur. Le CRB garantira en retour la traçabilité des échantillons dans sa base de données MicroSol, ainsi que le maintien optimal des échantillons par suivi métrologique. En cas de distribution des ressources et de leurs métadonnées, un accord de transfert de matériel biologique (MTA) devra être signé.

Exemple d'utilisation

RMQS, réseau de mesure de la qualité des sols français

Projet emblématique à l’origine de la plateforme GenoSol qui héberge le CRB du même nom, le Réseau de mesure de la qualité des sols français (RMQS) est entré dans une seconde phase de prélèvement entre 2016 et 2027. Le CRB est chargé de la mise en conservation des composites prélevés par les équipes sur le terrain. Il reçoit chaque année près de 200 sols, intégrés à sa collection et distribués dans le cadre de projets de caractérisation tels que le programme de recherche prioritaire Microflu4Amr. Les sols issus de la première campagne du RMQS ont permis de définir la première carte de la biomasse microbienne moléculaire des sols français et de caractériser leur richesse en bactéries.

Pour en savoir plus : Soler-Dominguez N. et al. (2022). Conserver les sols : pourquoi et comment ? NOV’AE, INRAE Art8-ns-RA.