Champignons filamenteux (CIRM-CF)

Des champignons filamenteux pour les biotechnologies, l'agroalimentaire et la santé.

Site du CRB

Champignons filamenteux (CIRM-CF)

Des champignons filamenteux pour les biotechnologies, l'agroalimentaire et la santé.

Site du CRB

Champignons filamenteux (CIRM-CF)

Créé en 2005, le CIRM-CF est dédié à la préservation des champignons filamenteux, macro et micromycètes de l’environnement présentant un intérêt agroindustriel. Le CRB est adossé au laboratoire Biodiversité et biotechnologie fongiques (BBF) et collabore avec des experts mycologues du monde universitaire et associatif.

Le CIRM-CF maintient une collection qui s’enrichit et se diversifie régulièrement grâce à des collectes, des dépôts de souches ou des rapatriements de collections depuis des laboratoires. Elle comprend aujourd’hui plus de 3 500 souches de basidiomycètes et d’ascomycètes dont l'identification associe taxonomie classique, outils moléculaires et caractérisation enzymatique. Le matériel biologique ainsi préservé, selon des standards élevés de qualité, a vocation à être diffusé auprès de la communauté scientifique académique et industrielle pour des projets de recherche, d’enseignement ou de valorisation dans des domaines aussi divers que les biotechnologies vertes et blanches, l'agroalimentaire ou le développement de molécules bioactives.

Expertises et services

Diffusion de souches de champignons filamenteux,
Collecte de champignons dans l’environnement et isolement de souches,
Analyse moléculaire : génotypage, identification et recherche de champignons dans différentes matrices, bois d’œuvre, sol et substrats synthétiques divers,
Génération de lignées monocaryotiques,
Mise en collection de souches avec dépôt ouvert ou fermé,
Criblage fonctionnel, en particulier d'activités enzymatiques : production de cultures à moyen débit, développement de méthodes de criblage à haut débit sur substrats lignocellulosiques et autres, mobilisant une plateforme automatisée, un système UHPLC-MS et des enceintes climatiques à température, hygrométrie et lumière contrôlées.

Composition des collections

Champignons filamenteux saprotrophes :

Plus de 1 000 souches de champignons basidiomycètes dégradeurs de bois, appartenant à l’ordre des Polyporales (Trametes, Pycnoporus, Ganoderma, Fomitopsis, Phlebia, Phanerochaete…),
Environ 250 souches monocaryotiques de champignons polyporales,
Environ 50 souches dont le génome a été séquencé par le JGI Mycocosm pour l’annotation des gènes impliqués dans la dégradation de la lignocellulose,
Plus de 500 souches de champignons ascomycètes lignocellulolytiques appartenant aux ordres Hypocreales, Xylariales et Sordariales,
Environ 20% de souches provenant de biotopes tropicaux,
Environ 300 souches toxinogènes appartenant au genre Fusarium et issues de la collection de l’UMR MycSA,
Environ 400 souches d’Agaricus bisporus issues de la collection de l’UMR MycSA,
Environ 150 souches de champignons marins, étroitement associées à des éponges de mer.

<hr>Champignon du genre Amauroderma en forêt guyanaise.

<hr>Champignons Auricularia auriculo-judae (oreille de Juda).

<hr>Champignons de l’espèce Cookeina tricholoma en forêt guyanaise.

<hr>Boite de cryoconservation en azote liquide.

<hr>Aspergillus japonicus observé en microscopie optique (x 100).

<hr>Fructification du champignon Pycnoporus sanguineus en culture sur boite de Petri.

<hr>Champignon du genre Ganoderma en forêt guyanaise.

<hr>Champignon de l’espèce Hexagonia nitida sur chêne.

<hr>Isolement d’une souche à partir d’un champignon de l’espèce Lenzites warnieri.

<hr>Zoom sur les lames de basidiomycètes.

<hr>Hyménium (face inférieure) d’un champignon du genre Leiotrametes.

<hr>Champignon du genre Leiotrametes en forêt guyanaise.

<hr>Station d'observation macroscopique.

<hr>Culture de Pycnoporus sanguineus sur boite de Petri.

<hr>Champignon de l’espèce Pycnoporus sanguineus sur bois de palmier en forêt guyanaise.

<hr>Cryoconservateurs et racks pour le stockage d’échantillons en azote liquide.

<hr>Plaque de culture pour le screening fonctionnel.

<hr>Stroma frais du champignon ascomycète Trichoderma lycogaloides se développant sur bois.

Comment accéder au CRB ?

Le catalogue des souches et les informations pratiques pour passer commande sont disponibles sur le site internet du CIRM-CF. Pour toute question, vous pouvez contacter le CRB par mail à l’adresse cirm_cf@inrae.fr.

Exemple de projet

Exploration de la biodiversité fongique : une stratégie d’avenir pour les biotechnologies

La biotechnologie fongique est appelée à jouer un rôle clé dans la bioéconomie émergente, notamment pour lutter contre les problèmes de pollution liés aux activités humaines. Parce qu'ils préservent la diversité biologique, les CRB sont considérés comme des structures essentielles pour soutenir le développement de solutions biotechnologiques.

Les chercheurs du CIRM-CF et leurs partenaires ont réalisé le premier phénotypage à grande échelle de plus de 1 000 souches fongiques. Ils ont évalué leur capacité à pousser sur cinq composés industriels non naturels et récalcitrants - deux colorants synthétiques, deux composés dérivés de la lignocellulose et un polymère plastique - ainsi que leur capacité à les dégrader. Ils ont ainsi dressé une carte fonctionnelle de la diversité phylogénétique des Basidiomycota et des Ascomycota, afin de guider la sélection des taxons fongiques à tester pour des applications biotechnologiques spécifiques.

L’étude met en évidence une diversité fonctionnelle à tous les niveaux taxonomiques, y compris entre les souches d’une même espèce. Au-delà de la démonstration du formidable potentiel des champignons filamenteux, ces résultats ouvrent la voie à de nouvelles explorations fonctionnelles pour résoudre le problème toujours plus pressant de la pollution des écosystèmes.

Pour en savoir plus : Navarro D. et al. (2021). Large-scale phenotyping of 1,000 fungal strains for the degradation of non-natural, industrial compounds. Communications Biology, 4(871).